ISSN: 0377-9777 / e-ISSN: 1308-2523
Main Page Contact Turkish
 
Turk Hij Den Biyol Derg: 73 (2)
Volume: 73  Issue: 2 - 2016
Hide Abstracts | << Back
FULL JOURNAL
1.TBHEB 2016-2 Vol 73 Full Printed Journal
Murat DUMAN
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.80008  Pages 98 - 198
Abstract | Full Text PDF

LETTER TO THE EDITOR
2.Human brucellosis in Thailand: reported cases summary
Joob Beuy, Viroj Wiwanitkit
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.10846  Pages 99 - 100
Abstract | Full Text PDF

RESEARCH ARTICLE
3.Clinical characteristics and incidence of bacterial and viral pathogens in patients hospitalized with community acquired pneumonia in childhood in Konya between October 2008 and February 2010
Sadiye Sert, Melike Emiroğlu, Uğur Arslan, Osman Koç, Rahmi Örs
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.86547  Pages 101 - 110
GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada; toplum kökenli pnömoni
tanısı (TKP) ile hastaneye yatırılan hastalarda
bakteriyel ve viral etkenlerin insidansı ve klinik
özellikleri araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: 1 Ekim 2008-28 Şubat 2010 tarihleri
arasında Selçuk Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi
Çocuk Poliklinikleri ve Çocuk Acil Servisine başvuran
ve yatırılarak tedavi edilmesi gereken, başvurudan
48 saat öncesine kadar antibiyotik kullanmayan,
klinik olarak TKP tanısı olan, yaşları 1 ay ile 16
yaş arasındaki toplam 91 hasta çalışma kapsamına
alındı. Bu hastaların demografik ve klinik özellikleri
kaydedildi. Hastane başvurusu esnasında tam kan
sayımı, eritrosit sedimantasyon hızı, C-reaktif protein,
prokalsitonin, kan kültürü için kan numuneleri ve viral
etiyolojiyi gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu
(RT-PCR) ile saptamak amacıyla nazofaringeal
aspirat numuneleri alındı. Tüm hastaların PA akciğer
radyografileri kontrol edildi.
BULGULAR: Hastaların %24,2 (22/91)’sinde
pnömoni etkeni saptanırken, %75,8 (69/91)’inde
herhangi bir pnömoni etkeni saptanamadı. 91
hastanın 11 (%12,1)’inde viral enfeksiyon, dokuzunda
(%9,9) sadece bakteriyel enfeksiyon, üçünde
(%3.3) viral koenfeksiyon, ikisinde (%2,2) hem
virus hem de bakteri vardı. Virus tespit edilen 11
hastanın yedisinde Parainfluenza (PIV) 2, ikisinde
PIV 3, birinde adenovirus, ikisinde hem PIV3 hem adenovirus, birinde hem PIV2 hem de PIV3 tespit
edildi. Hastaların hiçbirinde RSV, PIV1, hMPV
saptanmadı. Bakteri tespit edilen 11 hastanın beşinde
Stafilokokus epidermidis, ikisinde S. saprophyticus,
birinde S. shominis, birinde S. capitis, birinde S.
sobrinus ve birinde S. mitis tespit edildi. Hastaların
ikisinde de viral-bakteriyel karma etken olduğu
saptandı. Klinik olarak pnömoni tanısı alan 91
hastanın 59 (%64,7)’unda radyolojik olarak pnömoni
varlığı belirlendi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Çalışmamız TKP’de viral etkenlerin
etiyolojik etkisini gösterdi. Parainfluenza virus 2
tüm yaş gruplarında en sık tespit edilen viral
etkendi. Viral enfeksiyonların etiyolojik tanılarının
iyileştirilmesi ile gereksiz antibiyotik kullanımından
kaçınılabilir. Sonuçlarımızı doğrulamak için daha
kapsamlı ve randomize kontrollü çalışmalara
gereksinim vardır.
INTRODUCTION: It was aimed to investigate clinical
characteristics and incidence of bacterial and viral
pathogens in patients who were hospitalized with the
clinical diagnosis of community acquired pneumonia
(CAP).
METHODS: In this study 91 patients at the ages between
one month and six years who required hospitalization
and were admitted to pediatrics clinics and pediatric
emergency services of the Selçuk University Meram
Medical Faculty, and also who did not use antibiotics for
48 hours before hospital admission and had the clinical
diagnosis of CAP were investigated from October 2008 to
February 2010. Demographic and clinic characteristics
of the patients were recorded. Blood samples for
complete blood count, erytrocyte sedimentation rate,
C-reactive protein, procalcitonin, blood culture and
nasopharyngeal aspirate samples for detection of the
viral etiologies by real time polymerase chain reaction
(RT-PCR) were taken at the time of hospital admission.
Initial posteroanterior (PA) chest X-rays of all patients
were checked.
RESULTS: The agents of pneumonia were detected
in 24.2% (22/91) but not in 75.8% (69/91) of our
patients. Of 91 patients, 11 (12.1%) were positive for
viral infections, 9 (9.9%) were positive for only bacterial
infections, 3 (3.3%) had viral coenfection, 2 (2.2%) were
positive for both viral and bacterial infections. Out of
11 viral positive patients, 7, 2, 1, 2, and 1 patients were detected to have parainfluenza virus (PIV) 2,
PIV 3, adenovirus, both PIV 3 and adenovirus, both
PIV 2 and PIV 3, respectively. RSV, PIV 1 and human
metapneumovirus (hMPV) were not detected in any of
cases. Out of 11 bacteria positive patients, 5, 2, 1, 1, 1,
and 1 patients were detected to have Staphylococcus
epidermidis, S. saprophyticus, S. hominis, S. capitis,
S. sobrinus and S. mitis. Also mixed viral-bacterial
agent presence were detected in 2 (2.2%) of our patients.
Out of ninety one pneumonia patients those having their
diagnosis clinically, 59 (64.7%) had radiological signs.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Our study demonstrated the etiological
influence of viral agents in CAP. Parainfluenza virus 2
was the most common viral agent among detected
viruses in all age groups. Improving the etiological
diagnosis of viral infections may avoid unnecessary
the use of antibiotic. Further comprehensive and
randomized controlled studies are needed to confirm
our results.

