ISSN: 0377-9777 / e-ISSN: 1308-2523
Main Page Contact Turkish
 
Digital PCR and applications [Turk Hij Den Biyol Derg]
Turk Hij Den Biyol Derg. 2016; 73(2): 183-198 | DOI: 10.5505/TurkHijyen.2016.48902  

Digital PCR and applications

Ahmet Çarhan, Elif Ercan, Tuğba Yalçınkaya
Yildirim Beyazit University Faculty Of Medicine, Department Of Medical Biology, Ankara

Polymerase chain reaction (PCR), is a simple,
effective and widely used enzymatic technic especially
in the field of molecular biology which provides the
opportunity to amplify a specific DNA fragment from
DNA complex pool. Several PCR techniques such as realtime
PCR, quantitative and qualitative PCR, Reverse
Transcriptase PCR, Nested PCR and multiplex PCR have
been developed since the first invention of PCR. Due to
the various difficulties of the PCR techniques developed
so far, widening the application fields and finding out
more advanced level of PCR techniques have become
the first priority of the researchers. Digital PCR (dPCR)
technology has been developed as a new method to
permit the evaluation of the small changes in the copy
number variations of the rare mutations, differences
between the gene expression changes or state of
methylation. Digital PCR is a PCR based new technique
for the sensitive measurement of number of DNA copies,
it provides opportunity to do large number of PCR with
a few number of sample dilution and it has so many
small compartments where seperate PCRs are executed
in each. At the same time, dPCR leaves some of the
quantitative methods behind with the performance of
determining the quantity of small amount of genetic
material within seconds. This method shows high sensitivity with the strategy of counting single molecule. It also attracks the attention as a method having quite a
high reliability and repeatability level. This review aims
to give insight for dPCR development history and the
possible difficulties came across in its application.

Keywords: Digital PCR, Rare Mutation, dMIQE rules


Dijital PZR ve kullanım alanları

Ahmet Çarhan, Elif Ercan, Tuğba Yalçınkaya
Yıldırım Beyazıt Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı, Ankara

Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR), DNA kompleks
havuzundan spesifik bir DNA parçasını çoğaltmaya
olanak sağlayan basit, etkin ve özellikle moleküler
biyoloji alanında yaygın olarak kullanılan enzimatik
bir tekniktir. PZR tekniğinin keşfinden günümüze kadar
gelişen teknolojiyle birlikte pek çok PZR tekniği ortaya
çıkmıştır. Bu tekniklerden bazıları Gerçek Zamanlı
PZR, Kantitatif PZR, Ters Transkriptaz PZR, Nested PZR
ve Multipleks PZR dir. Günümüze kadar geliştirilmiş
PZR tekniklerinin çeşitli zorlukları yüzünden PZR
tekniklerinin kullanım alanını genişletmek ve daha
ileri seviye PZR teknikleri bulmak araştırmacıların
birinci önceliği haline gelmiştir. Nadir mutasyonların,
kopya sayısı varyasyonlarındaki ufak değişikliklerin,
gen ifadesi değişiklikleri arasındaki farklılıkların veya
metilasyon durumunun değerlendirilmesine izin veren
yeni bir yöntem olarak dijital PZR (dPZR) teknolojisi
geliştirilmiştir. Dijital PZR, DNA kopya sayısının hassas
ölçümü için PZR bazlı yeni bir tekniktir ve örnekleri
az sayıda seyrelterek çok sayıda PZR gerçekleştirmeye
olanak sağlar ve her birinde ayrı ayrı PZR gerçekleşen
çok sayıda küçük bölümlere sahiptir. Aynı zamanda
dPZR; şu an çok az miktardaki genetik materyalin
miktarını dakikalar içinde tespit etme performansıyla
birçok nicel yöntemleri geride bırakmıştır. Tek molekülü
sayma stratejisi sayesinde bu yöntem yüksek hassasiyet
gösterebilmektedir. Güvenilirlik ve tekrarlanabilirlik düzeyi oldukça yüksek bir yöntem olmasıyla da dikkat çekmektedir. Bu derleme, digital PZR yönteminin
günümüze kadar olan süreçteki gelişimine ve ilerleyen
günlerde çözüm bulunması gereken eksik yönlerine
dikkat çekmeyi amaçlamaktadır.

Anahtar Kelimeler: Dijital PZR, Nadir Mutasyon, dMIQE Kuralları


Ahmet Çarhan, Elif Ercan, Tuğba Yalçınkaya. Digital PCR and applications. Turk Hij Den Biyol Derg. 2016; 73(2): 183-198

Corresponding Author: Ahmet Çarhan, Türkiye


TOOLS
Full Text PDF
Print
Download citation
RIS
EndNote
BibTex
Medlars
Procite
Reference Manager
Share with email
Share
Send email to author

Similar articles
PubMed
Google Scholar
 (59 accesses)
 (2489 downloaded)



The Turkish Bulletin of Hygiene and Experimental Biology (Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi) is an indipendent, international, Turkish and English-language, peer-reviewed journal, online and open-access, designed for scientists.


This is an open access journal which means that all content is freely available without charge to the user or his/her institution. Users are allowed to read, download, copy, distribute, print, search, or link to the full texts of the articles in this journal without asking prior permission from the publisher or the author. This is in accordance with the BOAI[1] definition of open access.

 

The Turkish Bulletin of Hygiene and Experimental Biology (Turk Hij Den Biyol Derg) is indexed in CAB Abstracts (Abstracts on Hygiene and Communicable Diseases, Diagnosis of Human Diseases, Tropical Diseases Bulletin, Global Health, AgBiotech, Veterinary Abstracts, Food Contamination, Residues and Toxicology, Human Toxicology and Poisoning), DOAJ (Directory of Open Access Journals), Index Copernicus, CAS (Chemical Abstracts Service), Google Scholar, Google, Open J-Gate, Ulrichsweb and Serials Solutions, NewJour, Genamics JournalSeek, Academic Journals Database, Scirus Scientific Database, Ovid Link Solver, BASE (Bielefeld Academic Search Engine), EBSCOhost Electronic Journals Service (EJS), Libsearch, Medoanet, SCOPUS, Türkiye Atıf Dizini, Türk-Medline, and TUBITAK-ULAKBIM Türk Tip Dizini.

 
LookUs & OnlineMakale