GİRİŞ ve AMAÇ: AMAÇ: Acinetobacter baumannii özellikle yoğun bakım ünitelerinde mortalite ve morbiditeyi arttıran hastane kaynaklı enfeksiyonların en önemli nedenlerinden biridir. Bu bakteri pnömoni, bakteriyemi, idrar yolu enfeksiyonu, yara enfeksiyonu ve menenjit gibi çeşitli tip enfeksiyondan izole edilebilir.
Bu çalışmanın amacı Ankara’daki çeşitli hastanelerden Kasım 2009 ile Aralık 2011 tarihleri arasında elde edilen 99 A.baumannii izolatı arasındaki klonal ilişkiyi göstermek ve antibiyotik dirençlerini belirlemektir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: YÖNTEMLER: Acinetobacter baumannii izolatlarının tanımlanması ve antibiyotik paternleri VITEK 2 (bioMérieux, France) sistemi ile yapıldı. Çalışmada antimikrobiyal ajan olarak amikasin, siprofloksasin, tetrasiklin, netilmisin, sulbaktam/ampisilin, trimetoprim/sülfametaksazol, seftazidim, gentamisin, levofloksasin, meropenem, imipenem, piperasilin, piperasilin/tazobaktam, sefaperazon/sulbaktam, sefepim, tigesiklin, kolistin kullanıldı. Acinetobacter izolatlarının klonal ilişkisi Rep-PCR yöntemi ile araştırıldı.
BULGULAR: Çalışmaya dahil edilen 99 A.baumannii izolatının %99'u imipeneme ve meropeneme dirençli bulundu. Kolistine dirençli suş saptanmadı (%0). Piperasilin ve piperasilin/tazobaktama tüm suşların dirençli olduğu gözlendi (%100). Siprofloksasine %99, ampisilin/sulbaktama %98, seftazidime %97, sefepime %96, levofloksasine %85, tetrasikline %80, trimetoprim/sulfametoksazole %71, amikasine %59, gentamisin ve netilmisine %56 direnç görüldü. Tigesiklin için dirençliler %5, orta duyarlılar %27 ve duyarlılar ise %68 olarak saptandı. Acinetobacter baumannii izolatlarının 4 patern oluşturduğu görüldü. İlk 3 paternin bir grup oluşturduğu ve dördüncü paternden farklı olduğu görüldü. Birinci patern (P1)’de 14 suş, ikinci patern (P2)’de 37 suş, üçüncü patern (P3)’de 36 suş bulunmaktaydı. Dördüncü patern (P4)’de ise 12 suş vardı. İlk üç paternin oluşturduğu grup ile dördüncü patern arasında üçten fazla bant farkının olduğu ve farklı oldukları görüldü. İlk üç paternin ise aralarındaki bir bant farklılığı ile benzer oldukları görüldü. Ayrıca her dört paternin kendi içinde bant farkı göstermeksizin aynı oldukları saptandı. Her dört paternde de farklı hastanelerden suşların bulunduğu saptandı.
Böylece her dört hastaneye muhtemelen hasta transferleriyle aynı Acinetobacter baumannii suşlarının yayılmış olduğu gösterildi.
TARTIŞMA ve SONUÇ: SONUÇ: Bu hastanelerde, çalışmanın devamı olarak A.baumannii’nin direnç mekanizmaları ve direnç genleriyle ilgili araştırma yapılabilir. Ayrıca, hastalara ilişkin risk faktörleri belirlenerek karbapenem ve diğer antibiyotiklerin dirençlerinden sorumlu izolatlara ilişkin epidemiyolojik veriler daha kapsamlı bir şekilde ortaya konabilir.

INTRODUCTION: OBJECTIVE: Acinetobacter baumannii is one of the most important cause of hospital acquired infections which raises the rates of mortality and morbidity in health care settings, especially in intensive care units. Acinetobacter baumannii may be isolated from various infections such as pneumonia, bacteremia, urinary track infections, wound infections and meningitis.
The aim of this study is to evaluate the clonal relationship and determination of antibiotic resistances between 99 Acinetobacter baumannii isolates which were obtained from different hospitals in Ankara between November 2009 and December 2011.
METHODS: Identification and antibiotic susceptibilities of A.baumannii isolates were performed by Vitek 2 (bioMérieux, France) system. In this study, amikacin, ciprofloxacin, tetracyclin, netilmicin, sulbactam/ampicilin, trimethoprim/sulfamethoxazole, ceftazidime, gentamicin, levofloxacin, meropenem, imipenem, piperacillin, piperacillin/tazobactam, cefoperazone/sulbactam, cefepime, tigecycline, colistin were used as antimicrobial agents. The clonal relationship of Acinetobacter isolates was analysed by Rep-PCR method.
RESULTS: %99 of A.baumannii isolates was resistant to imipenem and meropenem.. There was no resistant strain to colistine (%0). All of the strains were resistant to piperacillin and piperacillin/tazobactam (%100). Ciprofloxacin was %99, sulbactam/ampicillin %98, ceftazidime was %97, cefepime was %96, levofloxacin was %85, tetracycline was %80, trimethoprim/sulfamethoxazole was %71 resistant. Resistance to amikacin was %59 and resistance to gentamicin and netilmicin were both %56. Five percent of strains were resistant, %27 were intermediate susceptile and %68 were susceptile to tigecycline.There were 4 patterns. P1, P2 and P3 gathered to one group (G1) and they were similar. P4 was different from them. P1 had 14, P2 had 37, P3 had 36 and P4 had 12 strains. There were more than three bands difference between G1 and P4 which showed that they were different strains. Band difference between G1 (P1, P2, P3) was only one and this showed us that they were similar. In the other hand, there were not any band diffirence in P1, P2, P3 and P4. All of the patterns were consisted of strains from different hospitals.
We determined that the same strains spread to four different hospitals probably by patient transfers.
DISCUSSION AND CONCLUSION: CONCLUSION: As the next step,resistance genes and resistance mechanisms of A.baumannii can be researched in these hospitals and a comprehensive epidemiologic data can be presented by determining the risk factors of patients relevant to those responsible isolates for carbapenem and other antibiotics resistance.

GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmanın amacı, HBV infeksiyonunun son derece yaygın olduğu Anadolu’nun Güneydoğu bölgesindeki büyük şehirlerden birinde HBV DNA polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) testi için mikrobiyoloji laboratuvarına örnekleri gönderilen hastalarda, demografik özellikler ve serolojik belirteçler, karaciğer enzimleri ve HBV DNA seviyeleri arasındaki ilişkileri incelemektir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Ekim 2009-Ekim 2010 tarihleri arasında Şanlıurfa Eğitim ve Araştırma Hastanesinde viral hepatitin rutin testlerinin bir parçası olan HBV DNA PCR testi için1662 hastanın kan örneği laboratuvarımıza gönderildi. Bu örneklerde eş zamanlı olarak hepatit belirteçleri (HBsAg, HBeAg, anti-HBs and anti-HBc IgM) ve karaciğer fonksiyon enzimleri (ALT, AST) çalışıldı.
HBsAg, HBeAg, anti-HBs ve anti-HBc IgM seviyeleri chemiluminescent microparticle immunoassay yöntemi ile (Architect i2000 SR, Abbott, Ireland) çalışıldı.
ALT ve AST seviyeleri Roche Modular P ve Roche Integra otoanalizatörde (Roche Diagnostics Mannheim, Germany) ticari kitler ile ölçüldü.
HBV DNA PCR: Serum örneklerinde HBV DNA’nın izolasyonu M24sp otomatize ekstraksiyon cihazı (Abbott, USA) ile yapıldı. Saflaştırılmış DNA Abbott m2000 sample preparation system (Abbott, USA) yardımı ile Real-Time PCR yöntemi ile DNA amplifikasyonu yapıldı.
BULGULAR: Çalışmamızda ortalama yaş 33,7(Min-Max: 0-89) ve örneklerin çoğunluğu erkek cinsiyettedir (Erkek/Kadın; 1103/559). Hastaların %96.2’ının HBsAg’si pozitifti ve bu hastaların ortanca ALT seviyesi 94U/L(Min-Max: 4-2390 U/L) iken, ortanca AST seviyesi 74 U/L(Min-Max: 7-2505 U/L)’dir. HBsAg pozitif hastaların %94.6’sında HBV DNA pozitif ve ortanca HBV DNA düzeyi 3.9x104 copies/ml(Min-Max: 35-3.4x109 copies/ml)’dir. HBsAg pozitif hastaların %17.1’inde HBeAg pozitif idi. HBsAg negatif hastaların (%3.8) ortalanca ALT ve AST düzeyleri sırasıyla 32 U/L(Min-Max: 7-497 U/L) ve 33 U/L(Min-Max: 13-280 U/L)’dir. HBV DNA hastaların sadece %7.9’unda pozitifti ve ortanca HBV DNA seviyesi 155 copies/ml(Min-Max: 34-624 copies/ml) idi. HBsAg negatif ve HBV DNA pozitif hastaların %71.4’ünde HBeAg negatif bulundu. 1662 hastanın 26 (%1.6)’sında HBsAg ve Anti-HBs ‘nin her ikisi de negatif (N/N) idi. Bu N/N hastalarının sadece ikisi (%7.7) anti-HBc pozitif bulundu. İki anti-HBc pozitif hastanın ortalama ALT ve AST seviyeleri sırasıyla 29.5 U/L ve 30.5 U/L idi. Bu hastaların birinin HBV DNA’sı negatif idi ve diğeri 3×102 copies/ml ile pozitif bulundu.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Hepatit B infeksiyonlarının tanısında ve tedavisinin takibinde daha güvenilir sonuçlar elde edebilmek için daha sık kullanılan serolojik ve biyokimyasal testler ile birlikte kantitatif HBV DNA testleri kullanılmalıdır.

INTRODUCTION: The aim of the this study is to investigate, demographics and the relationship between serologic markers, liver enzymes and HBV DNA levels from the patients whose samples were sent to microbiology laboratory for HBV DNA polymerase chain reaction(PCR) test, in one of the greatest cities of Southeastern region of Anatolia, where HBV infection is extremely common.
METHODS: Between October 2009 and October 2010, blood samples of 1662 patients were sent to our laboratory for HBV DNA PCR testing as part of a routine examination for viral hepatitis in Şanlıurfa Training and Research Hospital, Turkey. Hepatitis markers(HBsAg,HBeAg,anti-HBs,anti-HBc IgM) and liver function enzymes(ALT,AST) are tested simultaneously in these samples.
HBsAg, HBeAg, anti-HBs and anti-HBc IgM levels were assessed with chemiluminescent microparticle immunoassay method (Architect-i2000 SR, Abbott,Ireland).
ALT and AST levels were measured with commercial kits in Roche Modular-P and Roche-Integra autoanalysator (Roche Diagnostics Mannheim,Germany).
HBV DNA PCR: Isolation of HBV DNA from serum samples was done with M24sp automated extraction device (Abbott,USA). Purified DNA was amplified with Real-Time PCR method with the help of Abbott-m2000 sample preparation system (Abbott,USA).

RESULTS: The mean age was 33.7(Min-Max: 0-89) years old and the majority of the patients were male gender(Male/Female;1103/559) in the study. HBsAg was positive in 96.2% of the patients and the median ALT level of these patients were 94 U/L(Min-Max: 4-2390 U/L), while median AST level was 74 U/L(Min-Max: 7-2505 U/L). HBV DNA was positive in 94.6% of HBsAg positive patients and the median HBV DNA level was 3.9x104 copies/ml(Min-Max: 35-3.4x109 copies/ml). HBeAg was positive in 17.1% of HBsAg positive patients. Median levels of ALT and AST in HBsAg negative patients(3.8%) were 32 U/L(Min-Max: 7-497 U/L) and 33 U/L(Min-Max: 13-280 U/L) respectively. HBV DNA was positive in only 7.9% of the patients with median HBV DNA level of 155copies/ml(Min-Max: 34-624 copies/ml). HBeAg was found negative in 71.4% of patients with negative HBsAg and positive HBV DNA. In 26 of 1662 patients(1.6%), both HBsAg and Anti-HBs were negative(N,N). Only two of the N/N patients(7.7%) were found anti-HBc positive. Mean ALT and AST levels of the two the anti-HBc positive patients were 29.5U/L and 30.5U/L respectively. HBV DNA was negative in one of these patients, and the other was found positive with a level of 3×102copies/ml.
DISCUSSION AND CONCLUSION: To acquire more reliable results on the diagnosis and follow-up of the treatment of Hepatitis B, quantitative HBV DNA tests should be used in together with more frequently used serologic and biochemical methods.