4.Genotoxic and cytotoxic effects of formic acid on human lymphocytes in vitro
Pınar Aksu, Gökhan Nur, Süleyman Gül, Ayşe Erciyas, Zeynep Tayfa, Tülay Diken Allahverdi, Ertuğrul Allahverdi
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.82621  Pages 111 - 120
GİRİŞ ve AMAÇ: Formik asit, bitkiler, arılar, toprak, araçlar,
gübre yanması ve fotokimyasal reaksiyonlar gibi
çeşitli kaynaklarca üretilen ve çevrede yaygın olarak
bulunan kimyasal bir bileşimdir. Mevcut çalışma, insan
lenfositlerinde sitokinez-blok mikronükleus tayini ve
kromozomal aberasyon analizi gibi sitogenetik testler
kullanarak formik asidin sitotoksik ve genotoksik
etkilerinin in vitro analizine odaklanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışma 18-22 yaş arası 10’u erkek,
6’sı kadın sağlıklı, sigara kullanmayan yetişkinlerinden
kan örnekleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir.
Lenfosit kültürüne kromozomal aberasyon (CA) testi
için formik asidin farklı konsantrasyonları (0,07,
0,1, 0,2, 0,3, 0,4, 0,5, 0,8 mM) eklendi. Pozitif
kontrol olarak mitomycin-C (0,3 μg/ml) kullanıldı.
Sitokinez-blok mikronükleus tayini (CBMN) için, insan
periferik kan lenfositleri 20, 40, 60, 80 mM derişimde
formik asitle 48 saat işleme tabi tutuldu. Lenfosit
kültürüne, pozitif kontrol olarak mitomycin-C
(0,50 μg/ml) eklendi. Bu araştırma, sitokinezblok
mikronükleus tayinini (CBMN) ve kromozomal
aberasyon (CA) analizini kullanarak in vitro
insan periferal lenfositlerinde formik asidin
sitotoksik ve genotoksik etkilerini değerlendirmek
için yapılmıştır.
BULGULAR: Pozitif kontrol olarak kullanılan
mitomisin C (MMC, 0,5 μg/ml) ile negatif kontrol
karşılaştırıldığında formik asitin tüm dozları
mikronükleus frekansını belirgin bir düzeyde arttırdığı
gözlenmiştir. Pozitif kontrol olarak kullanılan
mitomisin C (MMC, 0,3 μg/ml)’nın negatif kontolle
karşılaştırıldığında formik asidin 24 saatte tüm
uygulama derişimlerinde, kromozomal aberasyonların
sıklığını belirgin bir şekilde arttırdığı gözlenmiştir.
Mikronükleus sıklığı ve kromozomal aberasyonlar,
doza bağımlı olarak artmıştır. Sonuçlar formik asit
konsantrasyonu, mikronükleus frekansı (r=0,92),
nekrotik hücrelerin sayısı (r=0,95) ve apoptotik
hücreler (r=0,91) arasında anlamlı korelasyonların var
olduğunu göstermektedir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Verilerimiz, in vitro olarak formik asit
konsantrasyonu ve mikronükleus frekansı, apoptotik
hücreler ile nekrotik hücreler gibi kromozomal
aberasyonlar arasında anlamlı bir korelasyon olduğu
kanıtını sağlamıştır.
INTRODUCTION: Formic acid is an ubiquitous chemical
constituent in the environment, being produced by
sources as diverse as vegetation, ants, soil, vehicles,
biomass burning, and photochemical reactions. The
present work is focused on in vitro analysis of cytotoxic
and genotoxic effects of formic acid, using cytogenetic
tests such as the cytokinesis-block micronucleus assay
(CBMN) and chromosomal aberration analysis, in human
lymphocytes.
METHODS: This study was carried out using blood
samples from healthy, non-smoking adults aged 18–22
years, of whom 10 were male and 6 were famale.
Different concentrations (0.07, 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5,
0.8 mM) of formic acid was added to the lymphocyte
culture test for chromosomal aberration (CA) analysis.
Mitomycin-C (0.3 mg/ml) was used as the positive
control. Human peripheral blood lymphocyte cells
were treated with 20, 40, 60, 80 mM concentrations of
formic acid for 48 h. for the CBMN test. Mitomycin-C
(0.5 mg/ml) was added to the Lymphocyte culture as a
positive control. The present research was carried out
to assess the cytotoxic and genotoxic effects of formic
acid on human peripheral lymphocytes in vitro using the
cytokinesis-block micronucleus assay (CBMN), as well as
chromosomal aberration (CA) analysis.
RESULTS: A significant increase was observed for
induction of micronucleus frequency in all treatments
of formic acid concentrations for 48 h. comparing with
the negative control and mitomycin C (MMC, 0.5 μg/
ml) which was used as positive control. When compared
with negative control and with mitomycin C (MMC, 0.3
μg/ml) which is used as positive control, it is observed
that formic acid is rising the frequency of chromosomal
aberration significantly at all appliance concantrations
in 24 h. The frequency of micronuclei and chromosomal
aberrations increased in a dose dependent manner. The
results showed that there were significant correlations
between formic acid concentration and micronuclei
frequency (r= 0.92), numbers of necrotic cells (r= 0.95),
and apoptotic cells (r= 0.91).
DISCUSSION AND CONCLUSION: Our data provided evidence that there
is a significant correlation between the concentration of
formic acid and the following chromosomal aberrations:
frequency of micronuclei, apoptotic cells, and necrotic
cells in vitro.

