ISSN: 0377-9777 / e-ISSN: 1308-2523
Turkish Bulletin of Hygiene and Experimental Biology - Turk Hij Den Biyol Derg: 77 (3)
Volume: 77  Issue: 3 - 2020
FULL JOURNAL
1.TBHEB 2020-3 Vol 77 Full Printed Journal
Utku ERCÖMERT
Pages 268 - 379
Abstract |Full Text PDF

RESEARCH ARTICLE
2.Contact tracing management of the COVID-19 pandemic
Asiye Çiğdem ŞİMŞEK, Ateş KARA, Fatma Nur BARAN AKSAKAL, Mehmet GÜLÜM, Bahattin İLTER, Levent ENDER, Yunus Emre BULUT, Hasan GÜL, Hasan IRMAK, Kerime ALTUNAY, Deniz ÇAKMAK, Ercüment TOSUN, Enver Cihangir GÜLEGEN, Muhittin DEMİRKASIMOĞLU, Nilüfer TAVUKÇU, Avni AYDOĞMUŞ
doi: 10.5505/TurkHijyen.2020.80688  Pages 269 - 280
GİRİŞ ve AMAÇ: Pandeminin toplum düzeyindeki etkisi virüsün bulaştırıcılığına, hastalık oluşturma yeteneğine, toplumdaki bireylerin bağışıklık durumuna, bireyler arası temas ve toplumlar arası ulaşım özelliklerine, risk faktörlerinin varlığına, sunulan sağlık hizmetlerine ve iklime bağlı olarak değişiklik göstermektedir.
Covid-19 Pandemisinin başlangıcından itibaren ülkeler kapasiteleri ve mevcut sağlık altyapılarının durumuna göre değişik stratejiler yürütmüştür.
Türkiye’de ilk Covid-19 vakası 11 Mart 2020 tarihinde görülmüş ve salgın başlangıcından itibaren vaka görülen ülkelere ve ülkelerden uçuşların durdurulması, okulların kapatılması, evden çalışma olanaklarının sağlanmasına yönelik yasal düzenlemeler, 65 yaş ve üstü ile 20 yaş ve altı kişiler için sokağa çıkma yasağı, topluma yönelik süreli sokağa çıkma yasakları gibi önlemler alınmıştır. Bir yandan sağlık kurum ve kuruluşlarının güncellenmiş pandemi hazırlık planları kapsamında yataklı tedavi kurumlarının “pandemi hastanesi” yaklaşımı ile ikinci ve üçüncü basamak hizmet sunumu devam ederken bir yandan da birinci basamak sağlık hizmetleri dahilinde salgın kontrolüne yönelik olarak sahada vaka bulma ve temaslı takibi amacıyla “filyasyon çalışmaları” planlanmış ve yürütülmüştür.
Ankara ilinde Covid-19 test sonucu pozitif vakalar ile onların temaslılarına yönelik “filyasyon çalışmaları” (tespit, sevk ve takip) çalışmalarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Bakanlığımızca hazırlanan Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi (LBYS), Halk Sağlığı Yönetim Sistemi (HSYS), Filyasyon ve İzolasyon Takip Sistemi (FİTAS) ve Aile Hekimliği Bilgi Sistemi (AHBS) ile Ankara ilinde Covid-19 test sonucu pozitif vakalar ile onların temaslılarına yönelik “the contact tracing management” (tespit, sevk ve takip) çalışmalarını değerlendirmeyi amaçlayan araştırmamız tanımlayıcı bir çalışmadır. Araştırma kapsamında 11 Mart 2020 ile 31 Mayıs 2020 tarihleri arasındaki çalışmalar incelenmiştir.
Çalışmanın yapılması ve yapılan çalışmanın bilimsel dergilerde yayınlanması amacıyla T.C.Sağlık Bakanlığı Halk Sağlığı Genel Müdürlüğünden 12/06/2020 tarih ve 119016548 sayılı izin alınmıştır.


BULGULAR: Ankara'da ilk vakanın konfirme edildiği 13 Mart 2020 ile 31 Mayıs 2020 arasında toplam 190.823 PCR testi yapılmış ve 5231 pozitif vaka olarak tanımlanmıştır. Pozitiflik oranı % 2.74'tür.
Ankara'da vaka başına ortalama temaslı kişi sayısı 4,07 olup vaka başına kişi takibi sayısı ise 4,05'tir. İl genelinde 1 doktor ve 2 sağlık personelinden oluşan toplam 398 " Filyasyon Ekibi" ile saatte ortalama 50 ± standart sapma % 99.4'e ulaşılmıştır.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Virüsün yayılmasını önlemek için en etkili yol; maske kullanımı, sosyal mesafe, el yıkama, hijyen kuralları, iç mekan ortam havalandırması gibi enfeksiyon önleme çalışmaları ve GPS tabanlı mobil uygulama FİTAS ile ülke genelinde hizmet sunan Saha Filyasyon Ekipleri ve Aile Hekimleri aracılığıyla yapılan temaslı yönetimi gibi halk sağlığı müdahaleleriyle salgının kontrol altına alınması beklenmektedir.

INTRODUCTION: The new type of Corona virus (SARS-CoV-2) is the most important item on the agenda, currently affecting our world. The number of cases has exceeded millions and the number of dead has exceeded hundreds of thousands. The precautions to be taken by societies and individuals, especially states, will undoubtedly be the most important task at the end of this epidemic.
In our study, analyzes the data and consequences regarding Covid-19, making use of worldwide experiences and national statistics. In the report writing process, evidence-based and scientific tables and charts were used. In these times when most citizens have just begun to encounter the word pandemic, this report has been prepared using the data and scientific facts of the Ministry of Health of the Republic of Turkey.
In this study, it was aimed to evaluate “contact tracing management” (detection, referral and follow-up) studies for positive cases with Covid-19 test results and their contacts in Ankara.
METHODS: With the Laboratory Information Management System (LBYS), Public Health Management System (HSYS), Contact Tracing and Isolation Tracking System (FITAS) and the Family Medicine Information System (AHBS) prepared by our Ministry, the Covid-19 test results in Ankara were directed towards the “the Our study, which aims to evaluate contact tracing management” (detection, referral and follow-up) studies, is a descriptive study.
Within the scope of the research, the studies between March 11, 2020 and May 31, 2020 were examined.
In order to use the data in the study, permission was obtained from the General Directorate of Public Health of the Ministry of Health of the Republic of Turkey.dated 06/12/2020 and numbered 119016548.
RESULTS: In Ankara, the number of contacts per case is 4.07 and the number of contact tracing per case is 4.05. With a total of 398 "Field Contact Tracing Teams" consisting of 1 doctor and 2 health care personnel throughout the city, the average of 50 ± standard deviations reached 99.4% within hours.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The most effective way to prevent the spread of the virus; the epidemic is expected to be brought under control by public health interventions such as mask use, social distance, hand washing, hygiene rules, infection prevention activities such as indoor ventilation and contact management made through Field Contact Tracing Teams" and Family Medicine providing service across the country with GPS-based mobile application FITAS.

