Samsun Bafra Devlet Hastanesi yoğun bakım ünitelerinde endotrakeal aspirat kültüründe üreyen Acinetobacter baumannii suşları ve COVID-19 etkisi (2019-2020)

GİRİŞ ve AMAÇ: Acinetobacter baumannii, hastane ortamında uzun süre yaşama yeteneğine sahip ventilasyon ile ilişkili pnömoninin önemli bir etkenidir. Bu patojene etkili olan antibiyotiklere karşı artan direnç endişe yaratmaktadır. Bu çalışmada yoğun bakım ünitelerinde endotrekeal aspirat (ETA) kültürlerinde üreyen A. baumannii suşlarının antibiyotik direnç profilleri ve uzun süre ülkemizde en çok vakanın görüldüğü ilimizde COVID-19 pandemisinin direnç profilleri üzerindeki etkisi incelenmiştir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmamıza, Ocak 2019 ile Aralık 2020 tarihleri arasında Bafra Devlet Hastanesi yoğun bakım ünitelerinden laboratuvarımıza gönderilen ETA örneklerinden izole edilen toplam 74 adet A.baumannii izolatı dahil edilmiştir. Konvansiyonel yöntemler ve yarı otomatik bakteri tanımlama sistemi Vitek-2 (bioMérieux, Fransa) kullanılarak izole edilen A. baumannii suşlarının antibiyotik duyarlılıkları Avrupa Antimikribiyal Duyarlılık Test Komitesi - European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) standartlarına uygun olarak Vitek-2 sistemi ile test edilmiştir.
BULGULAR: COVID-19 pandemisi öncesi 18 hasta ile pandemi sonrası 56 hastanın ortalama yaş ve standart sapmaları sırasıyla 83.0 ± 8.3 ve 70.5 ± 14.9 (p<0.001) olarak saptanmıştır. Yıllara göre cinsiyetin dağılımları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmuştur (p=0.025). 2019 yılında hastaların %55.6'sı kadınken, 2020 yılında %73.2'si erkek olarak saptanmıştır. İki dönemde ölüm oranları (p=0.628) ve solunum destek ihtiyaçları (p=0.191) bakımından fark görülmemektedir. Pandeminin izole edilen A. baumannii sayısını %311 oranında arttırdığı saptanmıştır. İki dönemde de direnç en fazla, piperasilin/tazobaktam, seftazidim, siprofloksasin ve imipeneme karşı görülmüştür. Her iki döneme bakıldığında, amikasin direnci 2020 yılında daha az oranda görülmüştür. Yıllara göre tigesiklin direnç oranları arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmuştur (p<0.001). 2019 yılında suşların tigesiklin duyarlılığı, %88.9 iken 2020 yılında %26.8 olarak tesbit edilmiştir. 2019 yılında suşların %11.1’i, 2020 yılında ise %64.3’ü tigesikline orta derece duyarlı bulunmuştur. Bu çalışmada tüm izolatların birinde (%1.4) kolistin direnci gözlenirken, beş izolatta (%6.8) tigesiklin direnci saptanmıştır. Bir izolat (%1.4) ceftazidim dışındaki tüm antibiyotiklere duyarlı olarak bulunmuştur.
73 A. baumannii izolatının çoğul antibiyotik direncine bakıldığında; çoklu ilaç direnci (ÇİD) %22.9 (n: 17), aşırı ilaç direnci (AİD) %74.3 (n: 55), tüm ilaçlara direnç (TİD) %1.4 (n: 1) olarak bulunmuştur. Pandemi öncesi ve sonrası amikasin, meropenem ve tigesiklin dirençleri açısından istatistiksel fark bulunmakla beraber direnç paternleri arasında fark bulunmamıştır (p=0.281).

TARTIŞMA ve SONUÇ: A. baumannii’ye karşı en etkin antibiyotiklerin kolistin ve tigesiklin olduğu görülmüştür. COVID-19 pandemisinin, direnç paternlerinin oranlarını değiştirmediği saptanmıştır. Her hastanenin kendi direnç paternlerini belirlemesi, sonuçlarına göre ampirik tedavi protokollerini güncellemesi ve klinisyenlerin uygun antibiyotikleri erkenden kullanmasıyla bu enfeksiyon ile mücadelede başarının artacağı düşünülmektedir.

Acinetobacter baumannii strains grown in endotracheal aspirate culture in Samsun Bafra State Hospital intensive care units and the effect of COVID-19 on Acinetobacter baumannii strains (2019-2020)

INTRODUCTION: Acinetobacter baumannii is an important causative agent of ventilation-associated pneumonia capable of long-term survival in the hospital setting. Increasing resistance to antibiotics effective against this pathogen is of concern. In this study, the antibiotic resistance profiles of A. baumannii strains grown in endotracheal aspirate (ETA) cultures in intensive care units and the effect of the COVID-19 pandemic on the resistance profiles in our province where the highest number of cases were observed in our country for a long time were investigated.
METHODS: Our study included 74 A.baumannii isolates isolated from ETA samples that was sent to our laboratory from the intensive care units of Bafra State Hospital between January 2019 and December 2020. Bacteria were identified using conventional methods and a semi automatic bacterial identification system Vitek-2 (bioMérieux, France). The antibiotic susceptibility tests of the isolated strains were studied in accordance with the European Committee for Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) standards. Antibiotic susceptibility of A. baumannii strains was tested with Vitek-2 system.
RESULTS: The mean age and standard deviations of 18 patients before the COVID-19 pandemic and 56 patients after the pandemic were found to be 83.0 ± 8.3 and 70.5 ± 14.9 (p<0.001), respectively. A statistically significant difference was found between the distributions of gender by years (p= 0.025). While 55.6% of the patients were female in 2019, 73.2% of the patients in 2020 were male. There was no difference between the two periods in terms of death rates (p=0.628) and respiratory support needs (p=0.191). It was determined that the pandemic increased the number of isolated A. baumannii by 311%. For the two periods, resistance was greatest for piperacillin/tazobactam, ceftazidime, ciprofloxacin and against imipenem. Examinig the two periods, amikacin resistance was seen to a lesser extent in 2020.
A statistically significant difference was found between tigecycline resistance rates according to years (p<0.001). While the tigecycline susceptibility of strains was 88.9% in 2019, it was found to be 26.8% in 2020. 11.1% of the strains in 2019 and 64.3% in 2020 were found to be moderately susceptible. In this study, colistin resistance was observed in one (1.4%) of all isolates, while tigecycline resistance was detected in five isolates (6.8%). One isolate (1.4%) was susceptible to all antibiotics except ceftazidime.
When the multi-antibiotic resistance of 73 A. baumannii isolates was examined, multidrug resistant (MDR) was 22.9% (n: 17), extensive drug resistance (XDR) was 74.3% (n: 55), pandrug resistance (PDR) was 1.4% (n: 1). Although there was a statistical difference in amikacin, meropenem and tigecycline resistances before and after the pandemic, no difference was found between the resistance patterns (p=0.281).

DISCUSSION AND CONCLUSION: It has been observed that the most effective antibiotics against A. baumannii are colistin and tigecycline. It was determined that the COVID-19 pandemic did not change the resistance pattern rates. It is thought that success in fighting this infection will increase when each hospital determines its own resistance patterns, updates empirical treatment protocols based on their results, and clinicians use appropriate antibiotics early.