GİRİŞ ve AMAÇ: 8 Mayıs 2014 tarihinde, Afyonkarahisar Halk Sağlığı Müdürlüğü; Sandıklı ilçesi Akharım Beldesinden, il merkezi ve ilçedeki hastanelere karın ağrısı, bulantı, kusma, ishal şikâyetleriyle başvuranların sayısında artış olduğu ve salgın süresince 395 kişinin sağlık kuruluşlarına başvurduğu bildirmiştir. Çalışma, salgının nedenini saptamak, bulaş yolunu belirlemek, koruma- kontrol önlemlerini almak amacıyla yapılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Vakaları bulmak için hastane kayıtları incelenmiştir. Akharım beldesinden 05-12 Mayıs 2014 tarihleri arasında sağlık kuruluşlarına başvuran ve akut gastroenteritle ilişkili ICD-10 tanı kodlarıyla (A09, R11, ya da K52) kaydı yapılanlar şüpheli vakalar olarak tanımlanmıştır. Bu şüpheli vakalar arasından “İshal veya kusması olanlar” olası vaka olarak tanımlanmıştır.
Salgının nedeninin kanalizasyon ve yağmur suyu sızıntılarıyla kirlenmiş şebeke suyu olduğu hipotezini test etmek amacıyla vaka-kontrol çalışması yapılmıştır. Veriler; sosyodemografik özellikler, semptomlar, hastane başvurusu, semptom başlama zamanı, içme-kullanma suyu tüketimi, hijyen alışkanlıkları bilgileriyle ilgili toplam 24 sorudan oluşan anket formuyla yüzyüze toplanmıştır. Etken tespiti için gaita ve su örnekleri alınmıştır. Ayrıca vaka sayısındaki değişimle ilçe yağış değerlerindeki değişim karşılaştırılmıştır.
BULGULAR: Araştırmada 292 vaka ve kontrolüne ulaşılmıştır. Atak hızı kadınlarda (%17,7) erkeklerden (%10,9) daha yüksektir. Şüpheli vakaların yaş ortancası 19 yıldır (En küçük-En büyük: 11 ay-87 yıl). Vakalar tüm yaş gruplarında görülmüş, en yüksek atak hızı 10-14 yaş grubunda (%32,6) saptanmıştır. Olası vakalarda en sık görülen semptomlar; karın ağrısı (%89,8), ishal (%89,8), bulantı (%80,9), kusma (%70,3), ateştir (%67,5). Vakalarda kontrollere göre; musluk suyu içme tahmini rölatif riski 113,5 (%95 GA= 32,9- 694,0); mahalle çeşmesi suyu içme tahmini rölatif riski 0,10 (%95 GA: 0,04-0,3); kaynak suyu içme tahmini rölatif riski 0,10 (%95 GA: 0,02-0,30) ve damacana suyu içme tahmini rölatif riski 0,03 (%95 GA: 0,004-0,093) bulunmuştur. Damacana suyu içmek referans olarak kabul edildiğinde; vakalarda kontrollere göre musluk suyu içme 91 kattır (ORadj=91,1, %95GA: 12,4-666,4). İncelenen 9 adet gaita örneğinden ikisinde Norovirüs GI ve GII tespit edilmiştir. Bölgede içme-kullanma suyu olarak yüzeysel kaynakların kullanıldığı öğrenilmiştir. Şebeke suyu hattında da sızıntılar olduğu görülmüştür. Alınan 16 su örneğinin 11’inde total koliform sayısı yüksek bulunmuştur. Bütün su örneklerinde serbest klor düzeyi 0 ppm olarak saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Salgının, şebeke suyu kaynaklı olduğu düşünülmüştür. Şebeke suyu sisteminin gözden geçirilmesi, onarılması ve su kaynağı olarak yer altı sularının kullanılması ve suyun düzenli klorlanarak halkın kullanımına sunulması önerilmiştir.

INTRODUCTION: On 8 May 2014, a increase in gastroenteritis cases was reported from Akharım town, in Afyon Province, affecting 395 persons. We investigated the outbreak to determine its scope, source and mode of transmission and to recommend control measures.
METHODS: We reviewed medical records for case-finding. A suspected case was diagnosis with gastroenteritis-related ICD-10 codes (A09, R11, or K52) in Akharım town, resident during the likely exposure time. A probable case was a suspected case with onset of diarrhoea or vomiting. To test our hypothesis that “the source of the outbreak is the tap water contaminated with sewage and rain water”, we conducted a case-control study. Data; sociodemographic characteristics, symptoms, hospital admissions, symptom onset time, were collected by a face-to-face questionnaire consisted of 24 questions related to drinking-water consumption information. We collected stool and water samples for identify the agent. We also compared the change in rainfall districts with changes in the number of cases.
RESULTS: We have reached 292 cases and control in the study. Attack rate in women (17.7%) is higher than men (10.9%). The median age of suspected cases was 19 years (Min-Max: 11 months-87 years). Cases were seen in all age groups, the highest attack rate was in the 10-14 age groups (32.6%). The most common symptoms of possible cases were abdominal pain (89.8%), diarrhoea (89.8%), nausea (80.9%), vomiting (70.3%), and fever (67.5%). When compared to controls; drinking tap water was 113.5 (95% CI: 32.9-649.0); neighbourhood water was 0.10 (95% CI: 0.04 to 0.25); drinking spring water was 0.10 (95% CI: 0.02 to 0.30), and bottled water was 0.03 (95% CI: 0.004 to 0.093) times higher in cases.
When taking bottled water as reference; drinking tap water was more than 91 times higher in cases than controls (ORadj=91.1, 95% CI: 12.4-666.4). Two of nine stool samples were tested positive for Norovirüs GI-GII. In the region; superficial water has been used as water source. Of water samples 85% were tested positive for E. Coli and coliform bacteria. Town’s water supply came from surface water sources, and there were leakages from the pipeline system. Total coliform was found in 11 of 16 water samples. Free chlorine level was 0 (zero) ppm in all samples.

