Clonal Analysis of Vancomycin-Resistant Enterocci Strains by rep-PCR Method

INTRODUCTION: Vancomycin-resistant enterococci (VRE) has become an important nosocomial pathogens because of its rapid spread, significant mortality rates, limited options for therapy, and the possible transfer of vancomycin resistance to more-virulent pathogens. Active surveillance should be done to prevent VRE infections in hospitals. Molecular typing is most convinient method to show route of transmission during a surveillance. However, adequate, easy-to-perform, and reproducible typing methods are lacking. The ease of use and more rapid turnaround time offers a rapid screening method to detect outbreaks of VRE and more rapidly implement control measures. In this study it was aimed to performed clonal analysis of VRE strains with rep-PCR in a one month period.
METHODS: During one month period, a total of 48 VRE strains obtained from four clinical specimens, 18 rectal swab samples and 26 environmental cultures. Identification and antibiotic susceptibility tests of isolates was evaluated by automated Vitek-2 (bioMérieux, France) system. Confirmation of vancomycin resistance was done by agar dilution method according to CLSI recommendations. Clonal analysis was performed by rep-PCR (DiversiLab, France) method.
RESULTS: All 48 strains including the study identified as E. faecium Four clones was evaluated by rep-PCR analysis and named as A, B, C, D which including 35, 3, 2, 2 strains respectively while six strains could not classified.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The surveillance of VRE in risky clinics has been performed to prevent hospital infection since the first isolation of VRE in our hospital in 2004. It is important to show source of contamination and route of transmission in a short time for more effective surveillance. In this study clonal analysis of VRE strains was performed by rep-PCR. As a result rep-PCR which is a rapid and easy performed method, can easily be applied for epidemiological purposes and aid to infection control measures.

Vankomisin Dirençli Enterokok Suşlarının rep-PCR Yöntemi ile Klonal Analizlerinin Değerlendirilmesi

GİRİŞ ve AMAÇ: Amaç: Vankomisin dirençli enterokoklar (VRE), hızlı yayılımları, artan mortalite oranları, sınırlı tedavi seçenekleri ve vankomisin direncini daha virulan patojenlere transfer etme olasılıkları nedeniyle önemli nozokomiyal patojenler haline gelmişlerdir. VRE enfeksiyonlarını engellemek için hastanelerde aktif sürveyans yapılmalıdır. Moleküler tiplendirme, sürveyans boyunca bulaş yollarının gösterilmesi için en uygun yöntemdir. Ancak; uygulaması kolay ve tekrarlanabilirliği yüksek tiplendirme metodlarının eksikliği yaşanmaktadır. Hastane salgınlarının belirlenmesi ve kontrol önlemlerinin alınmasında, kullanım kolaylığı ve hızlı sonuç vermesi ile rep-PCR, hızlı bir tarama metodu sunmaktadır. Bu çalışmada, hastanemizde bir aylık süreçte izole edilen VRE suşlarının rep-PCR yöntemi ile klonal analizlerinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmaya, bir aylık süreçte, dördü klinik örneklerden, 18’i hasta rektal sürüntü örneklerinden, 26’ sı çevre kültürlerinden elde edilen toplam 48 VRE suşu alınmıştır. İzolatların identifikasyon ve antibiyotik duyarlılık testleri Vitek 2 otomatize sistemi ile değerlendirilmiştir. Klonal analizleri rep-PCR yöntemi kullanılarak yapılmıştır.
BULGULAR: Çalışılan 48 VRE suşunun tümü Enterococcus faecium olarak tanımlanmıştır. Rep-PCR yöntemiyle belirlenen dört klon A, B, C, D grupları olarak isimlendirilmiş ve sırasıyla bu gruplarda 35, 3, 2, 2 suş olduğu tespit edilmiş ve altı izolatın ise hiçbir klonla benzeşmediği görülmüştür.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Hastanemizde ilk VRE suşunun izole edildiği 2004 yılından beri hastane enfeksiyonlarını engellemek için riskli kliniklerde sürveyans yapılmaktadır. Ancak daha etkin enfeksiyon kontrolü için bulaş kaynaklarının ve geçiş yollarının kısa sürede gösterilmesi önemlidir. Bu çalışmada, rep-PCR yöntemi ile VRE suşlarının klonal yayılımı gösterilmiştir. Sonuç olarak rep-PCR yönteminin epidemiyolojik çalışmalarda kullanılabilecek ve infeksiyon kontrol önlemlerine yardımcı olabilecek, hızlı, uygulaması ve değerlendirmesi kolay bir yöntem olduğu düşünülmüştür.