3.An investigation of antifungal susceptibilities of the Candida species isolates from blood cultures using the Sensititre YeastOne microdilution method
Raif KARAASLAN, Esin AKTAŞ, Figen ORHAN
doi: 10.5505/TurkHijyen.2020.42650  Pages 281 - 288
GİRİŞ ve AMAÇ: Candida türlerinin neden olduğu invaziv fungal enfeksiyonlar önemli ölçüde artmıştır. Bu nedenle, türlerin hızlı ve doğru tanımlanması ve duyarlılık testleri, özellikle fırsatçı enfeksiyonları içeren vakalar da oldukça önemlidir. Mikrodilüsyon esasına dayanan Sensititre YeastOne metodu, antifungal duyarlılık testi için Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü referans yöntemine uygun bir alternatiftir. Sensititre YeastOne liyofilize halde antifungal içeren kuyucuklara sahip olup Candida izolatlarının minimum inhibitör konsantrasyonu (MIK) değerlerinin belirlenmesi için geliştirilen bir yöntemdir. Çalışmamızda kan kültürlerinden izole edilmiş Candida izolatlarının; Sensititre YeastOne kolorimetrik sistem kullanılarak antifungal ilaç duyarlılığının belirlenmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda her biri farklı hastalara ait kan kültürlerinden izole edilen 50 Candida izolatı dahil edildi. (16’C andida albicans, 14’ü Candida tropicalis, 10’u Candida glabrata, 8’i Candida parapsilosis, 2’si Candida Kefyr) ve iki adet kalite kontrol suşu (Candida krusei ATCC 6258, Candida parapsilosis ATCC 22019) dahil edilmiştir. Türlerin antifungal duyarlılıkları, kolorimetrik bir sistem olan Sensititre YeastOne (Trek Diagnostic Systems, ABD) mikrodilüsyon yöntemi ile araştırılmıştır.
BULGULAR: Çalışma sonunda Candida izolatlarının tamamında MİK aralıkları; amfoterisin B için; 0,12-2 μg/ml, flukonazol için; 0,12-256 μg/ml, vorikonazol için; 0,008-8 μg/ml, kaspofungin için; 0,015-0,5 μg/ml, anidulafungin için; 0,015-2 μg/ml, mikafungin için; 0,008-2 μg/ml, flusitozin için; 0,006-8 μg/ml, posakonazol için; 0,008-8 μg/ml, itrakonazol için; 0,015-16 μg/ml olarak belirlenmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Elde edilen düşük MİK değerleri göz önüne alındığında; anidulafungin, mikafungin, kaspofungin, flusitozin, posakonazol, vorikonazol, itrakonazol ve amfoterisin B’nin Candida izolatlarına karşı etkin olabileceği ve flukonazole dirençli suşlarla oluşan enfeksiyonların tedavisinde alternatif ilaç olarak kullanılabilecekleri sonucuna varılmıştır.


INTRODUCTION: Invasive fungal infections caused by Candida species have increased significantly. Therefore, rapid and correct identification to the species level and susceptibility testing have become important, especially in cases involving invasive infections. The Sensititre YeastOne method, based on the microdilution method, is an alternative to the Clinical and Laboratory Standards Institute reference method for antifungal susceptibility testing. Sensititre YeastOne is a method for determining the minimum inhibitory concentration (MIC) values of Candida isolates with wells containing lyophilized antifungals. In our study, the aim was to determine the antifungal drug sensitivity of Candida isolates from blood cultures by using a Sensititre YeastOne colorimetric system.

METHODS: Fifty candida isolates, each isolated from blood cultures of different patients in the Medical Microbiology Laboratory of Atatürk University Faculty of Medicine, were included in the study (16 isolates of Candida albicans, 14 of Candida. tropicalis, 8 of Candida. parapsilosis, 10 of Candida glabrata, 2 of Candida kefyr) and two quality control strain (Candida krusei ATCC 6258, Candida parapsilosis ATCC 22019) were included in the study. The antifungal susceptibilities of the species were tested by the microdilution method using a colorimetric method, Sensititre YeastOne (Trek Diagnostic Systems, USA).

RESULTS: For all Candida species, minimum inhibitory concentration (MIC) ranges were as follows: 0.12-2 μg/ml for amphotericin B; 0.12-256 μg/ml for fluconazole; 0.008-8 μg/ml for voriconazole; 0.015-0.5 μg/ml for caspofungin; 0.015-2 μg/ml for anidulafungin; 0.0082 μg/ml for micafungin; 0.006-8 μg/ml for flucytosine; 0.008-8 μg/ml for posaconazole and 0.015-16 μg/ml for itraconazole.


DISCUSSION AND CONCLUSION: Considering the low minimum inhibitory concentration (MIC) values obtained, it was concluded that anidulafungin, micafungin, caspofungin, flucytosine, posaconazole, voriconazole, itraconazole and amphotericin B may be effective against Candida species and may be used as alternative drugs for the treatment of infections caused by fluconazole-resistant species.