DISCUSSION AND CONCLUSION: Drinking contaminated tap water caused this outbreak. We recommended that the water treatment system should be thoroughly inspected, repaired and ground water sources should be used for the water supply. Regular chlorination of water supply was provided.

GİRİŞ ve AMAÇ: Erken Uyarı Cevap ve Saha Epidemiyolojisi Daire Başkanlığı’na 26 Ocak 2015 tarihinde Afyonkarahisar ili Dinar ilçesinde tularemi vakalarının olduğu bildirilmiştir. Salgın, olayın boyutunun saptanması, bulaş kaynağının tespiti, koruma-kontrol önlemlerinin alınması ve ileride oluşabilecek salgınların önlenmesi amacıyla incelenmiştir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: 17 Şubat 2015 tarihinde ilçede bir saha araştırması başlatılmış ve 15 Mart 2015 tarihine kadar pozitif çıkan her vaka araştırmaya dâhil edilmiştir. Vaka kontrol çalışması için vaka tanımı ve kontrol seçim kriterleri geliştirilmiştir. Vakalar “10 Aralık 2014-15 Şubat 2015 tarihleri arasında Dinar ilçesinde bulunan ve laboratuvar sonucu mikroaglütinasyon testi ile Francisella tularensis pozitif saptanan kişiler” olarak belirlenmiştir. Kontroller ise “belirtilen tarihler arasında ilçede bulunan; tularemi yönünden herhangi bir şikâyeti bulunmayan kişiler”den seçilmiştir. Bir vakaya 4 kontrol seçilmiştir. Vaka tanımı ve kontrol seçim kriterlerine uyan toplam 29 vaka ve 116 kontrol bulunmuştur. Analizlerde yüzde dağılımları, atak hızı, t-testi, ki-kare testi, olası risk faktörlerini değerlendirmek için %95 güven aralığı (GA), tahmini rölatif risk (TRR) ve lojistik regresyon kullanılmıştır. İstatistiksel anlamlılık düzeyi p<0,05 olarak kabul edilmiştir. Ana su kaynakları, depolar ve kontrol izlem noktalarından su numuneleri alınması sağlanmıştır.
BULGULAR: Vakaların %72,4’ü kadındır. Her yaş grubunda görülmekle birlikte vakaların %62,1’inin yetişkin yaş grubunda olduğu saptanmıştır. Vakaların yaş ortalaması 36,7±17,5 yıldır (En küçük: 5, En büyük: 72). Vakaların yaş ortalaması kontrollerin yaş ortalamasından istatiksel olarak anlamlı düzeyde küçüktür (t=3,46 p=0,001). Vakaların %89,7’sinde üşüme-titreme, %86,2’sinde boğaz ağrısı, %82,8’inde boyunda veya kulak çevresinde lenf bezi büyüklüğü ve 75,9’unda ateş olduğu saptanmıştır.
Vaka ve kontroller musluk suyu kullanımı, sebze-meyve yıkamada kullanılan su, çiğ sebzeleri sirkeli suda veya çamaşır suyu eklenmiş suda bekletme, gölet, dere, ırmak suyu ile temas (yüzme, çamaşır yıkama), kemirici teması, av hayvanları teması ve kene ısırma öyküsü gibi risk faktörleri açısından değerlendirilmiştir. İncelenen bu faktörlere maruz kalma düzeyi vakalar ve kontrollerde benzer bulunmuş, istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır.
Yaş karıştırıcı bir faktör olabileceğinden oluşturulan lojistik modele tüketilen suyun bağlı olduğu su deposu ve yaş değişkenleri konmuştur. Yaş kontrol edildiğinde, vakalarda kontrollere göre Depo 1’den su içme tahmini rölatif riski 3,6 kat (%95 GA: 1,5-8,7) bulunmuştur. Salgın için alınan su numunelerinde tularemi etkeni saptanamamıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Epidemiyolojik veriler değerlendirildiğinde bu salgının Depo 1’den dağıtılan şebeke suyunun içilmesine bağlı bir tularemi salgını olduğu düşünülmüştür. Benzer salgınların tekrar yaşanmaması için; su depolarının düzenli denetimi, bakiye klor ölçümlerinin düzenli takibi, hastalığın sık görüldüğü bölgelerde bu hastalığa yönelik olarak halkın bilgilendirilmesi ve hekimlerde farkındalığın artırılmasına yönelik çalışmalar yapılmalıdır.

INTRODUCTION: Tularemia cases from Dinar, Afyonkarahisar were reported to Early Warning Response and Field Epidemiology Department on January 26, 2015. Outbreak was investigated to determine the scope, identify the source, to implement prevention and control measures and to avoid future outbreaks.
METHODS: In the district, an investigation was initiated on February 17, 2015 and all identified new positive cases were included in the investigation until March 15, 2015. Confirmed case definition and control selection criteria were developed for the case-control study. Confirmed case was “a resident in Dinar, who was detected positive with microagglutination test for Francisella tularensis between December 10th 2014-February 15th 2015. Controls were selected from residents who don’t have any complaints regarding tularemia between specified dates. Four controls were selected for each case. In total, we had 29 cases and 116 controls. Percentage distribution, attack rate, t-test, chi-squared test, 95% confidence interval (CI), Odds Ratio (OR) and logistic regression were used in the analysis to evaluate the possible risk factors. Statistically significant level was p<0.05. Water samples were taken from the main water supply, and the storage tank and sampling points.
RESULTS: Of the cases 72.4% was women. Although cases were distributed to all age groups, 62.1% of cases were in adult age group. The mean age of cases was 36.7±17.5 years (Min-Max. 5-72). The mean age of cases was lower than the controls (t=3.46 p=0.001). Main symptoms of cases were chills (89.7%), sore throat (86.2%), swollen lymph nodes in neck (82.8%) and fever (75.9%). Cases and controls were evaluated for risk factors such as use of tap water, water sources for washing fruits and vegetables, methods of washing raw vegetables (in water, in vinegar, in bleach), contact with lakes, streams, rivers (swimming, washing), contact with rodents, animal hunting and tick bite history were evaluated. These factors were not associated with the disease. Logistic regression included age and water storage tanks providing drinking water. After controlling for age, people drinking water from Tank-1 were 3.6 times more likely to be ill (95% CI: 1.5 - 8.7). Tularemia agent was not detected in water samples.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Epidemiological data shows; this tularemia outbreak was caused by drinking tap water distributed from Tank-1. To avoid similar future outbreaks; regular audits of water tanks, and regular monitoring of chlorine levels were recommended. Public who lives in regions where tularemia is common should be trained on tularemia; awareness raising activities should be implemented for physicians.