5.Isolation and characterization of Vibrio spp. from anchovy and garfish in the Sinop province
Cumhur Avşar, İsmet Berber, Ahmet Kenan Yıldırım
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.58815  Pages 121 - 130
GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmada, Sinop İlindeki balıkçılardan
temin edilen hamsi ve zargana balık örneklerinden
izole edilen Vibrio türlerinin karekterizasyonu ile bu
izolatların antibiyotik dirençlilikleri, plazmid DNA
ve SDS-PAGE (sodyum dodesil sülfat poliakrilamid
jel elektroforezis) toplam hücre protein profillerinin
belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Balık örnekleri taze olarak alınmış, buz
üzerinde korunarak laboratuvara getirilmiş ve hemen
analize alınmıştır. Balık örnekleri 25 g tartılarak
zenginleştirme amacıyla %3 NaCl içeren steril alkali
peptonlu su (225 mL) besiyerine ilave edilmiş ve 37 OC’de
18-24 saat inkübasyona bırakılmıştır. İnkübasyon sonrası
Tiyosülfat Sitrat Safra Sükroz (TCBS) agar besiyerinde
gelişen sarı, yeşil veya mavi-yeşil koloniler Tripton Soya
Agar (TSA) besiyerine ekilmiş ve izolatların daha sonraki
tanımlaması için bir gece süreyle inkübe edilmiştir.
İzolatlar morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal testlere
göre tanımlanmıştır. Bunlara ek olarak izolatların
yedi farklı antibiyotiğe karşı dirençliliği disk-difüzyon
yöntemiyle belirlenmiştir. Ayrıca, izolatların SDSPAGE
hücresel protein ve plazmid DNA profilleri de
çıkartılmıştır.
BULGULAR: Toplam 44 adet balık örneği Vibrio
türlerinin belirlenmesine yönelik çalışılmış ve morfolojik,
biyokimyasal özellikleri yönünden incelenmiştir.
İnceleme sonucunda; 12 adet Vibrio spp. belirlenmiştir. İzolatların, seftazidime %66,6, gentamisine %25,
tetrasikline %16,6, seftriazona %91,6, amikasine %16,6,
ofloksine %25 ve penisilin G’ye %58,3 oranında antibiyotik
dirençlikleri saptanmıştır. Ayrıca, test edilen izolatların
MARI (Çoklu Antibiyotik Dirençlilik İndeks) değeri 0,41
oranında bulunmuştur. Vibrio spp. izolatlarının SDSPAGE
toplam hücre protein profillerine göre oluşturulan
nümerik analiz %80 ve üzerinde benzerlik seviyesinde
iki temel küme oluşturmuştur. Vibrio spp. izolatların
tümünde 1-4 plazmid DNA (1590 - 27000 bp aralığında)
tespit edilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak, balıklar yakalandıktan sonra
yeterince dondurularak, pişirilerek ve uygun şartlarda
depolanarak; ayrıca paketleme esnasında çapraz
bulaşlara engel olunarak mikrobiyal enfeksiyonların
önlenebileceğini söylemek mümkündür. Ayrıca,
bakterilerden dolayı kıyı sularında meydana gelen
bulaşlar, deniz suyu kaynaklarının kalitesinde düşüşlere
ve bu yolla da insan sağlığında riske ve ekonomik
kayıplara yol açmaktadır. Çalışmamız, sağlık için
potansiyel risk olabilen ve balıklardan izole edilebilen,
antibiyotiklere dirençli Vibrio spp. suşlarının varlığını
göstermektir.
INTRODUCTION: In this study it was aimed to
characterize the Vibrio species isolated from anchovy
and garfish samples obtained from fishermen and to
determine the antibiotic resistances, plasmide DNA and
SDS-PAGE (sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel
electrophoresis) whole cell protein profiles of these
isolates.
METHODS: The fish samples were taken as fresh,
kept in ice during transport to the laboratory and
immediately taken for analysis. The fish samples
weighed as 25 grams were added into 225 mL of sterile
alkaline peptone water supplemented with 3% NaCl
broth for enrichment purpose and incubated at 37 OC
for 18 to 24 hours. After incubation, yellow, green or
blue-green colonies growing on Thiosulphate Citrate
Bile Salt Sucrose (TCBS) agar were subcultured on
Triptone Soya Agar (TSA) and incubated overnight for
further identification of the isolates. The isolates were
identified according to morphological, physiological
and biochemical tests. Moreover, the resistances
against seven different antibiotics of isolates were
determined by disk-diffusion method. In addition,
the SDS-PAGE cell protein and plazmid DNA profiles of
isolates were determined.
RESULTS: Totallly 44 fish samples were tested
for determining Vibrio species and were analyzed
according to their morphological, biochemical properties. At the end of the analysis; 12 Vibrio species
were determined. The isolates were resistant against
to ceftazidime 66.6%, gentamisine 25%, tetracycline
16.6%, ceftriaxone 91.6%, amikacine 16.6%, ofloxacine
25% and penicillin G 58.3%. In addition, The MARI
(Multiple Antibiotic Resistance Index) values of tested
strains were found at the rate of 0.41. The numerical
analysis of SDS-PAGE whole-cell protein profiles of
Vibrio spp. isolates revealed two major clusters at
similarity levels of 80% and above. The 1-4 plasmide
(range 1590 - 27000 bp) in all of the isolates were
determined.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result, it is possible to say that
microbial infections can be prevented by adequate
freezing and cooking, proper storage and processing
after harvesting and avoidance of cross-contamination
during fish handling. In addition, the coastal
contamination due to bacteria leads to decline in the
quality of seawater resources and so leads to risks
to human health and economic losses. Furthermore,
our study indicated that the presence of antibiotic
resistant Vibrio spp. strains isolated from fishes might
be potential risk for health.