4.Removal of the lead and nickel heavy metals with Pseudomonas spp. strains which isolated from waste water
Berrin KELOĞLU, Şahlan ÖZTÜRK, Süleyman YALÇIN
doi: 10.5505/TurkHijyen.2019.78095  Pages 289 - 300
GİRİŞ ve AMAÇ:
Son yıllarda endüstriyel ve teknolojik gelişmelerden kaynaklanan atıkların çevreye olumsuz etkilerini ortadan kaldırmak veya azaltmak için, atık su arıtımında kullanılan klasik yöntemlerin yerine biyoteknolojik yöntemler tercih edilmektedir. Pseudomonas spp. suşları çevresel biyoteknoloji çalışmalarında, çevre kirliliğine neden olan kirletici faktörleri yok etme kabiliyetleri nedeniyle tercih edilmektedir. Bu çalışmada, atık sudan izole edilen 40 adet Pseudomonas cinsi bakteri kullanılarak insanlar ve diğer canlı organizmalar için toksik olan kurşun ve nikel metallerinin giderim mekanizması incelenmiştir. Bu çalışma ile endüstriyel ve evsel atık sulardaki ağır metallerin canlı mikroorganizmalar ile giderimi çalışmalarına katkı sağlanması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışma için atık su arıtma tesisinin çeşitli havuzlarından izole edilen toplam 40 adet Pseudomonas spp. ile kurşun ve nikel metallerine olan direnç ve tolerans tespiti çalışmaları yapılmıştır. Belirlenen LC50 değerleri ile hücre yüzeyine tutunma ve hücre içine alınım olmak üzere biyobirikim deneyleri gerçekleştirilmiştir.
BULGULAR: İzolatlardan 22 tanesi Pseudomonas aeruginosa, 11 tanesiPseudomonas stutzeri, yedi tanesi de Pseudomonas mendocina olarak tanımlanmıştır. Suşların 50 ppm metal içeren besiyerlerinde 37 ˚C’deki inkübasyonu sonrası, üreme yoğunlukları doğrultusunda her bir metal için en dirençli beş adet izolat belirlenmiştir. Pseudomonas spp.’ler metal toleranslarının tespiti amacıyla 50 ppm, 100 ppm, 200 ppm ve 400 ppm kurşun ve nikel içeren ayrı besiyerlerinde 24 saat 37 ˚C’de inkübasyona bırakılarak % ölüm ve LC50 değerleri hesaplanmıştır. Bu çalışmanın sonucunda; en dirençli suşlar Pb (+2) için P. aeruginosa BK14, Ni (+2) için P. stutzeri BK23 olarak belirlenmiştir. LC50 değerlerinde metal içeren besiyerlerinde 37 ˚C’de tekrar inkübasyona bırakılan BK23 ve BK14 suşlarında sırası ile 10. ve 30. dakikalarda ve 1, 2, 4, 8, 12, 16, 20 ve 24. saatlerde biyobirikim deneyleri yapılmıştır. Metallerin giderimi, hücre yüzeyine adsorbsiyon ve hücre içine alınım şeklinde gerçekleşmiştir. P. aeruginosa BK14 suşu ile 204,30 ppm Pb (+2)’nin %56’sı hücre yüzeyinde olmak üzere % 84 giderim; P. stutzeri BK23 suşu ile 186,21 ppm Ni (+2)’in %47’si hücre yüzeyinde olmak üzere toplamda %76 giderim gerçekleşmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Elde edilen sonuçlara göre her iki metal için de giderim daha çok hücre yüzeyine tutunma yolu ile olmuştur. Bu çalışma ile ilk defa kurşun ve nikele dirençli canlı Pseudomonas spp. ’ler ile ağır metal giderim mekanizması hücre yüzeyine tutunma ve hücre içine alınım şeklinde mukayeseli olarak değerlendirilmiştir.
INTRODUCTION: In recent years, biotechnological methods are preferred instead of classical methods used in wastewater treatment in order to eliminate or reduce the negative effects of wastes on the environment arising from industrial and technological developments. Pseudomonas spp. are preferred in environmental biotechnology studies because of their ability to remove pollutant factors that cause serious environmental pollution. In this study, the removal mechanism of lead and nickel metals which are toxic for humans and other living organisms were investigated with 40 Pseudomonas genus bacteria which isolated from waste water. With this study, it is aimed to contribute to the removal works of heavy metals in industrial and domestic wastewater by living microorganisms.
METHODS: 40 Pseudomonas spp. which were isolated from the pools of wastewater treatment plant, have tolerance and resistance tests for lead and nickel. Bioaccumulation tests were performed using the determined LC50 values and the removal of metal ions by the Pseudomonas spp. was evaluated as cell uptake and cell surface involvement.
RESULTS: 22 isolates were identified as P. aeruginosa, 11 were P. stutzeri and seven were P. mendocina After incubation of bacteria strains at 37 ˚C for 24 hours in media containing 50 ppm metal, the most resistant five isolates were determined for each metal. For determination of metal tolerances, Pseudomonas spp. are incubated at 37 ° C for 24 hours on separate media containing 50 ppm, 100 ppm, 200 ppm and 400 ppm lead and nickel and the % of death and LC50 values were calculated. According to results of this study, it was determined that isolates highest metal tolerance for Pb (+2) is P. aeruginosa BK14 and for Ni (+2) is P. stutzeri BK23. Bioaccumulative assays were performed at 10, 30 minutes and at the 1st, 2nd, 4th, 8th, 12th, 16th, 20th and 24th hours, respectively. Removal of the metals was carried out on the cell surface by adsorption and cell uptake. P. aeruginosa BK14 strain removed 84 % of 204,30 ppm Pb (+2) in total, as which 56 % of on the cell surface and P. stutzeri BK23 strain removed the 76 % of 186,21 ppm Ni (+2) in total, as which 47 % of on the cell surface.


DISCUSSION AND CONCLUSION: According to the results obtained, the removal of both metals was mostly due to the attachment to the cell surface. In this study, the heavy metal removal mechanism with live Pseudomonas spp.which resistant to lead and nickel was evaluated as comparative to cell surface attachment and cell uptake for the first time.

5.Sanitation control of some equipments used in poultry slaughterhouse line
Nilgün ÇETİNKAYA, Gökhan Kürşad İNCİLİ, Ali ARSLAN
doi: 10.5505/TurkHijyen.2019.93275  Pages 301 - 310
GİRİŞ ve AMAÇ: Tavuk etinin mikrobiyal kontaminasyonu üretim, işleme ve kesimhane aşamalarına bağlı olarak değişiklik göstermektedir. Bu çalışma, Elazığ’da bulunan ticari bir kanatlı kesimhanesinde uygulanan sanitasyon (temizlik + dezenfeksiyon) işleminin etkinliğini incelemek amacıyla yapıldı.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu amaçla mekanik tüy yolma makinesi parmakları, su soğutma tankı çıkış bandı, hava soğutma çıkış bandı ve diyet bölümü son ürün dizme bandında sanitasyon öncesi, sanitasyon sonrası 20. ve 30. dakikalarda swap örnekleri alınarak toplam mezofilik aerob bakteri, koliform grubu bakteri ve Enterobacteriaceae sayıları ile Salmonella spp. prevalansı yönünden araştırıldı.
BULGULAR: Sanitasyon öncesi ile sanitasyon sonrası 30. dakikalarda toplam mezofilik aerob bakteri sayılarının tüy yolma parmağında sırasıyla; 5,69±0,83, ve 4,64±0,83 log10 kob/cm2 olduğu ve sanitasyon öncesi ile sonrası arasındaki farkın önemli olduğu tespit edilmiştir (p<0,05). Ayrıca toplam mezofilik aerobik bakteri sayılarının su soğutma çıkış bandında, hava soğutma çıkış bandında ve diyet bölümü son ürün bandında sanitasyon öncesi ile sonrası arasındaki farkın önemli olduğu tespit edilmiştir (p<0,05). Enterobacteriaceae sayısı sanitasyon öncesi ve sonrası 20. ile 30. dakikalarda tüy yolma parmağında sırasıyla; 4,00±2,09, 2,43±0,58 ve 3,27±0,69 log10 kob/cm2, su soğutma çıkış bandında sırasıyla; 2,74±0,82, 1,47±1,35 ve 0,32±0,86 log10 kob/cm2 olarak tespit
edildi. Diyet bölümü son ürün bandında sanitasyon öncesi ve sonrası 20. dakikada sırasıyla; 2,44±0,81, 1,65±1,43 log10 kob/cm2 olarak saptanırken sanitasyon sonrası 30. dakikada koliform grubu bakteriye rastlanmadı. Salmonella spp. prevalansı ise sanitasyon öncesi tüy yolma parmağında örneklerin %66,67’sinde, sanitasyon sonrası 20. dakikada %33,33’ünde ve 30. dakikada örneklerin %16,67’sinde, sanitasyon öncesi su soğutma çıkış ve hava soğutma çıkış bantlarında örneklerin %8,33’ünde Salmonella spp. tespit edildi. Diyet bölümü son ürün bandında ise hiçbir aşamada Salmonella spp. varlığına rastlanmadı.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak, daha iyi bir hijyenin sağlanması, üretilen ürünlerin daha uzun raf ömrüne sahip olması ve kanatlı eti kaynaklı halk sağlığını tehdit edici mikroorganizmaları elemine etmek için sanitasyonun daha etkili bir şekilde yapılması önerilebilir.
INTRODUCTION: Microbial contamination of chicken meat varies depending on various processes applied during production, slaughtering and processing. This study was carried out to investigate the effectiveness of sanitation (cleaning+disinfection) implemented in a commercial poultry slaughterhouse in Elazığ.
METHODS: For this purpose, swab samples from defeathering machine fingers, outlet band of water cooling tank, outlet band of air cooling and end product band of diet department were taken to analyze the number of total mesophilic aerobic bacteria (TMAB), coliforms, Enterobacteriaceae and the prevalence of Salmonella spp. before sanitation and at the 20 and 30 minutes after sanitation process.
RESULTS: Total mesophilic aerobic bacteria numbers of the samples taken from fingers of mechanical defeathering machine before sanitation and at the 30 minutes after sanitation process were 5.69±0.83, and 4.64±0.83 log10cfu/cm2, and the differences between before and after sanitation were significant (p <0.05). In addition, it was determined that the differences of the total mesophilic aerobic bacterica counts between before and after sanitation in the water cooling outlet band, air cooling outlet band and the diet product final product band were significant (p<0.05). Enterobacteriaceae numbers of the samples taken from fingers of mechanical defeathering machine before sanitation and at the 20 and 30 minutes after sanitation process were 4.00±2.09, 2.43±0.58 and 3.27±0.69 log10 cfu/cm2, in the samples taken from outlet band of water cooling tank were 2.74±0.82, 1.47±1.35 and 0.32±0.86 log10 cfu/cm2, respectively. Coliform bacteria number of the samples taken from end product band of diet department before sanitation and at the 20 min after sanitation process were 2.44±0.81 and 1.65±1.43 log10 cfu/cm2, respectively, no coliform bacteria was detected at the 30 min after sanitation process. The prevalence of Salmonella spp. in the samples taken from defeathering machine fingers before sanitation and at the 20 and 30 minutes after sanitation process were 66.67%, 33.33% and 16.67%, respectively. Salmonella spp. was detected in 8.33% of the samples taken from outlet band of water cooling tank and air cooling. Salmonella spp. was not detected in the samples taken from the end product band of diet department at any time.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result, it can be speculated that the cleaning and sanitation process implemented in the related establishment is satisfactory, however, extending shelf life of the products and eliminating the poultry meat-borne pathogenic microorganisms that threaten public health, performing better sanitation process may be recommended.