GİRİŞ ve AMAÇ: Amaç: Özellikle Akdeniz bölgesinde önemli bir halk sağlığı sorunu olan hemoglobin bozuklukları taraması için en yaygın kullanılan yöntem HPLC’dir (High Performance Liquid Chromatography). Pek çok marka ve model HPLC sistemleri ile hemoglobinopati taraması yapılmakta ancak sistemlerin birbirleri ile uyumu bilinmemektedir. Bu çalışmanın amacı; D-10TM Hemoglobin testingsystem (BioRad,Hercules,USA) marka HPLC cihazı ile Tosoh HLC 723 G8 (TosohBioscience, Japan) HPLC cihazını hemoglobinopati tanı ve taraması açısından önemli olan HbA2 parametresi ölçümü bakımından karşılaştırılmasıdır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Yöntem: Çalışmaya Antalya Eğitim ve Araştırma Hastanesi merkez laboratuvarı biyokimya bölümüne 1-31 Ocak 2016 tarihleri arasında talasemi taraması için başvuran 12’si erkek, 18’i kadın toplam 30 kişi alındı. Her iki cihazda tek seferde çalışılan hemoglobin A2 (HbA2) değerlerinin farkları için bağımlı iki grup ve iki ölçüm fark testleri, istatistiksel uyum ve ilişki analizi için iki-yönlü rastgele sınıfiçikorelasyon katsayısı (SKK), Cohen’skappa katsayısı, korelasyon katsayısı (r) ve BlandAltman Analizi yapıldı. Sonuçlar uygun grafiklerle sunuldu.
BULGULAR: Bulgular: Analizler sonucunda Tosoh HLC 723 G8 cihazında örneklerin 14’ü (%46.66) ve BioRad D-10TM cihazında örneklerin 9’u (%30) β -talasemi taşıyıcısı olarak saptandı. Her iki cihazda ölçülen HbA2 değerleri arasında anlamlı fark saptandı (z= -4.487; p <0.001). HbA2 değerleri için sınıf içi korelasyon katsayısı 0.898, uyum katsayısı 0.783, Spearman korelasyon katsayısı 0.944, Cohen’sKappa değeri 0.658 ve BlandAltmanAnalizi sonucu yanlılık değeri 0.75 (Alt Limit: -0.49; Üst Limit: 1.99) olarak bulundu.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç: Korelasyon, regresyon ve diğer istatistiksel analizlere göre her iki cihaz arasındaki uyum yetersiz olarak bulundu.

INTRODUCTION: Objective: HPLC (High Performance Liquid Chromatography) is the most commonly used method to differentiate the subtypes of hemoglobin in screening for hemoglobinopathy which is a major public health care problem especially in Mediterranean region. Today, different models and trademarks of HPLC equipment have been used in screening for hemoglobinopathy. However, the agreement of the results of the analyses performed by these types of equipment are unknown. In this study, the aim was to investigate the agreement between the results of the analyses of HbA2 values with D-10TM Hemoglobin testing system (BioRad,Hercules,USA) andTosoh HLC 723 G8 (TosohBioscience, Japan) trademark.


METHODS: Method: A total of 30 individuals, 12 males and 18 females, presented to the laboratory between January 1 and January 31, 2016 for thalassemia screening were included in this prospective study. Statistical correlations of hemoglobin A2 (HbA2) values, analyzed in each analyzer as a single analysis from each sample were evaluated using two-way random intraclass correlation coefficient (ICC), Cohen’s kappa coefficient, correlation coefficient (r) and Bland Altman analysis. Results are presented with graphics.
RESULTS: Results: As a result of the analysis, 14 of the samples (46.66%) were detected as –thalassemia carrier with Tosoh HLC 723 G8 system and 9 of the samples (30%) were detected as –thalassemia carrier with BioRad D-10TM system. There was significant differance in HbA2 values measured with both systems (z= -4.487; p <0.001). ForHbA2 values; intraclass correlation coefficient was 0.898, coefficeint of concordance was 0.783, Spearman corelation coefficiency was 0.944, Cohen’s Kappa value 0.658 and Bland Altman analysis bias value was 0.75 (LowerLimit: -0.49; Upper Limit: 1.99).
DISCUSSION AND CONCLUSION: Conclusion: According to the regression, correlation and other statistical analyses, agreement between the results of HbA2 values measured by the two analyzers were found to be insufficient.