6.Evaluation of food poisoning of Staphylococcus aureus enterotoxin source in 2013 in the Marmaris district of Muğla, Turkey
Celal Tutuş, Demet Börekçi, Gürcan Parcıklı, Fehminaz Temel, Mustafa Bahadır Sucaklı
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.79847  Pages 131 - 138
GİRİŞ ve AMAÇ: Aynı yemek firması tarafından verilen öğle
yemeği ve akşam yemeği sonrası iki okuldaki öğrenciler ile
17 işyerindeki işçilerden oluşan toplam 116 kişi; bulantı,
kusma, karın ağrısı ve ishal şikâyetleri ile 23 Aralık
2013 tarihinde, Muğla İli Marmaris Devlet Hastanesi’ne
başvurmuştur. Bu çalışma; zehirlenmenin bulaş yollarını
ve olası kaynak ya da kaynakları belirlemek ve kontrol
önlemlerini uygulamak için yapılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: vaka olarak “23 Aralık 2013
tarihinde söz konusu 17 işyeri ile iki okulda bulunan ve
bulantı, kusma, karın ağrısı, ishal, ateş semptomlarından
en az biri görülen kişi” olarak tanımlanmıştır. Olası
vaka ise şüpheli vakalardan “kusma veya ishal şikâyeti
olan kişiler” olarak kabul edilmiştir. Kontroller, aynı
okul/işyerinde bulunan belirtilen semptomları olmayan
kişiler arasından seçilmiştir. Çalışmada, işyerlerinde ve
okullarda toplam 213 (100 vaka, 113 kontrol) kişi ile yüz
yüze görüşülüp anket uygulanmıştır. Analizler 77 olası
vaka, 100 şüpheli vaka ve 113 kontrol grubu üzerinden
yapılmıştır. Gaita örnekleri, yemek üretim firmasının
mutfak araç ve gereçlerinden sürüntü, gıda ve su
örnekleri alınmıştır. Ayrıca gıda elleyicilerinden alınan
örnekler Staphylococcus aureus açısından incelenmiştir.
BULGULAR: Vakaların, 23 Aralık 2013 Pazartesi
günü öğle yemeği yenmesinden sonra ortaya çıktığı
saptanmıştır. Aynı gün verilen yemek menüsünde; tavuk
döner, pilav, mantar çorbası, salata ve ayran olduğu
belirlenmiştir. İlk vaka; Muğla İli Marmaris İlçesi Merkez
Devlet Hastanesi’ne aynı gün içinde saat 12: 30’da
bulantı, kusma şikayetleri ile başvurmuştur. Vakalarda
en sık görülen semptomlar sırasıyla; bulantı, karın
ağrısı, kusma, ishal ve yüksek ateştir. Atak hızı %16
olarak belirlenmiştir. Zehirlenme eğrisi tek kaynaklı
olduğunu göstermiştir. Vaka ve kontroller yaş ve cinsiyet
açısından benzer bulunmuştur. Vakaların %96 (74/77)’sı
ve kontrollerin %32’sinin (37/113) yemekte tavuk döner
yediği saptanmıştır (TRR – tahmini rölatif risk): 50 %95;
Güven Aralığı: 14-171). Mantar çorbası ve salata kontrol
TRR – tahmini rölatif risk): 50 %95; GA-güven aralığı: 14-
171 edildiğinde (37/113) ise vakalarda kontrollere göre
tavuk döner yeme TRR 34 kat (TRR ayar – Ayarlı tahmini
rölatif risk = 34, %95 GA= 8,8-129,7) bulunmuştur.
İl Gıda Kontrol Laboratuvarında değerlendirmesi
yapılan tavuk dönerinde stafilokok enterotoksini tespit
edilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Marmaris İlçesi’nde görülen zehirlenmeye
tavuk dönerde saptana S. aureus enterotoksininin
sebep olduğu görülmüştür. Araştırmada bulaş kaynağı
gösterilememiştir. Yemek firması tarafından kontrol
ve koruma önlemlerin alınması ve firma çalışanlarına
iyi hijyen uygulamaları konusunda eğitim verilmesi
önerilmiştir.
INTRODUCTION: On 23rd of December, 2013, 116
patients including students of two schools, and
workers of 17 work places who consumed lunch and
dinner from the same catering company, applied to
Marmaris State Hospital, Muğla province suffering from
nausea, vomiting, abdominal pain, and diarrhea. This
study was conducted to identify the cause, and mode
of transmission, and to implement control measures.
METHODS: The suspected case was defined as
“individuals working in 17 work places and two schools
and having at least one of the following symptoms onset
on 23 December 2013: nausea, vomiting, stomach ache,
diarrhea, and fever”. Probable case was accepted as
“suspected case having vomiting or diarrhea”. Controls
were selected from the same school/workplace among
persons who didn’t have these symptoms. In the study,
face to face interviews were conducted for 213 (100
cases, 113 controls) people. Seventy seven probable
cases, 100 suspected cases and 113 controls were
included in the analysis. Samples from stool, swabs
of the kitchenwares and untensils, samples from food
and water were taken. Moreover, samples from food
handlers were tested for S. aureus.
RESULTS: Cases started to increase after lunch
on Monday at 23 December 2013. The menu of the
company included chicken doner, rice, mushroom
soup, salad and buttermilk. The first case attended
Muğla, Marmaris District Public Hospital during the
same day with nausea and vomiting complaints at
12: 30. Most common symptoms seen in the cases,
were nausea, abdominal pain, vomiting, diarrhea
and high fever. The attack rate was determined
as 16%. The epidemic curve revealed a point
source outbreak. Cases and controls had similar
characteristics for age and sex. It was determined
that 96% (74/77) of cases and 32% (37/113) of
controls ate chicken doner (OR – odds ratio: 50 95%
CI: 14-171). After controlling for mushroom soup and
salad, odds of being ill was 34 (ORadj – adjusted odds
ratio = 34, 95% CI-confidence interval= 8.8-129.7).
In the analysis done by the Provincial Agriculture
- Food Laboratory on the food samples S. aureus
enterotoxin was identified in chicken doner sample.
DISCUSSION AND CONCLUSION: It was found that the poisoning seen
in the Marmaris district was caused by S. aureus
enterotoxin in the chicken doner. In the research
the source of contamination was not shown.
Recommendations were given to the food company
to implement control and protection measures; and
to provide training on good hygiene practices for
company workers.

7.The knowledge and behaviour of workers on food hygiene who worked in a company providing catering and distribution service to the health institutions in Izmir
Şadan Köksal, Ahmet Soysal, Gül Ergör, Gülşah Kaner
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.39129  Pages 139 - 148
GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmanın amacı İzmir’de bir yemek
firmasında çalışanların gıda hijyeni ve kişisel hijyen
ile ilgili bilgi ve davranışlarını araştırmak, bilgi ve
davranışlarına etki eden etmenleri belirlemektir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Kesitsel tipte planlanan çalışma, ISO
22000 Gıda Güvenliği Yönetim Sistemine sahip bir
yemek firmasının merkez mutfağında ve hizmet verdiği
hastane mutfaklarında yürütülmüş, yemek firmasındaki
tüm çalışanların (n: 73) çalışmaya alınması planlanmış,
ancak çalışma 59 kişi ile tamamlanmıştır. Çalışma
verilerinin toplanması anket ve gözlem yapılarak
araştırmacı tarafından gerçekleştirilmiştir. Gözlem
yalnızca mutfak çalışanlarında yapılmıştır. Gıda hijyeni
ile ilgili bilgileri puanlandırılarak yeterli ve yetersiz
olarak, gıda hijyenine yönelik gözlenen davranışları ise
uygun ve uygun değil olarak değerlendirilmiştir. Veriler,
SPSS 15.0 paket programı ile analiz edilmiş, sosyodemografik
özellikler ve çalışma süresinin hijyen bilgi
düzeyi ve davranış durumu ile karşılaştırılmasında kikare
testi kullanılmıştır. Elde edilen p değeri 0,05’ten
küçükse fark anlamlı kabul edilmiştir.
BULGULAR: Çalışanların yaş ortalamasının
35,4±7,6 olduğu ve %86,4’ünün mutfak çalışanı,
%13,6’sının her zaman mutfakta bulunmayan gıda
mühendisi, gıda teknisyeni, sekreter ve şoför olduğu
belirlenmiştir. Çalışmaya katılanların tamamının işe
girdikten sonra düzenli sağlık kontrolünden geçtiği,
çoğunun çalıştıkları firmada ya da daha önce hijyen eğitimi aldıkları ve yarısından fazlasının gıda iş
yerinde yedi yıl ve daha az süredir çalıştıkları
belirlenmiştir. Bu çalışmada, çalışanların yarısından
fazlasının (%52,5) hijyen bilgi puanının yetersiz
olduğu ve gıda hijyenine yönelik davranışlarının
(%58,8) uygun olmadığı gösterilmiştir. Eğitim
durumu gıda hijyeni bilgi puanına anlamlı olarak etki
etmektedir (p=0,029). Sosyo-demografik özelliklerin
gıda hijyenine yönelik davranışlara anlamlı etkisi
olmadığı saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışmada, çalışanların çoğu hijyen
eğitimi almalarına karşın, gıda hijyeni ve gıda
güvenliğine yönelik bilgilerinin yetersiz olduğu
belirlenmiş ve bu bilgilerin davranışa dönüşmediği
gözlenmiştir.
INTRODUCTION: The aim of this study was to determine
the knowledge and practice of workers of a catering
company in Izmir on food and personal hygiene, and
to investigate factors which influence their knowledge
and behaviour.
METHODS: The cross-sectionally planned study was
implemented in the central kitchen of a catering firm
having the ISO 22000 Food Safety Management System
and in the hospital kitchens served by the firm. It was
planned to include all workers (n: 73) of the catering
firm to the study however the study was completed with
59 people. The data were collected through the method
of the questionnaire and observation by the researcher.
Observation was done only with the kitchen workers.
The food hygiene knowledge of the workers were scored
as sufficient and insufficient while their behaviours
were evaluated as appropriate or inappropriate. Data
were analyzed with the SPSS 15.O package program
and in comparing the socio-demographic properties and
working period with the hygiene knowledge level and
behaviour condition chi-square test was used. p value
<0.05 was noted statistically significant.
RESULTS: The mean age of the workers were 35.4±7.6
and 86.4% of them were working in the kitchen while
13.6% were food engineer, food technician, secretary,
and driver who were not often in the kitchen. It was
determined that all workers participating in the study
underwent regular medical check-upsafter entering the work and majority of them have had hygiene training
courses at their current workplace or before, and more
than half of the workers have been working in the food
business for 7 years or less. In this study, it was shown
that more than half of workers (52.5%) had insufficient
the level of knowledge of hygiene and inappropriate
behaviour (58.8%) regarding food hygiene. Educational
status is a factor which significantly affects the level of
food hygiene knowledge (p=0,029). It was determined
that socio-demographic characteristics do not have a
significant effect on behaviour concerning food hygiene.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In this study, despite the majority of
employees having received hygiene training, it was
determined that their knowledge on food hygiene and
safety was inadequate and it was observed that these
knowledge was not transformed to their behaviours.