6.Assessment of the anti-quorum sensing effect of Lactobacillus sp. metabolites on expression levels of QS-related genes in Pseudomonas aeruginosa PAO1
Didem KART, Suna Sibel GÜRPINAR, Müjde ERYILMAZ
doi: 10.5505/TurkHijyen.2019.57873  Pages 311 - 318
GİRİŞ ve AMAÇ: Pseudomonas aeruginosa hastane enfeksiyonları ile ilişkili önemli bir patojen olup, patojenitesi çoğunlukla quorum sensing (QS) sistemi ile ilişkilidir. Bu çalışmanın amacı, vajinal Lactobacillus sp. izolatlarının metabolitlerinin anti-QS aktivitelerinin değerlendirmesi ve metabolitlerin P. aeruginosa PAO1’in QS ilişkili genlerinin transkripsiyonel regülasyonu üzerindeki etkilerinin araştırılmasıdır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamızda daha önce 16S rRNA gen dizi analizi ile tanımlanmış olan 13 adet Lactobacillus spp. izolatı kullanılmıştır. Bu izolatların metabolitlerinin, Chromobacterium violaceum CV12472 suşu kullanılarak anti-QS aktiviteleri değerlendirilmiştir. Metabolitlerin QS ile ilişkili genlerin ekspresyonları üzerindeki etkisi kantitatif reverz transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu RT-qPZR ile araştırılmıştır.
BULGULAR: Test edilen tüm metabolitler C. violaceum ’un şeffaf zon bölgesi görünümü ile karakterize edilen anti-QS aktivite göstermişlerdir. Metabolitlerle temas sonrasında P. aeruginosa PAO1'de, test edilen tüm quorum sensing ilişkili genler (lasI, lasR, rhlR ve mvfR ) anlamlı bir down-regülasyon göstermişlerdir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Antibakteriyel direncin artması nedeniyle, farklı etki mekanizmasına sahip doğal kaynaklardan köken alan, enfeksiyonlara karşı yeni ajanlar gerekmektedir. Çalışmamız, in vitro Pseudomonas biyofilmlerinin kontrolünde Lactobacillus metabolitlerinin olası anti-QS ajanı olarak kullanılabileceklerini vurgulamaktadır.

INTRODUCTION: Pseudomonas aeruginosa is an important pathogen associated with nosocomial infections and its pathogenicity is mostly linked with the quorum sensing (QS) system. The aim of this study was to evaluate the anti-QS activity of the metabolites of vaginal Lactobacillus spp. isolates and to investigate the effect of these metabolites on transcriptional regulation of QS related genes in P. aeruginosa PAO1.
METHODS: In this study, 13 Lactobacillus spp. isolates that were previously identified by 16S rRNA gene sequence analysis were used. Metabolites of these isolates were assessed for the anti-QS activity by using Chromobacterium violaceum CV12472. The influence of metabolites on the expression of QS related genes was also examined by reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR ).
RESULTS: All tested metabolites exhibited anti-QS activity with the appearance of a non-pigmented zone of C. violaceum. All tested quorum sensing-related genes (lasI, lasR, rhlR and mvfR) in P. aeruginosa PAO1 showed significant down-regulation after treating with the metabolites.
DISCUSSION AND CONCLUSION: New anti-infection agents from natural resources with a different mode of action are necessary due to the increasing occurrence of antibacterial resistance. Our study highlights the possible usage of Lactobacillus metabolites as an anti-QS agent against P. aeruginosa biofilm cells in vitro.

