The isolated bacteria from culture and antibiotic susceptibilities in urinary tract infections

INTRODUCTION: Urinary tract infection is the second most common infection. The presence of bacteriuria and/or pyuria with clinical signs such as costovertebral angle sensitivity, fever, suprapubic tenderness, dysuria, pollakuria and urinary incontinence is defined as urinary tract infection..The most commonly isolated bacterium in acute infections is Escherichia coli. The aim of this study was to determine the bacteria isolated from urine cultures of patients with urinary tract infection and to investigate the sensitivity and resistance of these bacteria to the antibiotics commonly used in treatment by examining the antibiogram results.
METHODS: In this study, urine cultures were analyzed retrospectively between 1 December 2014 and 1 October 2016. The pyuria in full automatic urine test and cultures with 10⁵colony mL growth in patients with urinary tract infections were included in the study. Identification of the causative agents and antibiotic susceptibility tests were performed according to the recommendations of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). The data are expressed as numbers and percentages.
RESULTS: The urine culture results of 76 patients were evaluated. Forty eight strains were isolated from urine cultures and antibiogram results of these strains were examined. The most common microorganism isolated from urine cultures was E. coli (69%). Thirty three E. coli strains were isolated. Twenty (42%) extended spectrum beta-lactamase (ESBL)-positive E. coli, 13 (27%) ESBL-negative E. coli, 5 (10%) ESBL-positive K. pneumoniae and 2 (4%) ESBL-negative K. pneumoniae, 8 (17%) other gram negative and gram positive bacteria strains were determined in 48 (100%) isolated strains.
The other bacteria were Proteus mirabilis, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Pseudomonas aeruginosa, Streptococcus agalactiae, Stenotrophomonas maltophilia and Acinetobacter lwoffii. The sensitivity of imipenem, meropenem, cefoperazone-sulbactam, piperacillin-tazobactam, cefepim, ciprofloxacin, amikacin and nitrofurantoin was 100% and sensitivity of tobramycin was 92.31% in ESBL-negative E. coli.

DISCUSSION AND CONCLUSION: ESBL-positive E. coli was found to be 42%. This rate supports the increasing antibiotic resistance results over the years. Resistance to frequently preferred ciprofloxacin, trimethoprim-sulfamethoxazole and cefuroxime has been increasing for empirical antibiotic treatment. Therefore, the choice of empirical antibiotic therapy should be revised in patients with urinary tract infection.

İdrar yolu enfeksiyonlarında kültürden izole edilen bakteriler ve antibiyotik duyarlılıkları

GİRİŞ ve AMAÇ: İdrar yolu enfeksiyonu tüm enfeksiyon hastalıkları içinde ikinci sıklıkta görülmektedir. Kostovertebral açı hassasiyeti, ateş, suprapubik hassasiyet, dizüri, pollaküri ve idrar kaçırma gibi klinik bulgularla birlikte bakteriüri ve/veya piyüri bulunması idrar yolu enfeksiyonu olarak tanımlanır. Akut enfeksiyonlarda en sık izole edilen bakteri Escherichia coli’dir. Bu çalışmanın amacı idrar yolu enfeksiyonu olan hastaların idrar kültürlerinden izole edilen bakterileri saptamak ve bu bakterilerin antibiyogram sonuçlarını inceleyerek tedavide yaygın olarak kullanılan antibiyotiklere karşı duyarlılıklarını ve direnç durumlarını araştırmaktır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Bu çalışmada idrar yolu enfeksiyonu tanısı ile 1 Aralık 2014-1 Ekim 2016 tarihleri arasında üçüncü basamak bir hastanenin klinik mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen idrar kültürleri retrospektif olarak incelenmiştir. Tam otomatik idrar tetkikinde piyürisi ve kültürde 10⁵ koloni/mL üremesi olan idrar yolu enfeksiyonu tanısı konmuş hastalar çalışmaya alınmıştır. Üreyen etkenlerin tanımlanması ve antibiyotik duyarlılık testleri disk difüzyon yöntemiyle The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) önerilerine göre yapılmıştır. Veriler sayı ve yüzde olarak ifade edilmiştir.
BULGULAR: Yetmiş altı hastanın idrar kültür sonucu değerlendirilmiştir. İdrar kültürlerinden izole edilen 48 suş ve bu suşların antibiyogram sonuçları incelenmiştir. En sık izole edilen mikroorganizma E. coli (%69) olup 33 suş saptanmıştır. İzole edilen 48 (%100) suş içinde genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL)-pozitif E.coli 20 (%42), GSBL-negatif E. coli 13 (%27), GSBL-pozitif Klebsiella pneumoniae 5 (%10) ve GSBL-negatif K. pneumoniae 2 (%4), diğer gram negatif ve pozitif bakteriler 8 (%17) suş olarak saptanmıştır. Proteus mirabilis, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Pseudomonas aeruginosa, Streptococcus agalactiae, Stenotrophomonas maltophilia ve Acinetobacter lwoffii üreyen diğer etkenler olarak saptanmıştır. GSBL-negatif E. coli’lerde imipenem, meropenem, sefoperazon-sulbaktam, piperasilin-tazobaktam, sefepim, siprofloksasin, amikasin ve nitrofurantoin duyarlılığı %100 ve tobramisin duyarlılığı %92,31 olarak bulunmuştur.

TARTIŞMA ve SONUÇ: GSBL-pozitif E. coli %42 oranında saptanmıştır. Bu oran yıllar içinde artan antibiyotik direnci sonuçlarını desteklemektedir. Ampirik antibiyotik tedavisinde sıklıkla tercih edilen siprofloksasin, trimetoprim-sulfametoksazol ve sefuroksime karşı direnç artmaktadır. Bu nedenle idrar yolu enfeksiyonu olan olgularda ampirik antibiyotik tedavi seçiminin gözden geçirilmesi gerekmektedir.