8.The mosquito fauna of Istanbul and susceptibility of Culex pipens larvae to Bacillus spp. bacteriae
Erdal Polat, Serdar Mehmet Altınkum, Fadime Yılmaz, Sema Turan Uzuntaş, Yaşar Bağdatlı
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.48254  Pages 149 - 156
GİRİŞ ve AMAÇ: Çalışmada İstanbul’un sivrisinek faunasını
oluşturan Culex pipiens larvalarına karşı kullanılan
Bacillus cinsi bakterilerin etkisine bakılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmada 15 Nisan - 30 Haziran
2013 tarihleri arasında ilaçlama yapılmadan önce
İstanbul’un 39 ilçesinde sivrisinek larvalarının geliştiği
kaynaklardan 501 örnek alınmıştır. Alınan örnekler
laboratuvara getirilmiş, 24 oC’de tutularak larvaların III.
ve IV evreye gelmesi bir kısmından da erişkin sivrisinek
oluşması sağlanmıştır. C. pipiens türüne ait III. ve IV.
evre larvalara karşı İstanbul Büyükşehir Belediyesi’nin
larvasit olarak kullandığı; Bacillus sphaericus (200 g/
ha, 300 g/ha ve 400 g/ha); Bacillus thuringiensis H-14
(200 g/ha, 300 g/ha ve 400 g/ha); Bacillus sphaericus
(H5a5b, Strain 2362) + Bacillus thuringiensis israelensis
(H-14, Strain AM65-52) (5000 g/ha) türlerine ait liyofilize
preparatlar kullanılmıştır. Bu liyofilize preparatlardan
Unat’ın balıklı buyyon besiyerinde hazırladığımız
(6,1x108 CFU/ml ve 12,6x108 CFU/ml) kültürler
kullanılmıştır. Kalan sivrisinek larvaları ve erişkin
hale gelen sivrisinekler stereo ve ışık mikroskobunda
incelenerek sivrisineklerin türleri belirlenmiştir.
BULGULAR: İstanbul’un 39 ilçesinden alınan
örneklerin tümünde C. pipiens türüne ait larvalara
rastlanmıştır. Büyükçekmece, Silivri ve Ümraniye ilçelerinden alınan örneklerde yoğun olarak görülen
C. pipiens larvalarının yanı sıra az sayıda Anofel ve
Aedes cinsi sivrisineklerin larvalarına da rastlanmıştır.
Liyofilize preparatların ve Unat’ın balıklı buyyonun da
liyofilize preparatlardan hazırladığımız kültürlerinin
(12,6x108 CFU/ml yoğunluğunun) kullanıldığı
deneylerde ilk larva ölümü 50. dakikada başlamıştır.
Kültürlerin 6,1x108 CFU/ml yoğunluğunun kullanıldığı
deneylerde ise ilk larva ölümü 60. dakikada
izlenmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Tüm deneylerde larvaların tamamının 6.
saatte öldüğü görülmüştür. Unat’ın balıklı buyyonunda
hazırlanan kültürlerin liyofilize preparatlara göre
daha etkili olduğu belirlenmiştir. Kültürdeki bakteri
yoğunluğu azaldığında ölümün daha geç başladığı,
ancak larvaların tümünün ölmesi için geçen sürede
bir değişikliğin olmadığı tespit edilmiştir.
INTRODUCTION: In the study the impact of the Bacillus
species bacteria used in the fight against larvae of
Culex pipiens which constitute mosquito fauna of
Istanbul was evaluated.
METHODS: In the study, 501 samples were
taken from the sources of mosquito larvae before
disinfection, in 39 towns of Istanbul, from 15 April
to the end of June, in 2013. Samples were brought
to the laboratory, by maintaining at 24 oC to ensure
larvae come to stages III and IV, and some of them
to adult mosquitoes. Lyophilized preparations of
Bacillus sphaericus (200 g/ha, 300 g/ha and 400 g/
ha); Bacillus thuringiensis H-14 (200 g/ha, 300 g/ha
and 400 g/ha); Bacillus sphaericus (H5a5b, Strain
2362) + Bacillus thuringiensis israelensis (H-14,
Strain AM65-52) (5000 g/ha) species which are used
as larvacide by Istanbul Metropolitan Municipality
agaist C. pipiens III and IV stage larvae, were used.
The cultures (6,1x108 CFU/ml and 12,6x108 CFU/ml)
which prepared from these lyophilized preparations
in the medium Unat’s fish broth were used. Remaining
mosquito larvae and adult mosquitoes were examined
under stereo and light microscope to identify the
species of mosquitoes.
RESULTS: The larvae of C. pipiens species were observed in all samples taken from 39 towns of
Istanbul. In samples from Buyukcekmece, Silivri
and Umraniye districts, beside densely presented
C. pipiens larvae, a small amount of Anopheline
and Aedes species larvae were also observed.
The first larval mortality began in 50th minutes in
the experiment with lyophilized preparations and
cultures prepared in Unat’s fish broth (12,6x108
CFU/ml density). In the experiments used culture
concentration of 6.1x108 CFU/ml, the first larvae
mortality was observed in 60th minute.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In all experiments, it was observed
that all of the larvae died in 6th hours. Cultures
prepared in Unat’s fish broth were determined to
be more effective than lyophilized preparations. It
was determined that the reduced density of cultures
caused a delay in starting time of mortality but
overall time for all larvae deaths was unchanged.