7.Determination of Anti-HCV Scanning Test cut-off value by HCV-RNA and Line Immunoassay Test
Alper SARIBAŞ, Altan AKSOY
doi: 10.5505/TurkHijyen.2020.67778  Pages 319 - 324
GİRİŞ ve AMAÇ: Anti- HCV yalancı pozitif test sonuçlarını azaltabilmek ve gereksiz ek test isteminin önüne geçebilmek için ülkemize en uygun anti- HCV eşik değerini tespit etmek amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Toplam 202 hastaya ait anti- HCV pozitif örnek çalışmaya dahil edilmiştir. HCV antikorlarının tespiti için Architect anti- HCV kitleri kullanılmıştır ve ≥ 1 kesme noktası (S/CO) değerine sahip numuneler reaktif kabul edilmiştir. Ayrıca örneklerin HCV- RNA ve Line immunoassay testleri (LIA) çalışılmıştır.
BULGULAR: Anti- HCV pozitif 202 örneğin 60 (%29,7)’ı HCV- RNA pozitif ve 124 (%61,4)’ünde LIA pozitif bulunmuştur. Anti- HCV S/CO düzeyi 1- 5 arasında olan 84 (%41,6), 5- 10 arasında olan 29 (%14,4) ve 10’un üstünde olan 89 (44,1) kişi çalışmaya alınmıştır. Anti- HCV seropozitifliği açısından yaş grupları arasında en yüksek oran 40 yaş üzeri (%73,8) grupta tespit edilmiştir. HCV- RNA negatif olan grubun medyan anti- HCV düzeyi (3,2), HCV- RNA pozitif olan grubun medyan anti- HCV düzeyine (13,7) göre anlamlı oranda daha düşük bulunmuştur. LIA pozitif olan grubun medyan anti- HCV düzeyi (13,3) ile karşılaştırıldığında LIA negatif olan grup (2,1) arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. ROC analizi sonucunda, Architect anti- HCV testi için en iyi S/CO değeri 7,8 olarak belirlenmiştir ve bu durumda duyarlılık %98,3, özgüllük %68,3, pozitif tahmini değer %56,7, negatif tahmini değer %99 ve doğruluk %77,2 olarak hesaplanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Anti- HCV seropozitifliği yaş ile birlikte anlamlı oranda artmıştır. Anti- HCV eşik değerine yakın sonuçlara HCV- RNA ve LIA pozitifliği genellikle eşlik etmemiştir. Architect anti- HCV tarama testi için eşik değeri 7,8 olarak belirlendiğinde çok az örneğin doğrulama gerektireceği tespit edilmiştir.
INTRODUCTION: In this study, we aimed to determine optimal anti- HCV cut-off value in our country to reduce anti- HCV false positive test results and prevent unnecessary additional testing.
METHODS: The study group consisted of samples of 202 anti- HCV positive patients. Detection of HCV antibodies was performed with Architect anti- HCV kits and samples with ≥ 1 S/CO were considered as reactive. Samples were also studied with HCV- RNA and Line Immunoassay (LIA) tests.
RESULTS: The anti- HCV (S/CO) levels of 84 patients (41.6 %) were between 1 and 5, 29 patients (14.4 %) were between 5 and 10, 89 patients (44.1 %) were more than 10. Among anti-HCV positive 202 patients, total number of HCV-RNA positive patients and total number of LIA positive patients were 60 (29.7 %) and 124 (61.4 %), respectively. The highest rate of anti- HCV seropositivity (73.8 %) was found in the above 40 years age group. The median of the anti- HCV levels (3.2 S/CO) of the HCV- RNA negative patients was significantly lower than the median of the anti- HCV levels (13.7 S/CO) of the HCV- RNA positive patients. The difference between the median of anti- HCV levels of LIA negative patients (2.1 S/CO) and the median of anti- HCV levels of the LIA positive patients (13.3 S/CO) was statistically significant. By ROC analysis, the best cut-off value forthe Architect anti- HCV test was determined as 7.8 S/CO and with this calculated cut-off value, sensitivity (98.3%); specificity (68.3%); positive (56.7%) and negative (99%); predictive value sandt he accuracy (77.2%) were calculated.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Anti- HCV seropositivity increases significantly with age. HCV- RNA and LIA positivity generally do not accompany the results minimally above anti- HCV cut-off values. A few samples will require verification if the cut- off value for Architect anti-HCV screening test is determined as 7.8.

8.Investigation of death related factors in urinary catheter-associated urinary tract infections
Can Hüseyin HEKİMOĞLU, Selda ŞAHAN
doi: 10.5505/TurkHijyen.2020.13549  Pages 325 - 332
GİRİŞ ve AMAÇ: Sağlık hizmeti ile ilgili en yaygın enfeksiyonlardan biri olan üriner kateter ile ilişkili idrar yolu enfeksiyonları (ÜKİ-ÜSE), morbidite, mortalite, hastanede kalış süresi ve maliyetini artırır. 2008 yılından 2017 yılına kadar Türkiye’de ÜKİ-ÜSE hızında % 70’lik bir azalma meydana gelmiştir. Ancak 2017 yılında sürveyans verilerine göre Türkiye'de sağlık hizmeti ile ilişkili en sık görülen enfeksiyonlardan biri İYE idi ve bunların % 77.9'u üriner kateter ile ilişkili idi. Bu çalışmada yoğun bakım ünitelerinde ÜKİ-ÜSE gelişen hastalarda ölüm üzerine ilişkili faktörlerin araştırılması amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu retrospektif kohort çalışmasının evreni, Türkiye'de 2015-2017 yıllarında 18 yaşın üzerinde CAUTI tanısı konan YBÜ hastalarıdır. Veriler, Türkiye'deki tüm hastanelerde yürütülen aktif ve ileriye dönük Ulusal Sağlık Hizmeti İlişkili Enfeksiyonlar Sürveyansı kapsamında enfeksiyon kontrol hemşireleri tarafından, toplanmıştır. Çalışmanın bağımlı değişkeni hastaneden çıkış şekli olup taburcu ve ölüm olmak üzere iki kategoride ele alınmıştır. Çalışmadaki bağımsız değişkenler yaş, cinsiyet, hasta günü, entübasyon, diyabet, böbrek yetmezliği, sekonder kan dolaşımı enfeksiyonudur. Bağımlı değişken üzerine etkili faktörlerin etkisinin eş zamanlı incelemesi için çok değişkenli lojistik regresyon analizi yapılmıştır. Regresyon modelini doğrulamak için bootstrap yeniden örnekleme yöntemi kullanılmıştır.
BULGULAR: Yoğun bakım ünitelerinde ÜKİ-ÜSE gelişmiş hastalarda ölüm üzerine etkili bağımsız faktörler yaş grubu, hasta günü, diyabet varlığı, böbrek yetmezliği varlığı, entübasyon uygulanmış olması ve sekonder kan dolaşımı enfeksiyonu gelişimi olarak bulunmuştur.
TARTIŞMA ve SONUÇ: ÜKİ-ÜSE gelişen hastalarda ölüm üzerine nedensel etkili faktörlerin ve bu faktörler arasındaki ilişkilerin yapısını anlamak ve belirlemek oldukça zordur ancak bu yapının karmaşık olduğu açıktır. Bu risk faktörlerini modifiye edebilmenin güçlüğü yanı sıra bu risk faktörlerini modifiye etmenin de ölüm üzerine etkisi bilinmemektedir. Bu nedenle bu hasta grubunda ölümlerin azaltılmasına yönelik en akılcı ve verimli yaklaşım ÜKİ-ÜSE gelişiminin önlenmesidir.
INTRODUCTION: Catheter-associated urinary tract infections (CAUTI), one of the most common healthcare-related infections, increase morbidity, mortality, length of hospital stay and cost. From 2008 to 2017, CAUTI rates decreased 70% in Turkey. However according to the surveillance data in 2017 one of the most common health care-associated infections in Turkey was urinary tract infection and 77.9% of them were urinary catheter-associated. The aim of this study was to investigate the factors related to mortality in patients with CAUTI in intensive care units.
METHODS: The universe of this retrospective cohort study is the ICU patients diagnosed with CAUTI over the age of 18 in Turkey in 2015-2017. The data were collected by infection control nurses in all hospitals in Turkey in the context of the National Healthcare-associated Infection Surveillance which is active and prospective. The dependent variable of the study was the type of discharge from the hospital and was evaluated in two categories as discharge and death. The independent variables in the study were age, gender, patient day, intubation, diabetes, renal failure, secondary bloodstream infection. Multivariate logistic regression analysis was performed to investigate the effect of the factors affecting the dependent variable simultaneously. The bootstrap resampling method was used to confirm the regression model.
RESULTS: Independent factors related mortality in patients with CAUTI in ICUs were found to be age group, patient day, presence of diabetes, presence of renal failure, intubation, and development of secondary bloodstream infection.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In conclusion, it is difficult to understand and determine the structure of causal factors and the relationships between these factors in patients with UTI-UTI, but it is clear that this structure is complex. In addition to the difficulty of modifying these risk factors, the effect of modifying these risk factors on death is not known. Therefore, the most rational and efficient approach to reduce deaths in this patient group is to prevent the development of CAUTI.

