Teobrominin mesane kanseri hücre hatlarında sitotoksik etkisinin değerlendirilmesi: IC50 değerlerinin adım adım RStudio kullanarak belirlenmesi

GİRİŞ ve AMAÇ: Kanser, küresel bir sağlık sorunudur ve yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesi gerekmektedir. Yaygın olarak kullanılan bir kemoterapötik ajan olan sisplatin, çeşitli kanserleri tedavi etmede etkili olsa da, tedavi direnci sorun oluşturmaktadır. Kakao içinde bulunan bir metilksantin olan teobromin ise potansiyel antikanser etkiler göstermiştir, ancak etkinliği ve mekanizmaları daha az anlaşılmıştır. Bu çalışmada, sisplatin ve teobrominin mesane kanseri hücre hatları HTB9 ve RT-112 üzerindeki sitotoksik etkileri araştırılmış ve IC50 değerleri RStudio ile belirlenmiş, GraphPad Prism verileri ile karşılaştırılmıştır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: HTB9 ve RT-112 hücre hatları kültüre edilip, çeşitli konsantrasyonlarda sisplatin ve teobromin ile tedavi edilmiştir. Hücre canlılığı WST-1 testi ile değerlendirilmiştir. Doz-cevap verileri kullanılarak RStudio ve GraphPad Prism programlarında IC50 değerleri hesaplanmıştır. RStudio’nun ggplot2 ve drc paketleri gibi gelişmiş istatistiksel modelleme ve görselleştirme yetenekleri kullanılarak doz-cevap ilişkileri ve IC50 değerleri değerlendirilmiştir.
BULGULAR: Her iki hücre hattı ve bileşenler için doz-cevap eğrileri ve IC50 değerleri elde edilmiştir. Sisplatin IC50 değerleri sırasıyla RT-112 ve HTB9 hücreleri için 9.398 µM ve 2.018 µM olarak bulunmuştur. Teobromin IC50 değerleri ise sırasıyla RT-112 ve HTB9 hücreleri için 15.253 µM ve 3.78 µM olarak bulunmuştur. Hem RStudio hem de GraphPad Prism güçlü analizler sunmuş, RStudio ayrıntılı özelleştirme ve gelişmiş istatistiksel modelleme sunarken, GraphPad Prism IC50 hesaplamaları için verimli ve kullanıcı dostu bir platform olduğu görülmüştür.

TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışma, doz-cevap verilerinin analizinde RStudio ve GraphPad Prism’in karşılaştırmalı etkinliğini vurgulamıştır. RStudio, karmaşık analizler için esneklik ve hassasiyet sunarken, GraphPad Prism IC50 hesaplamaları için kolaylık açısından ideal bulunmuştur. Bulgular, araştırmacıların ilaç etkinliğini değerlendirmede bu araçlar arasında özel ihtiyaçlarına göre seçim yapmaları gerektiğini önermektedir. Bulgular, araştırmacıların ilaç etkinliğini değerlendirmede bu araçlar arasında özel ihtiyaçlarına göre seçim yapmaları gerektiğini önermektedir.

Anahtar Kelimeler: Mesane kanseri, sisplatin, sitotoksisite, RStudio, teobromin

Assessment of theobromine-induced cytotoxicity in bladder cancer cell lines: Determination of IC50 values step-by-step using RStudio

INTRODUCTION: Cancer remains a significant global health issue, and the development of novel therapeutic strategies is crucial. Cisplatin, a widely used chemotherapeutic agent, is effective in treating various cancers but faces limitations due to resistance and side effects. Theobromine, a methylxanthine found in cocoa, has shown potential anticancer effects, but its efficacy and mechanisms remain less understood. This study investigates the cytotoxic effects of cisplatin and theobromine on bladder cancer cell lines, HTB9 and RT-112, and compares the use of RStudio and GraphPad Prism for IC50 determination.

METHODS: HTB9 and RT-112 cell lines were cultured and treated with cisplatin and theobromine at varying concentrations. Cell viability was assessed using WST-1 assay. Dose-response data were analyzed using RStudio and GraphPad Prism to calculate IC50 values. RStudio’s advanced statistical modeling and visualization capabilities, including the ggplot2 and drc packages, were employed to assess dose-response relationships and IC50 values.
RESULTS: Dose-response curves and IC50 values were generated for both cell lines and compounds. Cisplatin IC50 values were 9.398 µM and 2.018 µM for RT-112 and HTB9 cells respectively. Theobromine IC50 values were 15.253 µM and 3.78 µM for RT-112 and HTB9 cells respectively. Both RStudio and GraphPad Prism provided robust analyses, with RStudio offering detailed customization and advanced statistical modeling, while GraphPad Prism provided a user-friendly and efficient platform for IC50 determination.
DISCUSSION AND CONCLUSION: The study highlights the comparative effectiveness of RStudio and GraphPad Prism in analyzing dose-response data. RStudio offers flexibility and precision for complex analyses, whereas GraphPad Prism is ideal for straightforward, efficient IC50 calculations. The findings suggest that researchers should choose between these tools based on their specific needs for customization, expertise, and ease of use in evaluating drug efficacy in cancer research.

Keywords: Bladder cancer, cisplatin, cytotoxicity, Rstudio, theobromine