CASE REPORT
9.To create awareness of serological tests instead of ERCP for fascioliasis diagnosis among physicians: A case report
Ayşegül Aksoy Gökmen, Bayram Pektaş, Mehmet Camcı, Celal Buğdacı, Erkan Yula, Selçuk Kaya, Mustafa Demirci
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.93196  Pages 157 - 160
Fascioliasis, insanda nadir rastlanan karaciğer
ve safra yolu hastalığıdır. Fasciola hepatica
metaserkarya içeren su bitkilerinin yenmesi veya
kontamine suların içilmesi ile bulaşmaktadır.
Fascioliasis tanısında, dışkıda parazit yumurtasının
saptanması esas iken serolojik ve radyolojik testler
de önemli yer tutmaktadır. Yetmiş beş yaşında bir
hasta, bir aydır karın ağrısı bulantı kusma iştahsızlık
şikayetiyle kliniğimize başvurdu. Bir yıl öncesinde
kolesistektomi hikayesi olan hastanın %8 eoziofilisi
dışında rutin biyokimyasal parametreleri normaldi.
Koledokta taş olup olmadığını görmek ve karın
ağrısı etiyolojisini ortaya koymak için endoskopik
ultrasonografi planlandı. Hastanın koledok kanalında
parazitle uyumlu görüntü olması üzerine tanı ve tedavi
amaçlı endoskopik retrograt kolanjiopankreatografi
(ERCP) yapıldı. ERCP ile koledok kanalından iki adet
F. hepatica’yla uyumlu parazit çıkartıldı. Postoperatif,
iki doz 10 mg/kg triklabendazol kullanan hastanın,
iki hafta sonra yapılan kontrol muayenesinde
şikayetlerinin tamamen geçtiği gözlendi. Girişimsel
yolla tanı ve tedavisini uyguladığımız fascioliasise
bağlı bir akut kolanjit vakası ve bununla ilgili
literatürün gözden geçirilmesini sunuyoruz.
Fascioliasis is a liver and biliary tract disease, which
is rare in human. It is transmitted by consuming water
plants containing Fasciola hepatica metacercariae or
drinking contaminated water. Detection of parasite
eggs in stool and serological/radiological tests are
significant in fascioliasis diagnosis. A female patient
who is 75-years-old applied to our clinic with one month
duration of abdominal pain, nausea, vomit and anorexia.
Routine biochemistry parameters of the patients with
cholecystectomy were normal except her 8% eosinophilia.
Endoscopic ultrasonography was planned in order to
determine abdominal pain etiology and if there was a
stone in ductus choledochus. Endoscopic retrograde
cholangiopancreatography (ERCP) was applied for
diagnosis and treatment purpose after the view of parasitecompatible
view in ductus choledochus of the patient.
Two parasites compatible with F. hepatica were taken
out of ductus choledochus by ERCP. It was observed that
the complaints of the patient, who was postoperatively
treated with two doses of 10 mg/kg triclabendazole,
was completely passed in control examination after two
weeks. We present an acute cholangitis case depends on
fascioliasis that we interventional diagnosed and treated,
and the review of literatures on this case.

REVIEW
10.Vaccine epidemiology: epidemiologic study designs for vaccine effectiveness
Can Hüseyin Hekimoğlu
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.28482  Pages 161 - 174
Yeterli etkinliği gösterilmiş ve lisans almış bir
aşının bir toplumda uygulanmasıyla ilgili hastalıktan
korunma düzeyi ideal olmayan saha koşullarında,
gözlemsel epidemiyolojik çalışmalarla belirlenen
‘aşı etkililiği’ ile ölçülür. Toplumda ilgili hastalık
insidandaki azalmanın uygulanan aşılamadan mı,
aşılama dışındaki nedenlerden mi kaynaklandığının
belirlenmesi için, aşı etkililiği sürveyansın bir parçası
olarak rutin izlenmelidir. Bu nedenle aşı etkililiği
çalışmaları halk sağlığı eylemleri için önemli bir role
sahiptir. Kohort ve olgu kontrol çalışmaları gibi klasik
gözlemsel epidemiyolojik çalışmalara alternatif olarak
geliştirilen çeşitli çalışma tasarımları da aşı etkililiğini
belirlemek için kullanılabilir. İlgili aşı ve hastalığa
ve mevcut olanaklara göre kohort ve olgu kontrol
çalışmalarının yanı sıra indirekt kohort yöntemi, test
negatif olgu kontrol tasarımı, olgu olgu çalışması,
tarama yöntemi, hane halkı temas çalışması gibi
alternatif tasarımlardan uygun olan kullanılarak aşı
etkililiği belirlenebilir. Bu tasarımlardan başka olgu
kohort çalışması, iç içe olgu-kontrol çalışması, insidans
yoğunluğu olgu kontrol tasarımı gibi farklı alanlarda
kullanılmakta olan tasarımlar da aşı etkililiğini
belirlemek için seçilebilecek tasarımlar arasındadır.
Ancak bu tasarımların hiç birinin mükemmel olmadığı
ve çeşitli genel varsayımların yanı sıra tasarıma göre
farklı varsayımlar altında yürütülmeleri gerektiği
unutulmamalıdır. Gerekli varsayımların yerine
getirilmediği ölçüde aşı etkililiği tahmini gerçek
değerinden uzaklaşır. Aşılı veya aşısız gruptaki atak hızını olduğundan daha az veya daha fazla gösteren
herhangi bir faktör aşı etkililiği tahmininde taraf
tutmaya yol açar. Bu faktörlerin tasarım aşamasında
veya analiz sırasında mümkün olduğunca kontrol
edilmesi gerekir. Aşı etkililiği tahminlerinin yanıltıcı
olmaması için uygun tasarımın seçilmesi ve seçilen
tasarıma göre gereken varsayımlar, olası taraf tutma
kaynakları ve karıştırıcılar çalışmanın planlama
aşamasında ve çalışma sonuçları yorumlanırken
mutlaka göz önünde bulundurulmalıdır.
Protection level against a disease of interest by
application of a licenced vaccine whose effectiveness
has been proved in a population is measured by “vaccine
effectiveness” which is determined with observational
epidemiological studies conducted under non-ideal field
conditions. For determination of whether decrease in
incidence of related disease in a population is due to
vaccination or other reasons rather than vaccination,
vaccine effectiveness should be monitored as a routine part
of the surveillance. Therefore, vaccine effectiveness studies
play an important role in public health actions. Various
other study designs that are developed as an alternative
to classical observational epidemiological studies such
as cohort and case-control studies can also be used in
determination of vaccine effectiveness. In accordance with
related vaccine and disease and current facilities, vaccine
effectiveness can be determined by using appropriate one
of the alternative designs such as indirect cohort method,
test-negative case-control design, case-case study, the
screening method, household contact study, as well as
cohort and case-control studies. Additionally, study designs
which are used in other fields such as case-cohort study,
nested case-control study, incidence density case-control
design are among the designs that can be chosen for
determination of vaccine effectiveness. However, it should
be remembered that none of them is perfect and they
should be performed under different assumptions related
with each design, as well as various general assumptions.
How necessary assumptions are not fulfilled, estimation of
vaccine effectiveness will go far from its actual value. Any factor that shows attack rate in vaccinated or unvaccinated groups less or more than its actual value leads to bias in
estimating vaccine effectiveness. These factors should be
controlled as much as possible in phase of design or during
analysis. For vaccine effectiveness estimation not to be
misleading; an appropriate study design should be selected
and necessary assumptions in accordance with the selected
design, potential bias sources and confounders should be
taken into account in planning phase of the study and while
study results are being interpreted.