9.The effect of biosynthetic silver nanoparticles against intestinal toxicity caused by lipopolysaccharide
Fatma ÖZTÜRK KÜP, Burçin KOÇAK, Ali Tuğrul AKIN, İsrafil DOĞANYİĞİT, Aslı OKAN, Emin KAYMAK, Züleyha DOĞANYİĞİT
doi: 10.5505/TurkHijyen.2020.52386  Pages 333 - 342
GİRİŞ ve AMAÇ: Nanopartiküller, sahip oldukları üstün fiziksel özellikleri nedeniyle biyoteknoloji, farmakoloji, tıp, sensörler, bilişim ve iletişim, elektronik, savunma, tekstil, makine ve inşaat sanayileri de dahil olmak üzere bir çok alanlarda kullanılmaya başlanmıştır. Biyolojik sentez yöntemleri toksik kimyasallar kullanılmadığından dolayı farmasötik ve diğer biyomedikal uygulamalar için çevre dostu özellikleri nedeniyle son yıllarda yaygın olarak kullanılmaktadır. Mikroorganizmalar ve bitki ekstraktları ile nanopartiküllerin biyolojik sentezi ile ilgili çalışmalar günümüzde hızla artmıştır. Bitki orjinli polifenolik bileşikler son zamanlarda çalışmalarda yoğun bir şekilde kullanılmaktadır. Biz de çalışmamızda LPS ile oluşturulan bağırsak hasarı ve apoptozis üzerine üzüm çekirdeği ekstresi ile hazırlanan biyosentetik gümüş nanopartiküllerin etkisini araştırmayı amaçladık.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışma da 80 adet Wistar albino türü yetiştin erkek sıçanlar; kontrol grubu, LPS uygulama grubu, üzüm çekirdeği ekstresi grubu, gümüş nanopartikül (AgNP) grubu, Ag iyonu grubu ve LPS+ Ag iyonu grubu, LPS+ AgNP grubu, LPS+ üzüm çekirdeği özütü grupları olmak üzere rastgele sekiz eşit gruba ayrıldı. Hayvanlardan alınan bağırsak dokularında histopatolojik değerlendirme ve TUNEL yöntemi ile apoptotik hücre sayıları değerlendirildi.
BULGULAR: Çalışmanın sonucunda LPS uygulamasının bağırsaklarda nekrotik villüslarda lümene dökülme, villuslarda dejeneratif değişiklikler ve kanamaya neden olduğu, Ag iyonu, üzüm çekirdeği özütü ve AgNP’lerin LPS ile birlikte uygulanması ile bu değişikliklerin hafiflediği görülmüştür. Ayrıca LPS apoptotik hücre sayısını da diğer gruplara göre anlamlı derecede artırmış ve Ag iyonu, üzüm çekirdeği ekstresi ve AgNP’lerin LPS ile birlikte uygulanması ise apoptotik hücre sayısı üzerine istatistiksel olarak olumlu etki göstermiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuç olarak biyosentetik AgNP’lerin LPS’nin neden olduğu toksisiteyi azaltacak potansiyele sahip olduğunu söyleyebiliriz. Bu çalışma bundan sonraki çalışmalara ışık tutacak niteliktedir.
INTRODUCTION: Nanoparticles have been used in many fields including biotechnology, pharmacology, medicine, sensors, informatics and communications, electronics, defense, textile, machinery and construction industries due to their superior physical properties. Biological synthesis methods have been widely used in recent years due to their environmentally friendly properties for pharmaceutical and other biomedical applications since toxic chemicals are not used. Studies on the biological synthesis of microorganisms and plant extracts and nanoparticles have increased rapidly today. Plant origin polyphenolic compounds have been used extensively in recent studies. In our study, we aimed to investigate the effect of biosynthetic silver nanoparticles prepared with grape seed extract on intestinal damage and apoptosis caused by LPS.
METHODS: In the study, 80 rats of Wistar albino were male rats; control group, LPS group, grape seed extract group, silver nanoparticle (AgNP) group, Ag ion group and LPS + Ag ion group, LPS + AgNP group, LPS + grape seed extract groups were randomly divided into eight groups. Apoptotic cell counts were evaluated by histopathological evaluation and TUNEL method in intestinal tissues from animals.
RESULTS: As a result of the study, it has been observed that LPS application causes lumen pouring in necrotic villi in the intestines, degenerative changes and bleeding in villi, and these changes are alleviated with the application of Ag ion, grape seed extract and AgNPs together with LPS. In addition, LPS significantly increased the number of apoptotic cells compared to other groups, and the application of Ag ions, grape seed extract and AgNPs together with LPS showed a statistically positive effect.
DISCUSSION AND CONCLUSION: As a result, we can say that biosynthetic AgNPs have the potential to reduce the toxicity caused by LPS. This study will shed light on future studies.



