Evaluation of the Distribution and Antibiotic Resistance Profiles of Enterococcus Species Isolated from Urine Cultures

INTRODUCTION: Enterococci are one of the most commonly detected agents in community and hospital-acquired infections. Urinary tract infections are the most common form of enterococcal infections. Because enterococci are characterized by natural and acquired resistance to numerous antibiotics, there are serious problems in the treatment of infections caused by these bacteria. In our study, we aimed to determine the resistance rates of enterococcal strains isolated from urine samples to various antibiotics within one year.
METHODS: 300 enterococci strains isolated from urine samples sent to Samsun Training and Research Hospital Microbiology Laboratory between January and December 2018 from various services and polyclinics were included in the study. The identification of bacteria and their antibiotic susceptibility were made using the VITEK 2 system (BioMérieux, France) and conventional methods. Minimum inhibitory concentrations (MIC) of isolates with vancomycin resistance were determined by using the E-test (BioMerieux, France). Sensitivity results were determined based on European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) criteria.
RESULTS: : Of the isolated 300 strains, 185 (61.6%) were identified as Enterococcus faecalis, 80 (26.6%) were Enterococcus faecium, 30 (10.0%) were Enterococcus spp., 4 (1.3%) were Enterococcus gallinorum and 1 (0.3%) was Enterococcus raffinosus. 174 (58%) of the 300 patients whose strains were isolated were female and 126 (42%) were male. Of the 238 isolates isolated from inpatients, 40% were isolated from the intensive care unit, 28% from surgical clinics, 14% from internal clinics, and 18% from the palliative clinic. For strains isolated from polyclinic patients, the rates are as follows: 13% from emergency clinics, 16% from internal diseases, and 67% from surgical polyclinics. Antibiotic resistance rates of E. faecalis and E. faecium is determined as 8.1% and 95% for ampicillin, 44.8% and 93.7% for ciprofloxacin, 0.5% and 18.7% for vancomycin, 0.5% and 18.7% for teicoplanin, 0% and 2.5% for linezolid, 0% and 1.25% for tigecycline, and 35.6% and 60% for high-level gentamycin respectively. Antibiotic resistance rates of 30 isolates defined as Enterococcus spp using conventional methods were determined as 33.8% for ampicillin, 73.3% for ciprofloxacin, 10% for vancomycin, 10% for teicoplanin, and 40% for high-level gentamicin.
DISCUSSION AND CONCLUSION: High resistance to ciprofloxacin, vancomycin and teicoplanin in enterococci isolated in our hospital limits the use of these antibiotics. Inappropriate use of antibiotics may increase vancomycin-resistant enterococcal colonization, leading to nosocomial infections.

İdrar Kültürlerinden İzole Edilen Enterokok Türlerinin Dağılımı ve Antibiyotik Direnç Profillerinin Değerlendirilmesi

GİRİŞ ve AMAÇ:
Amaç: Enterokoklar toplum ve hastane kaynaklı enfeksiyonların önemli bir etkenidir. İdrar yolu enfeksiyonları enterokok enfeksiyonlarının en sık rastlanan şeklidir. Enterokoklarda birçok antimikrobiyal ajana karşı doğal ve kazanılmış tipte direnç gözlenmesi bu bakterilerin yol açtığı enfeksiyonların tedavisinde ciddi sorunlara yol açmaktadır. Çalışmamızda, bir yıl içinde idrar örneklerinden izole edilen enterokok izolatlarının çeşitli antibiyotiklere direnç oranlarını belirlenmesi amaçlanmaktadır.

YÖNTEM ve GEREÇLER: Samsun Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’na Ocak -Aralık 2018 tarihleri arasında çeşitli servis ve polikliniklerden gönderilen idrar örneklerinden izole edilen 300 enterokok suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Bakterilerin tanımlaması ve antibiyotik duyarlılıkları VITEK 2 sistemi (BioMérieux, Fransa) ve klasik yöntemler kullanılarak yapılmıştır. Vankomisin direnci saptanan izolatların minimum inhibitör konsantrasyonları (MİK) E-test (BioMerieux, Fransa) kullanılarak belirlenmiştir. Duyarlılık sonuçları; European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) kriterleri esas alınarak belirlenmiştir.
BULGULAR: İzole dilen 300 suşun 185’i (%61.6) Enterococcus faecalis, 80’i (%26.6) Enterococcus faecium, 30’u (%10.0) Enterococcus spp., dördü (%1.3) Enterococcus gallinorum, biri (%0.3) Enterococcus raffinosus, olarak tanımlanmıştır. Suşlarının izole edildiği 300 hastanın 174’ü (%58) kadın, 126’sı (%42) erkektir. Yatan hastalardan izole edilen 238 izolatın; %40’ı yoğun bakım ünitesinden %28’i cerrahi klinikler, %14’ü dahili klinikler ve %18’i de palyatif kliniğinde yatan hastalardan izole edilmiştir. Poliklinik hastalarından izole edilen suşların ise; %13’ü acil, %16’sı dahiliye, %67’si cerrahi polikliniklere gelen hastalardan izole edilmiştir. Antibiyotiklere direnç oranları; E. faecalis ve E. faecium için sırasıyla; ampisiline %8.1 ve %95, siprofloksasine %44.8 ve % 93.7, vankomisine % 0.5 ve % 18.7, teikoplanine % 0.5 ve % 18.7, linezolide % 0 ve % 2.5, tigesikline % 0 ve % 1.25 ve yüksek düzey gentamisine %35.6 ve %60 olarak belirlenmiştir. Klasik yöntemlerle Enterococcus spp olarak tanımlanan 30 izolatın antibiyotik direnç oranları; ampisilin %33.8, siprofloksasin %73.3, vankomisin %10, teikoplanin %10, yüksek düzey gentamisin için %40 olarak belirlenmiştir.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Hastanemizde izole edilen enterokoklarda, özellikle siprofloksasin, vankomisin ve teikoplanin direncinin yüksek olması, bu antibiyotiklerin kullanımını kısıtlamaktadır. Uygun olmayan antibiyotik kullanımı, vankomisine direncli enterokok kolonizasyonunu artırarak hastane enfeksiyonlarına neden olabilmektedir.