11.Serological diagnosis of fungal infections
Asuman Birinci, Yeliz Tanrıverdi Çaycı
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.74418  Pages 175 - 182
İnvaziv mantar hastalıklarının tanısında, günümüzde
kullanılan yöntemlerin duyarlılık ve özgüllüğündeki
yetersizlikler veya klinik olarak yararlı olabilecek
bir sonucun elde edilmesinin çok zaman alması
nedeniyle zorluklar yaşanmaktadır. Hasta sonuçlarında,
hızlı tanı anahtar noktadır. Kültür testleri dışında,
konaktaki özgül antikor yanıtının ölçülmesine dayalı
serolojik testlerin, hızlı uygulanabilmesi ve invaziv
örnek alım yöntemleri gerektirmemesi bu testleri
çekici kılmaktadır. Ancak özellikle immünosupressif
durumlar nedeniyle, özgül antikor yanıtı oluşturamayan
hastalarda bu testler her zaman invaziv hastalık
göstergesi olmamaktadır. Mikrobiyal antijenlerin
tespitinin ise genellikle daha fazla miktarda mikrobiyal
yük gerektirmesi duyarlılığını kısıtlamaktadır. Yine de
çok sayıda başarıyla çalışan antijen tespit sistemleri
geliştirilmiştir ve bunların bazıları halen yaygın
olarak kullanılmaktadır. Dolaşımdaki Aspergillus
galaktomannanlarını tespit için sıçan monoklonal EBA2’
leri kullanan emzim immünoassay yöntemi (Platelia)
ticari olarak kullanımdadır. Bu test 0,5-1,0 ng/ml
düzeyindeki galaktomannanı tespit edebilmektedir.
Ayrıca, galaktomannan klinik belirti ve semptomlar
oluşmadan invaziv aspergillozun erken safhalarında
serumda tespit edilebilmektedir. Ancak, bu testin
yanlış pozitif veya negatif sonuçlar gibi dezavantajları
bulunmaktadır. (1-3)-β-D-glukan Zygomycetes’ler hariç
mantar hücre duvarının karakteristik bir birleşenidir.
İnvaziv enfeksiyonlar sırasında Aspergillus, Candida,
Fusarium, Trichosporon, Saccharomyces, Acremonium
ve Pneumocyctis jirovecii içeren birçok mantar
tarafından (1-3)-β-D-glukan kana salınmaktadır. (1-3)-β-D-glukan konsantrasyonunun belirlenmesinde
kullanılan yöntem, atnalı (horsecrab shoe) yengecinin
koagülasyon faktörü olan faktör G’nin glukanı
aktifleştirmesine dayanmaktadır. Hem Avrupa’da hem
de ABD’de (1-3)-β-D-glukan için çeşitli ticari kitler
kullanımdadır. Mannan invaziv kandidiyazisi bulunan
hastalarda dolaşımdaki ana antijendir. Mannana karşı
oluşan antikorların tespiti için birçok serolojik test
bulunmaktadır. Ancak bu testler, kolonizasyon ve
invaziv enfeksiyon ayrımında başarısız olmaktadır.
Mannan antijeniyle kombine edilip çalışıldığında,
duyarlılık %80 ve özgüllük %93 olmaktadır. Kriptokokkal
enfeksiyonların tespitinde serebrospinal sıvıdan veya
serumdan kapsüler antijen tespiti kullanılmaktadır.
Kapsüler antijen tespiti için hem lateks aglütinasyon
hem de enzimimmünoassay testleri bulunmaktadır.
Mantar enfeksiyonlarının tanısı için son yıllarda hızla
ilerleme kaydedilerek, mantar enfeksiyonlarının erken
tespitini sağlayan birçok yeni yöntem geliştirilmiştir.
Ancak en iyi yaklaşımın kültür veya mikroskopi gibi
konvansiyonel yöntemlerle serolojik yöntemlerin
kombine edilmesi olduğu düşünülmektedir.
Difficulties are being faced in the diagnosis of
invasive fungal diseases due to the lack of sensitivity
and specificity of the current diagnostic methods or
taking too long time to get a result having clinical
importance. Rapid diagnosis is the key point in
patient outcomes. Excluding the culture tests,
because of its rapid application and no need for
invasive sampling, was making the serological tests
based on the measurement of response of specific
host antibody became attractive. However especially
due to immunosuppressive conditions, these tests
are not always the indicator of invasive disease in
the patients who have no ability to produce specific
antibody response. Detection of microbial antigens
generally requiring a relatively large microbial
burden, limits the assay sensitivity. Nonetheless,
several examples of successful antigen detection
systems have been developed, and some of these
are widely used. To detect circulating Aspergillus
galactomannans enyzme immunoassay (Platelia)
method utilizing the rat monoclonal antibody EB-A2
is commercially in use. This test is able to detect
galactomannan in the level of 0.5-1.0 ng/ml.
Furthermore, galactomannan could be detected in
the serum at a early stage of invasive aspergillosis
before clinical signs and symptoms occured. However,
this test has some disavantages like false positive or
negative results. (1-3)-β-D-glucan is a characteristic
cell-wall component of fungi except for Zygomycetes.
A broad range of fungi including Aspergillus, During
invasive infections (1-3)-β-D-glucan is released to
the blood by some fungi containing Aspergillus,
Candida, Fusarium, Trichosporon, Saccharomyces, Acremonium and Pneumocyctis jirovecii. The
method used for determination of (1-3)-β-D-glucan
concentration depends on activation of glucan
by factor G, a horsecrab shoe coagulation factor.
There are some commercial test kits available for
(1-3)-β-D-glucan both in Europe and USA.Mannan is
the major circulating antigen in patients who have
invasive candidiasis. There are several serological
tests for the detection of antibodies formed against
mannan. However, these tests are usually failed in
discriminating between colonization and invasive
infection. When combination with mannan antigen
test was performed, it gave sensivity of 80% and
specifity of 93%. In the diagnosis of cryptococcal
infections detection of capsular antigen in the both
cerebro-spinal fluid or serum, is used. Both latex
aglutination and enzymeimmunoassay tests are found
to detection of capsular antigen. The diagnosis of
fungal infections has moved forward in the past few
years and there are many newly developed methods
that are likely to provide early detection of fungal
infections. However, it seems that best approach is
combining both traditional methods like culture or
microscopy with serological methods.