10.Investigation of trematode larval stages in molluscs collected from surrounding the river in Sivas
Fatih AKYILDIZ, Serpil DEĞERLİ
doi: 10.5505/TurkHijyen.2020.69346  Pages 343 - 348
GİRİŞ ve AMAÇ: Trematodlar, hem insan hem de hayvan sağlığı için önemli olan parazitlerin yassı solucanlar sınıfındadır. Ülkemizdeki trematodlar üzerine yapılan çalışmalar incelendiğinde, trematodların larva şekillerine ev sahipliği yapan yumuşakçalar üzerinde çok az çalışma olduğu görülmektedir. Çalışmamızda, tıbbi öneme sahip yumuşakçaların bulunabileceği akarsu etrafından toplanan yumuşakçaların tür ayrımının yapılması, bu türlerde yerleşim gösteren trematod larval şekillerinin araştırılması amaçlanmış ve bölgenin risk düzeyinin ortaya konması hedeflenmiştir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışma, Nisan ve Haziran 2019 tarihleri arasında Sivas ilinin yaklaşık 5 km kuzeyinde, doğal kaynak sularıyla beslenen ve derinliği maksimum 50 cm olarak ölçülen, bitki örtüsü bakımından zengin, bol ağaçlı bir akarsu etrafında gerçekleştirilmiştir. Yumuşakça örnekleri çalışma alanını haftada iki kez gidilmek sureti ile toplanmıştır. Toplanan örnekler temiz suyla şişelere alınarak laboratuvara getirilmiş ve mikroskop altında incelenmiştir. Yumuşakça türlerini tanımlamak için tür teşhis anahtarlar kullanılmıştır. Türler kabuk yapısı ve anatomik özellikleri dikkate alınarak belirlenmiştir. Yumuşakçalar dissekke edilerek içlerindeki larva aşamalarının incelenmesi ışık mikroskobu altında yapılmıştır. Nehrin mineral analizi, İleri Teknoloji Araştırma ve Uygulama Merkezi'nde yumuşakçaların temel ihtiyaçları dikkate alınarak analiz edilmiştir.
BULGULAR: Çalışmada, 165 Lymnaea truncatula, 1650 Planorbis intermixtus ve 657 Oxyloma elegans olmak üzere üç farklı salyangoz türü saptandı. Disekte edilen türler içerisinde, 165 Lymnaea truncatula’nın 16 (%10)’sında, 1650 Planorbis intermixtus’nın 332 (%20)’sinde larval trematodlar bulundu. Akarsuyun analizinde çözünmüş oksijen miktarının DSÖ’nün saptadığı verilerden yüksek olduğu ve kalsiyum miktarının Avrupa birliği standartlarının üzerinde olduğu saptanmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Trematodların ara konakları olan tatlı su salyangozları, hayvanlarda ve insanlarda sağlık tehlikelerine neden olabilir. Bu salyangozların prevalansının belirlenmesi, yaşadığımız coğrafyanın trematod hastalıklarının risk haritasını belirlemek açısından önemlidir. Sonuç olarak yumuşakçaların tür tayininin yapılması, yaygınlığının araştırılmasının, ülkemizdeki trematod hastalıklarının risk haritasının belirlenmesi açısından önemli olduğu kanısına varılmıştır.
INTRODUCTION: Trematodes are a class of flatworms with parasites that are important for both human and animal health. When the studies on trematodes in our country are examined, it is seen that there are very few studies on the molluscs wich intermediate host of trematodes and larval shapes. In our study, it was aimed to determine the types of gastropod samples collected from the stream where the molluscs of medical importance can be found, and to investigate the trematode larval shapes located in these species and to determine the risk level of the region.
METHODS: The study was carried out between April and June 2019, approximately 5 km north of Sivas province, around a river which is fed with natural spring waters and whose depth is measured as maximum 50 cm, with abundant trees, rich in vegetation. Mollusca samples were collected twice a week by visiting the study area. Collected samples were taken into bottles with clean water and brought to laboratory and examined under microscope and keys were used to identify mollusca species. Species were determined by considering the crust structure and anatomical features. Then, the molluscs were crushed and the examination of the larval stages inside them was performed under a light microscope. Mineral analysis of the river was analyzed by considering the basic needs of molluscs in Advanced Technology Research and Application Center.
RESULTS: In the study, three different snail species, 165 Lymnaea truncatula, 1650 Planorbis intermixtus and 657 Oxyloma elegans, were detected. Among the dissected species, larval trematodes were found in 16 (10%) of 165 Lymnaea truncatula and 332 (20%) of 1650 Planorbis intermixtus. It was determined in the water analysis that the amount of dissolved oxygen and calcium amount were above the standards.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Freshwater snails, as the intermediate hosts of trematodes, can cause health hazards in animals and humans. Determining the prevalence of these snails is important for determining the risk map of trematode diseases of our geography. It has been concluded that determining the species and investigating the prevalence of these molluscs is important for determining the risk map of trematode diseases.

11.Encephalitozoonosis in rabbits under different care conditions
Hakan TÜFEK, Özcan ÖZKAN
doi: 10.5505/TurkHijyen.2020.18784  Pages 349 - 354
GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışmanın amacı farklı bakım ve hijyen koşullarına sahip tesislerde yetiştirilen tavşanlarda E. cuniculi seroprevalansını araştırmaktır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Farklı çevresel koşullara, hijyenik durumlara, bakım ve beslenme koşullarına sahip; açık, yarı açık ve kontrollü alanlarda barındırma yapılan üç farklı işletmeden alınan tavşanların serum örnekleri ELISA kitleri kullanılarak değerlendirilmiştir.
BULGULAR: Sonuç olarak, açık, yarı açık ve kontrollü barınaklardaki tavşanların seropozitifliği sırasıyla % 70,% 40 ve% 80 olarak bulunmuştur. Bu çalışmada, farklı bakım koşullarına sahip üç tesisde de, serum örneklerinde anti-E cuniculi (% 63.3) antikor varlığı tespit edilmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Elde edilen veriler ışığında, tesise alınan hayvanların orijin olarak enfekte olabileceği, tesiste enfekte bir hayvanın sürü için enfeksiyon kaynağı olabileceği, tesislerde olası yürütülen septik/aseptik kuralların etkenle mücadele için yeterli olmadığı ve zoonoz karakterdeki enfeksiyonun hayvan bakıcısı ve araştırmacılar için de potansiyel risk taşıdığı kanısına varılmıştır.
INTRODUCTION: The aim of this study is to investigate the seroprevalence of E. cuniculi infection in rabbits in facilities with different care conditions in three different provinces.
METHODS: The sera samples of rabbits that have been hosted in open, semi–open and controlled areas which were obtained from three different enterprises with different environmental possibilities, hygienic situations, maintenance and feeding conditions were evaluated by using the ELISA kits.
RESULTS: Consequently, the seropositivity of the rabbits in open, semi–open and controlled shelters were found to be 70%, 40% and 80%, respectively. In this study, in the rabbit under the different care conditions, antibodies anti–E. cuniculi (63.3% ) were found in all sera samples.
DISCUSSION AND CONCLUSION: In the context of the data obtained, it was seen that the animals taken into the facility may be infected from the beginning and an infected animal in the facility may have been a source of infection for the many others in the facility. It was also concluded that the septic and aseptic rules which are potentially accepted in the facilties are not enough in battling with the agent and that the zoonotic disease can be a risk for animal keepers and researchers.