GİRİŞ ve AMAÇ: Aşkale-Erzurum çimento fabrikasının etrafında çeşitli çevresel kirleticilerin genotoksik etkisinin belirlenmesi amacıyla Pseudevernia furfuracea, Lobaria pulmonaria, Cetralia islandica ve Usnea longissima dört liken türü kullanılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çevresel kirleticilere maruz kalmış örnekler ile kontrol örneklerinin protein boyutunda ve moleküler boyutda da RAPD bantlarında yeni bant oluşumu ve/veya bant kaybolması olup olmadığı kontrol edilmiştir.
BULGULAR: Çimento fabrikasına 50m uzak da kirleticilere maruz kalan örneklerde protein içeriği belirgin bir düşüş gözlenmiş olmasına karşın çimento fabrikasına 100 ve 200m uzaklıktaki liken örneklerinde protein içeriğinde herhangi bir değişim gözlemlenmemiştir. Çalışılan dört tür arasında P. furfuracea bant görünümü ve kaybolma oranı en yüksek olan türdür. P. furfuracea toplam kontrol bant sayısı (83) ile kirleticilere maruz kaldıktan sonraki bölge 1, 2 ve 3’de (sırasıyla uzakta çimento fabrikası 50, 100, 200m) toplam 19, 45 ve 51 bant gözlemlenmiştir. Buna ek olarak, P. furfuracea örneğinde site 1, 2 ve 3'de kontrole göre sırasıyla 31, 13 ve 15 bant kaybolmuştur. Ayrıca, en yüksek polimorfizm değeri OPC04 primeri ile U. longissima ve L. pulmonaria (P% =% 86.6) liken türlerinde ve en düşük polimorfizm oranı (P% = 45.4%) OPC01 primeri ile L. pulmonaria’da elde edilmiştir. Çalışma sonucunda elde edilen sonuçlara göre; çimento fabrikası (50m) en yakın yer olan bölge 1’de en yüksek bandı artış ve kaybolması tespit edilmiştir. GTS değerlerinin düşük bir seviyede ortaya çıkan bölge 1’de dört liken türlerinde genotoksik etkisi yüksek düzeyde belirlenmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışma, çimento fabrikası etrafında toplanan dört farklı liken türünün kullanılması ile çeşitli çevre kirleticilerinin neden olduğu genotoksik ve biyolojik etkinin ön belirteci olarak bilgi vermektedir. Genotoksik ajanların erken uyarı tespitinin belirlenmesinde biyomarkır olarak indikatör organizmalar ile kullanımı, hava kirliliğinin yol açtığı hasar düzeyinin yorumlanmasında güvenilir hassasiyet göstermektedir.

INTRODUCTION: The genotoxic effects of various environmental pollutants were studied with the four lichen species Pseudevernia furfuracea, Lobaria pulmonaria, Cetralia islandica and Usnea longissima around cement factory in Aşkale-Erzurum.
METHODS: The main observation or changes in the protein assay and RAPD patterns included appearance of new bands or/and disappearance of normal bands compared with the control samples.
RESULTS: In the samples exposed at 50 m far from the cement factory, a significant decrease was observed in protein content however far from sites in cement factory (100 and 200m) not much changes were observed. Among the four studied species, P. furfuracea revealed the highest level of band appearance and disappearance. Totally 19, 45 and 51 bands were appeared at sites 1, 2 and 3 (50, 100, 200 m far from cement plant, respectively) after exposed to pollutants compared with total control bands (83) in P. furfuracea. In addition to this, 31, 13 and 15 bands from the control species disappeared in site 1, 2 and 3 in P. furfuracea. Furthermore, the highest polymorphism value was obtained (P% = 86.6%) in U. longissima and L. pulmonaria by the OPC04 primer, and the lowest polymorphism was yielded (P% = 45.4%) in L. pulmonaria by the OPC01 primer. Our results indicate that site 1, which is the nearest site to the cement factory (50m), has the highest appearance and disappearance band. As the samples from site 1 revealed the lowest level of GTS values might led to a high level of genotoxic effect in the four lichen species.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The current study provides preliminary evidence to the biological effects and genotoxicological consequences caused by various environmental contaminants tousing four different lichen species collected from around cement factory. The use of indicator organisms as a biomarker in the early detection of genotoxic agents showed reliable sensitivity in terms of estimating the level of damage caused by air pollution.

Bacillus licheniformis doğada yaygın olarak bulunabilen, saprofitik bir bakteri olup, insanlarda bakteriyemi, peritonit, gıda zehirlenmeleri gibi hastalıklara neden olabilmektedir. Medikal olarak kullanılan basitrasin antibiyotiğinin endüstriyel kaynağıdır. Bacillus licheniformis’ten kültür oluşturulması ile elde edilen proteaz biyolojik yıkama tozlarında, ilaç, deri ve gıda endüstrilerinde kullanılır. Bacillus licheniformis SB 3086 suşu aynı zamanda süs bitkilerinde ve çimlerde fungal hastalıkları önlemek ve tedavi etmekte kullanılmaktadır. Karın zarı iltihabı, göz iltihabı gibi enfeksiyonlarda üretilmeleri ile ilgili çalışmalar varken yarada bu konu ile ilgili yayınlara rastlanılmamıştır.
Çalışmamızda 3. derece yanık ile hastanemiz 69 yaşındaki hastanın yarasından alınan kültür örneğinde Bacillus licheniformis üretilmiştir. Kanlı agar besiyerinde üreyen oldukça tipik büllerden oluşan kolonilerden yapılan gram boyamada gram pozitif basiller görülmüştür
Antibiyotik duyarlılık testinde ampisilin, tetrasiklin, kloramfenikol, klindamisin, gentamisin, rifampisin, kunipristin/dalfopristin ve kinolonlara duyarlı, kotrimoksazole dirençli olduğu görülmüştür. Baitrasin/neomisin sülfat ve nitratrafurazon pomad kullanan hastanın sonraki kültürlerinde üreme saptanmamıştır.

Bacillus licheniformis which can be found as widely in nature is a saprophytic bacterium, which can cause diseases such as food poisoning, peritonitis, bacteremia in humans which is used as a medical industrial sources of Bacitracin antibiotics. Protease which is obtained by culturing Bacillus licheniformis is used in biological washing powders, drug, leather and food industries. Bacillus licheniformis SB 3086 strain also is used to prevent and treat fungal diseases in ornamental plants and turf. Despite being produced in infections such as peritonitis, eye inflammation; publications on this subject in wound has not been observed.
In this study, admission to our hospital 69-year-old patient's who has 3rd degree burns wound cultures were produced in Bacillus licheniformis. Gram-positive bacilli in the gram stain made from breeding colony consisting of a fairly typical blisters were seen in blood agar. Antibiotic susceptibility testing of ampicillin, tetracycline, chloramphenicol, clindamycin, gentamicin, rifampicin, kunipris/dalfopristin and sensitive to ciprofloxacin has been shown to be resistant to cotrimoxazole Patient which is used Bacitracin / neomycin sulfate and nitrate furazo pomad was not detected in subsequent culture