12.Digital PCR and applications
Ahmet Çarhan, Elif Ercan, Tuğba Yalçınkaya
doi: 10.5505/TurkHijyen.2016.48902  Pages 183 - 198
Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR), DNA kompleks
havuzundan spesifik bir DNA parçasını çoğaltmaya
olanak sağlayan basit, etkin ve özellikle moleküler
biyoloji alanında yaygın olarak kullanılan enzimatik
bir tekniktir. PZR tekniğinin keşfinden günümüze kadar
gelişen teknolojiyle birlikte pek çok PZR tekniği ortaya
çıkmıştır. Bu tekniklerden bazıları Gerçek Zamanlı
PZR, Kantitatif PZR, Ters Transkriptaz PZR, Nested PZR
ve Multipleks PZR dir. Günümüze kadar geliştirilmiş
PZR tekniklerinin çeşitli zorlukları yüzünden PZR
tekniklerinin kullanım alanını genişletmek ve daha
ileri seviye PZR teknikleri bulmak araştırmacıların
birinci önceliği haline gelmiştir. Nadir mutasyonların,
kopya sayısı varyasyonlarındaki ufak değişikliklerin,
gen ifadesi değişiklikleri arasındaki farklılıkların veya
metilasyon durumunun değerlendirilmesine izin veren
yeni bir yöntem olarak dijital PZR (dPZR) teknolojisi
geliştirilmiştir. Dijital PZR, DNA kopya sayısının hassas
ölçümü için PZR bazlı yeni bir tekniktir ve örnekleri
az sayıda seyrelterek çok sayıda PZR gerçekleştirmeye
olanak sağlar ve her birinde ayrı ayrı PZR gerçekleşen
çok sayıda küçük bölümlere sahiptir. Aynı zamanda
dPZR; şu an çok az miktardaki genetik materyalin
miktarını dakikalar içinde tespit etme performansıyla
birçok nicel yöntemleri geride bırakmıştır. Tek molekülü
sayma stratejisi sayesinde bu yöntem yüksek hassasiyet
gösterebilmektedir. Güvenilirlik ve tekrarlanabilirlik düzeyi oldukça yüksek bir yöntem olmasıyla da dikkat çekmektedir. Bu derleme, digital PZR yönteminin
günümüze kadar olan süreçteki gelişimine ve ilerleyen
günlerde çözüm bulunması gereken eksik yönlerine
dikkat çekmeyi amaçlamaktadır.
Polymerase chain reaction (PCR), is a simple,
effective and widely used enzymatic technic especially
in the field of molecular biology which provides the
opportunity to amplify a specific DNA fragment from
DNA complex pool. Several PCR techniques such as realtime
PCR, quantitative and qualitative PCR, Reverse
Transcriptase PCR, Nested PCR and multiplex PCR have
been developed since the first invention of PCR. Due to
the various difficulties of the PCR techniques developed
so far, widening the application fields and finding out
more advanced level of PCR techniques have become
the first priority of the researchers. Digital PCR (dPCR)
technology has been developed as a new method to
permit the evaluation of the small changes in the copy
number variations of the rare mutations, differences
between the gene expression changes or state of
methylation. Digital PCR is a PCR based new technique
for the sensitive measurement of number of DNA copies,
it provides opportunity to do large number of PCR with
a few number of sample dilution and it has so many
small compartments where seperate PCRs are executed
in each. At the same time, dPCR leaves some of the
quantitative methods behind with the performance of
determining the quantity of small amount of genetic
material within seconds. This method shows high sensitivity with the strategy of counting single molecule. It also attracks the attention as a method having quite a
high reliability and repeatability level. This review aims
to give insight for dPCR development history and the
possible difficulties came across in its application.


The Turkish Bulletin of Hygiene and Experimental Biology (Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi) is an indipendent, international, Turkish and English-language, peer-reviewed journal, online and open-access, designed for scientists.


This is an open access journal which means that all content is freely available without charge to the user or his/her institution. Users are allowed to read, download, copy, distribute, print, search, or link to the full texts of the articles in this journal without asking prior permission from the publisher or the author. This is in accordance with the BOAI[1] definition of open access.

 

The Turkish Bulletin of Hygiene and Experimental Biology (Turk Hij Den Biyol Derg) is indexed in CAB Abstracts (Abstracts on Hygiene and Communicable Diseases, Diagnosis of Human Diseases, Tropical Diseases Bulletin, Global Health, AgBiotech, Veterinary Abstracts, Food Contamination, Residues and Toxicology, Human Toxicology and Poisoning), DOAJ (Directory of Open Access Journals), Index Copernicus, CAS (Chemical Abstracts Service), Google Scholar, Google, Open J-Gate, Ulrichsweb and Serials Solutions, NewJour, Genamics JournalSeek, Academic Journals Database, Scirus Scientific Database, Ovid Link Solver, BASE (Bielefeld Academic Search Engine), EBSCOhost Electronic Journals Service (EJS), Libsearch, Medoanet, SCOPUS, Türkiye Atıf Dizini, Türk-Medline, and TUBITAK-ULAKBIM Türk Tip Dizini.

 
LookUs & OnlineMakale