Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolü nasıl yapılır?

GİRİŞ ve AMAÇ: Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında in-vitro amplifikasyon reaksiyonu (IVAR, In-vitro Amplification Reactions) ürünleri ile çapraz kontaminasyon, çalışılan testlerde yanlış pozitifliğe neden olabilir. Bu durum moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında çok ciddi bir problemdir. Günümüzde moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında iyi klinik laboratuvar uygulamaları (GCLP, Good Clinical Laboratory Practice) ile ilgili pek çok kaynak mevcut olmasına rağmen ortam kontrolünün nasıl yapılacağı hususunda halen özgün araştırmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu makalede moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolünün nasıl yapılabileceği konusunda edindiğimiz tecrübelerin paylaşılması hedeflenmiştir.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü, Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarları Daire Başkanlığına bağlı, “Ulusal Moleküler Mikrobiyoloji Referans Laboratuvarı (UMMRL)”nda, ISO 9001 15189 Kalite ve Akreditasyon çalışmaları kapsamında ilk kez moleküler mikrobiyoloji laboratuvarında ortam kontrolünün nasıl yapılacağı hususu ele alınmış ve laboratuvar koşullarında optimize edilmiştir. Sözkonusu çalışmalar; laboratuvar güvenliğine uygun olacak şekilde yürütülmüş ve sonuç olarak bir talimat (ÇT03/MRLDB-06 kodlu ve 15.11.2014/01 tarihli) haline getirilmiştir. Bu talimatta laboratuvarımızdaki çalışma ortamının kontrolü için, dokuz alan belirlenmiş, bu alanlardan ne şekilde örnek alınacağı, bu örneklerin nasıl test edileceği, sonuçların nasıl değerlendirileceği ve kayıt edileceği detaylı bir şekilde tarif edilmiştir. Seçilen alanlardan alınan örnekler, laboratuvarımızda optimize edilen sekans bazlı 16S rRNA testi ile analiz edilmiştir.
BULGULAR: ÇT03/MRLDB-06 talimatı uyarınca, ISO 9001 15189 Kalite ve Akreditasyon çalışmaları kapsamında UMMRL’de yapılan ortam kontrolü çalışmalarında seçili alanlardan alınan örneklerin hiçbirinde nükleik asit kontaminasyonuna rastlanmamıştır. Elde edilen sonuçlar ilgili kalite formları kullanılarak kayıt altına alınmıştır.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında çapraz bulaş ya da nükleik asit kontaminasyonunun önlenmesi için periyodik olarak ortam kontrolünün yapılması gereklidir. Günümüzde IVAR ürünlerinin kontrolü giderek önem kazanmakta ve laboratuvar akreditasyon kuruluşları sertifikasyon için klinik laboratuvarlarda ortam kontrolünün sağlanmasını istemektedirler. Bu çalışmanın, moleküler mikrobiyoloji laboratuvarlarında ortam kontrolü ve laboratuvar güvenliği konularını ele alınırken ve bu konularda kendi ihtiyaçlarına yönelik talimatlar oluşturulurken yararlı olabileceği kanaatindeyiz.

How to control of the workspace environment in the molecular microbiology laboratory?

INTRODUCTION: Cross-contamination with the product of “in vitro amplification reactions (IVAR)” can cause false positive results in laboratory tests. This issue is a more seriously problem for molecular microbiology laboratories. In the recent, although many sources can be obtained about good clinical laboratory practices (GCLP) for molecular microbiology laboratories, specific research is needed how to control of the workspace environment. In this article, it is aimed to share our laboratory experiences about control of the workspace environment for molecular microbiology laboratories.
METHODS: In the scope of the ISO 9001 15189 Quality and Accreditation studies in “Public Health General Directorate, Department of Microbiology Reference Laboratories, National Molecular Microbiology Referans Laboratory (NMMRL)”, it was dealed how tocontrol of the work space environment in the molecular microbiology laboratory for the first time, and it was optimized in the laboratory conditions. These experiments were conducted in accordance with laboratory safety and as a result an instruction (coded ÇT03 / MRLDB-06, dated 15.11.2014/01) was formed. In this instruction, nine areas have been identified in our laboratory for the control of the laboratory workspace environment, how these samples will be taken from these areas, how these samples will be tested, how the results will be assessed and how they will be recorded have been described in detail. The samples from the selected areas were analyzed with the sequence-based 16S rRNA assay optimized in our laboratory.
RESULTS: According to the instructions of ÇT03 / MRLDB-06 within the scope of ISO 9001 15189 Quality and Accreditation studies, nucleic acid contamination were not found in none of the samples taken from selected areas in NMMRL workspace environment control studies. The results obtained are recorded using the relevant quality forms.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Periodic control of the workspace environment in the molecular microbiology laboratory is required to prevent cross contamination or nucleic acid contamination. Today, control of IVAR products is getting more and more important, and laboratory accreditation organizations demand the control of the workspace environment in clinical laboratories for certification. We believe that this study can be useful when discussing workspace environment control and laboratory safety issues in molecular microbiology laboratories and preparing instructions for their own needs in this regard.