AB Entegrasyon Sürecinin Desteklenmesi Faaliyetleri – SEI 2009 programlaması kapsamında “İçme Sularında Halk Sağlığının Korunması için Acil Durum Yönetimi ve Risk Analizi” başlıklı kısa süreli eşleştirme projesi Sağlık Bakanlığı - Türkiye Halk Sağlığı Kurumu - Çevre Sağlığı Daire Başkanlığı tarafından İtalya - the Istituto Superiore di Sanita, İtalya Ulusal Sağlık Enstitüsü, İç Suların Hijyeni Birimi, Çevre Birincil Önleme Bölümü işbirliğinde Ocak 2013 ile Haziran 2013 tarihleri arasında altı ay süre ile yürütülmüştür. Projenin amacı içme suyu alanında risk değerlendirmesinin, erken uyarı ve acil durum yönetiminin AB içme suyu mevzuatı (98/83/EC) ile aynı doğrultuda gerçekleştirilmesi için kurumsal kapasitenin oluşturulmasında Sağlık Bakanlığı Türkiye Halk Sağlığı Kurumunun güçlendirilmesidir. Proje dört zorunlu hedeften oluşmuştur. 1. hedef içme suyunda Sağlık Bakanlığı Türkiye Halk Sağlığı Kurumunun risk değerlendirme kapasitesinin geliştirilmesidir. 2. hedef içme suyunda kontaminasyonların tanımlanmasına yönelik metodolojilerin oluşturulmasıdır. 3. hedef Sağlık Bakanlığı Türkiye Halk Sağlığı Kurumunun içme suyundaki erken uyarı kapasitesinin geliştirilmesidir. 4. hedef Sağlık Bakanlığı Türkiye Halk Sağlığı Kurumunun içme suyundaki acil durum yönetim kapasitesinin geliştirilmesidir. Projenin tüm zorunlu hedeflerine başarıyla ulaşılmıştır. Kapsamlı eğitim ve çalıştayların yanı sıra içme sularının izlenmesinde uygunsuzluk durumlarında karar verme süreci, içme sularında kirliliğin belirlenmesi, erken uyarı, acil durumlar ve kriz yönetimi konularında dört rehber kitap hazırlanmış, basımı yapılmış ve dağıtılmıştır. Sağlık Bakanlığının teknik ve kurumsal kapasitesi hem merkezi düzeyde hem de 81 il düzeyinde olmak üzere güçlendirilmiştir.

EU twinning light project entittled “Emergency case management and risk analysis in drinking water for the protection of public health” was implemented within the frame of Support Activities to Strengthen the European Integration Process SEI-2009 programming by the Ministry of Health, Public Health Institution of Turkey, Consumer and Employee Safety Vice-Presidency, Environmental Health Department with the cooperation of Italy - the Istituto Superiore di Sanita, Italian National Institute of Health (ISS), Inland Water Hygiene Section, Environmental Primary Prevention Department for six months period between January 2013 and June 2013. The aim of the Project was to strengthen the Ministry of Health, Public Health Institution of Turkey in the field of drinking water by means of building institutional capacity for risk assessment, early warning and management of emergency cases in line with EU Drinking Water Legislation (98/83/EC). The project had four mandatory results. Result 1 was to improve the risk assessment capacity of Ministry of Health - Public Health Institution of Turkey in drinking water. Result 2 was to develop methodologies for identifying contamination in drinking water. Result 3 was to improve the early warning capacity of the Ministry of Health - Public Health Institution of Turkey in drinking water. Result 4 was to improve the emergency case management capacity of the Ministry of Health - Public Health Institution of Turkey in drinking water. The all project mandatory results were successfully reached. Besides extensive trainings and workshops, four guidance documents concerning the instructions for decision-making following non-compliance results in drinking water monitoring, identification of contamination, early warning and emergency case/crisis management in drinking water were prepared, published and distributed. The technical and institutional capacity of the Ministry of Health in the field of drinking water were improved both at the central level and provincial level involving 81 provinces.

Batı Nil virüsü (BNV) ilk kez 1937 yılında Uganda’da tanımlanmıştır. O günden bu yana dünyada yayılmaktadır. BNV, sivrisinek-kaynaklı (çoğunlukla Culex) bir insan patojeni olup Flaviviridae ailesinden Flavivirus cinsine aittir. BNV virüsü, tek zincirli bir RNA virüsüdür. BNV, doğal konakları olan vahşi kuşlardan sivrisinekler yoluyla bulaşmaktadır. Göçmen kuşlar BNV’nün coğrafik olarak yayılmasında rol oynamaktadır. Enzootik bulaşta, BNV birincil olarak sivrisinekler ve kuşlar arasında sirküle olmaktadır. BNV ile enfekte bir sivrisinek tarafından ısırılan insanlar, atlar ve diğer hayvanlar kör konaktır. İnsanlarda, 2-14 gün süren bir kuluçka dönemini klinik belirtiler izlemektedir. Hastalığın %80’i asemptomatik olarak seyretmektedir. %1’den daha az vakada, BNV ensefaliti ve ya menenjiti görülebilir. BNV 2 genetik soya ayrılabilir. Genetik soy 1- BNV (lineage WNV 1), Afrika, Avustralya, Asya ve Akdeniz havzasında endemik olarak bulunmaktadır. Genetik soy 2- BNV (lineage WNV 2), Sahra altı Afrika’da endemiktir. Avrupa’da BNV enfeksiyonları 1950’den beri tanımlanmaktadır. Dünyada son 20 yıldır, artmış oranda salgınlar gözlenmektedir. Refik Saydam Hıfzısıhha Enstitüsü tarafından, Türkiye’de 2011 Ağustos ayının ikinci ve üçüncü haftalarında konfirme edilen üç vaka bildirilmiştir. Türkiye’den ilk kez 2010 yılında, 47 BNV olgusu bildirilmiştir. Ne yazık ki, BNV enfeksiyonunun özgül bir tedavisi bulunmamaktadır. Günümüzde, insanlara yönelik aşısı mevcut değildir ve hastalıktan korunma sivrisinek ile mücadeleye bağlıdır. Bu çalışmada, Türkiye’den BNV ile ilgili bildirilerin ve çalışmaların derlenmesi ve BNV literatürünün güncel durumunun gözden geçirilmesi amaçlanmıştır.

