ISSN: 0377-9777 / e-ISSN: 1308-2523
Combination of breast cancer microarray data by using bioinformatic methods - Meta-analysis approaches [Turk Hij Den Biyol Derg]
Turk Hij Den Biyol Derg. 2015; 72(2): 155-162 | DOI: 10.5505/TurkHijyen.2015.54254

Combination of breast cancer microarray data by using bioinformatic methods - Meta-analysis approaches

Yasemin Öztemur, Alp Aydos, Bala Gür Dedeoğlu
Ankara University, Biotechnology Institute, Central Laboratory, Ankara, Turkey

Today breast cancer is one of the major cancer
types among women in the world. After lung
cancer, it is the second leading cause of cancer
death in women. Breast cancer is a multi-factorial
and complex genetic disease, which was studied
in detail at the molecular level. With the use of
microarray technology breast cancer was classified
into molecular subtypes. Although some genes were
found to be responsible for the development and the
progression of the disease, many of the molecular
mechanisms underlying breast cancer progression
remain poorly understood. This deficit has led to
significant interest in the quest for novel predictive
markers for breast cancer. Microarray is a high
throughput technique, which provides to detection
of thousands of genes’ expression. There are many
publicly accessible databases, which have raw and
processed data of microarray analysis and clinical
and /or pathological information of samples. Metaanalysis
approaches are provided more information
from independent microarray datasets, which
were uploaded on publicly accessible databases.
Meta-analysis approaches are used for different
cancer types and various diseases including breast
cancer increasingly in recent years. These methods
allow the finding of predictive biomarkers for the
development and progression of the disease while
they can also be used for new or alternative targets
for the treatment of the disease. Meta-analysis might increase the knowledge by gathering and processing
individual microarray datasets. Accordingly it is
predicted that new or alternative targets might
be identified by researching on numerous disease
mechanisms including breast cancer.

Keywords: Breast cancer, microarray, meta-analysis

Meme kanseri mikrodizin verilerinin biyoinformatik yöntemler ile bir araya getirilmesi - Meta-analiz yaklaşımları

Yasemin Öztemur, Alp Aydos, Bala Gür Dedeoğlu
Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Merkez Laboratuvarı, Ankara

Meme kanseri kadınlarda en yaygın görülen kanser
türüdür ve akciğer kanserinden sonra kadınlarda kanser
ölümlerinde ikinci sıradadır. Çok sebepli, kompleks bir
genetik hastalık olan meme kanseri moleküler düzeyde
detaylı bir şekilde çalışılmış ve yüksek işlem hacimli
mikrodizin çalışmaları sayesinde moleküler alt tiplere
sınıflandırılmıştır. Meme kanserine sebep olan ve
gelişiminde rol oynayan pek çok gen tespit edilmiş olsa da
meme kanserinin regülasyonunda rol oynayan moleküler
mekanizmalar hala tam olarak açıklanamamıştır. Bu
eksiklik, meme kanseri oluşumunu öngörücü yeni
biyobelirteçlerin aranmasını zorunlu kılmıştır. Yüksek
işlem hacimli bir yöntem olan mikrodizin aynı anda
binlerce genin ifadesinin belirlenmesine olanak
sağlamaktadır. Mikrodizin yöntemi ile elde edilmiş
ham ve işlenmiş verilerin, hatta deneylerde kullanılan
örneklerin klinik ve/ veya patolojik özelliklerinin
bulunduğu halka açık veritabanları bulunmaktadır.
Mikrodizin veritabanlarına yüklenmiş olan bağımsız
mikrodizin verilerinden daha fazla bilgi sağlamak
meta-analiz yöntemiyle mümkün olmakta ve var olan
veriyi değerli kılmaktadır. Meta-analiz yöntemleri farklı
kanser tiplerinde ve çeşitli hastalıklarda her geçen gün
daha fazla kullanılmaktadır. Meme kanserinde de metaanaliz
çalışmaları çok fazla olmamakla birlikte sayısı
gün geçtikçe artmaktadır. Bu yöntem hastalığın tanısını
ve gidişatını öngörebilecek ayrıca tedavisine katkı
sağlayabilecek yeni biyobelirteçlerin belirlenmesini
mümkün kılmaktadır. Ciddi bütçelerle yapılan mikrodizin çalışmalarının çeşitli meta-analiz yöntemleriyle bir
araya getirilmesi her bir çalışmanın kendi başına ortaya
çıkaramayacağı sonuçların alınmasında önemlidir.
Meta-analiz çalışması pek çok veriyi bir araya getirme
şansı tanıdığı için, elde edilen sonuçlar yalnızca bir
vakaya özel değil; daha genel bilgiyi yansıtmaktadır.
Bu nedenle meme kanserinin de içerisinde bulunduğu
birçok hastalıktaki mekanizmaların meta-analiz
yöntemlerinin yardımıyla detaylı ve kapsamlı bir şekilde
araştırılmasının tanı ve tedavi için alternatif ve etkin
hedeflerin belirlenmesine olanak sağlaması mümkündür.

Anahtar Kelimeler: Meme kanseri, mikrodizin, meta-analiz

Yasemin Öztemur, Alp Aydos, Bala Gür Dedeoğlu. Combination of breast cancer microarray data by using bioinformatic methods - Meta-analysis approaches. Turk Hij Den Biyol Derg. 2015; 72(2): 155-162

Corresponding Author: Bala Gür Dedeoğlu, Türkiye
Manuscript Language: Turkish
LookUs & Online Makale