REVIEW
12.Epidemiological and clinical aspects of the COVID-19 pandemic and world common experiences in treatment: Turkey experience
Hasan KARAGEÇİLİ, Zuhal YILDIRIM
doi: 10.5505/TurkHijyen.2020.95914  Pages 355 - 366
COVID-19 salgınının SARS ve MERS gibi Çin'de sona ereceği düşünülüyordu. Ancak öngörülemedi, İran'da, sonra İtalya'dan Avrupa kıtasına yayıldı ve kısa sürede ve yaygın şekilde Amerika'ya yayıldı. Türkiye'den Çin'e bakmanın bizim için çok uzak bir hikaye olduğu düşünülüyordu. İtalya üzerindeki ağır etkisini gösterdiğinde, bir sonraki fotoğrafımız olduğu fikrini verdi. Dünya sağlık örgütü ne kadar yavaş davranırsa davransın, hastalığı bu dönemde salgın olarak ilan etmesi ciddiyeti arttırdı. COVID-19, PCR testi ile onaylandıktan sonra, ayrıca radyolojik görüntüleme göğüs tomografisi ile akciğerlerde yayılma tespiti yapılır. Genel klinik bulguları ateş, öksürük, baş ağrısı ve kas güçsüzlüğü ile karakterizedir. Bu hastalığı hafif anlatanların olmasının yanında, semptom göstermeden bulaşıcılığının yüksek oranda olması hem iyi hem kötü, ikili bir durum doğurmaktadır. Hastalığın insandan insana bulaşmasını önlemek için, temastan kaçınmak, kişisel mesafeyi korumak, maske takmak ve el hijyenine dikkat etmek çok önemlidir. Şüpheli hastalığı olanların kendilerini izole etmeleri, karantinaya alınmaları ve bir doktor gözetiminde tutulmaları önemlidir. Son üç gün aileleri ile temas halinde olan hastaların taranması ve gözlemlenmesi, kontaminasyon zincirini kırmanın en iyi yoludur. Ülkemizde filiasyonu önlemek için kurulan ekipler çok çalışmaktadır. Hasta vaka sayısı Türkiye’de 22 Mayıs itibariyle 154.500 idi. Ölü sayısı 4276, mortalite oranı ise % 2.8 idi. COVID-19 vaka sayıları ve mortalite oranları, 65 yaşın üzerindeki ve 20 yaşından küçüklerin sokağa çıkma yasağı ile azaldı. Tedavi protokolünde kullanılan hidroksiklorokin, favipiravir ilaçları ve destekleyici tedaviler ile Türkiye'de tedavinin iyi olduğu belirtilmektedir.
TThe COVID-19 outbreak like SARS and MERS would have been thought to end in China. But it has not been envisaged, spread in Iran then Italy to continental Europe and spread to America in very prevalant and in a very short time. It was tought that looking to China from Turkey was very distant story for us. When it showed that the heavy influence on Italy, gave us the idea to be our next photograph. No matter how slow the world health organization behaved, the fact that it declared the disease as a pandemic during this period, increased the seriousness. COVID-19, after confirmation with the PCR test, the detection of spread in the lungs with radiological imaging chest tomography is also done. Commonly presented clinical findings were characterized by fever, cough, headache and muscle weakness. Some person recovered with mild symptoms of this disease contrary to the
high level of contagiousness without symptoms of this disease sign both a good and a bad condition. It is very crucial to avoid contact, to protect personal distance, to wear a mask and to pay attention to hand hygiene to prevent disease transmission from human to human. It is important for those with suspected diseases to isolate themselves, to be quarantined and to be kept under the supervision of a doctor. The screening and observation of patients with whom they have been in contact with their families for the last three days is the best way to break the chain of contamination. Teams established to prevent filiation are working hard in our country. The number of patient cases in Turkey as of May 22, 154.500. The number of death was 4.276, with 2,8% ratio. COVID-19 case numbers and mortality rates declined with the curfew of over 65-year old people and younger than 20s. With the drugs that were used in the treatment protocol as hydroxychloroquine, favipiravir and supportive treatments, in Turkey, it is stated that the treatment was good.

13.A global threat: Acinetobacter baumannii infections, current condition in antimicrobial resistance and alternative treatment approaches
Aybala TEMEL, Bayri ERAÇ
doi: 10.5505/TurkHijyen.2019.04764  Pages 367 - 378
Acinetobacter baumannii ventilatör ilişkili pnömoni ve kateter ilişkili bakteriyemi başta olmak üzere, idrar yolu enfeksiyonları, yumuşak doku enfeksiyonları, septisemi, menenjit gibi ciddi enfeksiyonlara neden olan önemli nozokomiyal patojenlerden birisidir. Polisakkarit kapsül, fimbria, Lipit A ve lipopolisakkarit yapı gibi çeşitli virülans faktörlerinin yanı sıra siderofor, sekresyon sistemleri, biyofilm oluşturma özelliği ve antibiyotik direnç genleri bakterinin patogenezine katkı sağlamaktadır. Karbapenemler, aminoglikozitler, sulbaktam, kolistin ve tigesiklin ciddi klinik tablolara neden olan Acinetobacter enfeksiyonlarının tedavisinde sıklıkla kullanılan antimikrobiyal ajanlardır. Karbapenemlere direnç, genellikle çoklu ilaç direnci (ÇİD) ile birlikte görülmektedir. Dirençli izolatların tedavisinde kullanılan tigesiklin ve kolistine dahi çeşitli merkezlerde artan direnç oranları rapor edilmekte, bu durum A.baumannii enfeksiyonlarının tedavisini ve eradikasyonunu oldukça zorlaştırmaktadır. A.baumannii’de antimikrobiyal direnç durumunun ulaştığı endişe verici boyut, 2018 yılında Dünya Sağlık Örgütü tarafından yayınlanan ‘yeni antibiyotik keşfi gerektiren dirençli bakteriler’ listesinin ilk sırasında bu bakteri türünün yer almasıyla açıkça ortaya konmuştur. Antimikrobiyal dirençle mücadele ve etkin tedavi açısından bakterinin virülans faktörlerinin ve direnç mekanizmalarının daha iyi anlaşılması oldukça önemlidir. Çoklu ilaç dirençli bakterilerle mücadele global bir sağlık problemi haline gelmiş olup, A.baumannii’nin de içinde bulunduğu bu tür dirençli mikroorganizmalar ile mücadelede; enfeksiyon kontrol önlemleri, akılcı antibiyotik kullanımı ve antivirülans stratejilerin bütüncül bir yaklaşımla bir arada kullanılması gerekmektedir. Bu bağlamda, kombine antibiyotik kullanımı, efluks pompa inhibitörleri, anti-biyofilm ajanların kullanımı ve faj terapisi gibi alternatif tedavi potansiyeli olduğu düşünülen alanlarda yürütülen araştırmalar büyük önem taşımaktadır. Bu derlemede; A.baumannii’nin patogenezinde rol oynayan faktörler, epidemiyolojik özellikleri, antibiyotik direnç mekanizmaları hakkında güncel bilgilere yer verilmiş ve bu patojenle mücadelede öne çıkan alternatif tedavi yaklaşımları incelenmiştir.
Acinetobacter baumannii is an important nosocomial pathogens that cause serious infections such as ventilator-associated pneumonia, catheter-related bacteriemia, urinary tract infections, soft tissue infections, septicemia and meningitis. Various virulence factors such as polysaccharide capsule, fimbria, lipid A and lipopolysaccharide structure, siderophore, secretion systems, biofilm formation and antibiotic resistance genes contribute to the pathogenesis of the bacteria. Carbapenems, aminoglycosides, sulbactam, colistin and tigecycline are frequently used antimicrobial agents in Acinetobacter infections. Resistance to carbapenems is usually seen as multidrug resistance (MDR). As reported from various centers, the development of resistance to tigecycline and colistin, used in the treatment of MDR isolates, makes treatment of A.baumannii infections more difficult. In 2018, the World Health Organization published ‘global priority list of antibiotic-resistant bacteria requiring new antibiotic discovery’ and A.baumannii has been at the top of this list. The alarming dimension of the antimicrobial resistance in A.baumannii was clearly demonstrated by this report. Understanding of the virulence and resistance mechanisms of the bacterium is essential for effective treatment and.fighting antibiotic resistance. In combating MDR bacteria that have become a global health problem, such as A. baumannii, infection control preventions, rational antibiotic use and anti-virulence strategies need to be used in a holistic approach. The studies carried on alternative therapies, such as combined antibiotic use, efflux pump inhibitors, anti-biofilm agents and phage therapy are of great importance. In this review; the current knowledge about the factors involved in pathogenesis of A.baumannii, its epidemiological characteristics, antibiotic resistance mechanisms and alternative treatment approaches for combating had been evaluated.

LookUs & Online Makale