West Nile virus (WNV) was first identified in Uganda in 1937. Since then, it has spread around the world. WNV is mosquito-borne (mainly of the genus Culex) human pathogen and belonging to family Flaviviridae, genus Flavivirus. The WNV is a single-stranded RNA virus. WNV is transmitted by mosquitoes with wild birds as its natural hosts. Migratory birds play a role in the geographic dispersion of WNV. During enzootic transmission, WNV circulates primarily between mosquitoes and birds. Mosquitoes with WNV bite and infect people, horses, and other animals, all of whom are “dead end” host. In humans, an incubation period of 2- 14 days precedes symptoms. Eighty percent of diseases are asymptomatic. In clinical cases, WNV is associated with febrile illness. In less than 1% of cases, WNV causes encephalitis or meningitis. The WNV can be classified into two lineages. Lineage 1 WNV strains have long been endemic in Africa, Australia, Asia and Mediterranean Basin. Lineage 2 WNV strains have been endemic in sub-Saharan Africa. Human WNV infection has been described in Europe since 1950. An increased number of outbreaks have been observed over the last twenty years on the world. The Refik Saydam National Public Health Agency was confirmed three cases, all identified during the 2nd and 3rd week of August 2011 in Turkey. In 2010, 47 West Nile fever cases were reported for the first time in Turkey. Unfortunately, there is no specific treatment for WNV infection. Currently, there is no human vaccine against WNV and prevention of the diseases in humans is based on mosquito control. In this study, it was aimed to collect about WNV reports and studies from Turkey and reviewed to current status of WNV in the literature.

Enterovirüs D68 (EV-D68) genellikle solunum yolu infeksiyonlarından sorumlu olan zarfsız, tek zincirli, pozitif polariteli bir RNA virüsüdür. Picornaviridae ailesi içinde sınıflandırılır. Solunum yollarında diğer enterovirüslerin reseptörü olan α2-3 siyalik asit yerine α2-6 siyalik aside bağlanır. Özellikle çocuklarda üst solunum yolu ve alt solunum yolu infeksiyonlarının yanısıra sinir sistemi infeksiyonlarından da sorumlu olabilir. Polio benzeri felçlerle ilişkilidir. Virüs enfekte kişilerin tükürük, balgam, mukus gibi salgılarıyla bulaşır. Altta yatan solunum hastalığı ve astımı olan bebek ve çocuklarda, immunsupresif hastalarda ciddi komplikasyonlar ile ilişkilidir. Amerika Birleşik Devletleri ve Kanada’da 2014 yılında geniş çaplı bir salgın gerçekleşti. Ardından Avrupa, Tayland, Çin, Yeni Zellanda ve bazı Afrika ülkelerinde salgınlara yol açtı. EV-D68, 33°C’de üreyebilmesi ve aside toleransının düşük olması nedeniyle atipik bir EV olarak kabul edilir. Bu nedenle EV-D68 infeksiyonlarının mevsimsel dağılımı sonbaharın başlangıcı ve kış aylarıdır. Virüs, hücre kültürlerinde üretilebilir ancak tanıda genellikle moleküler yöntemlerden yararlanılır. Tanı için, solunum yolu örnekleri, bazen de beyin omurilik sıvısı ve kan örnekleri kullanılır. Enterovirüs D68 virüsüne yönelik henüz özel bir aşı ve ilaç bulunmamaktadır. Hafif ve orta dereceli vakalar için destekleyici tedavi yeterli olabilmektedir. Ağır vakalar ise hastaneye yatış ve yoğun bakım gerektirir. Korunma için, enfekte hastaların yediklerini, içtiklerini paylaşmaktan, bu hastaları öpmek ve sarılmaktan kaçınılması ve el hijyenine dikkat edilmesi önerilmektedir.
Bu derlemede, literatür eşliğinde, EV-D68 infeksiyonlarının güncel epidemiyolojik, patojenik, klinik ve tanısal özelliklerinin özetlenmesi amaçlandı. Türkiye’de virüsün neden olduğu infeksiyonlara yönelik yeterince veri bulunmamaktadır. Sunduğumuz derleme, ülkemizde EV-D68 ile ilgili çalışmalara ışık tutacak, olası bir salgın durumunda EV-D68 infeksiyonunun erken tanısında ve yönetiminde yarar sağlayacaktır.

Enterovirus D68 (EV-D68) is a non-enveloped single-stranded RNA virus with positive polarity that usually leads to respiratory tract infections. It is classified in the Picornaviridae family. It binds to α2-6 sialic acid instead of α2-3 sialic acid which is an EV receptor in respiratory tract. Especially in children, as well as the upper respiratory tract, and lower respiratory tract infections, it may be responsible for the central nervous system infections. It is associated with polio-like paralysis. The virus is transmitted by secretions of infected people such as saliva, sputum, and mucus. It is associated with serious complications in infants and children with the underlying respiratory disease and asthma, and immunosuppressive patients. In United States and Canada, in 2014, a large-scale outbreak occurred. Then, it led to outbreak in Europe, Thailand, China, New Zealand and in some African countries. EV-D68, due to reproduce at 33 °C and the low tolerance to the acid is considered an atypical EV. Therefore, seasonal distribution of EV-D68 infection is beginning of the autumn and winter months. The virus can be isolated in cell culture, but the diagnosis is often based on molecular methods. For diagnosis, respiratory samples, and sometimes cerebrospinal fluid and blood samples can be used. Currently, there is no specific vaccine and drug for EV-D68. Supportive treatment may be sufficient for mild and moderate cases. Severe cases require hospitalization and intensive care. For protection, it is recommended to avoid to share foods or drinks with infected patients and avoid to kiss them and to pay attention to hand hygiene.
In this review, the summarizing the current epidemiological, pathogenic, clinical, diagnostic features of EV-D68 infections was aimed. There was no available data for infections caused by this virus in Turkey. This review will lead the studies on EV-D68 and it will provide benefits for early diagnosis and management of infections in a possible outbreak.