ISSN: 0377-9777 / e-ISSN: 1308-2523
Ana Sayfa İletişim English
 
Türkiye’de yayılış gösteren bazı Lecidea, Porpidia ve Lecidella türlerinin (liken oluşturan ascomycetes) rDNA ITS bölgesinin dizi analizi yöntemi ile tanımlanması [Turk Hij Den Biyol Derg]
Turk Hij Den Biyol Derg. 2015; 72(1): 45-58 | DOI: 10.5505/TurkHijyen.2015.23540  

Türkiye’de yayılış gösteren bazı Lecidea, Porpidia ve Lecidella türlerinin (liken oluşturan ascomycetes) rDNA ITS bölgesinin dizi analizi yöntemi ile tanımlanması

Esin Başaran1, Demet Cansaran - Duman2, İlker Büyük1, Sümer Aras1
1Ankara Üniversitesi, Fen Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Ankara, Türkiye
2Ankara Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Ankara, Türkiye

AMAÇ: Lecidea cinsine ait türlerin taksonomisi tür içi ve türler arasındaki büyük morfolojik farklılıkların
olması nedeniyle oldukça karmaşa göstermektedir. Bu çalışma kapsamında, Lecidea türleri ve onunla ilişkili cinsler olarak bilinen ve Anadolu’da oldukça yaygın olan Lecidella ve Porpidia cins türlerine ait örneklere ait rDNA (ITS) bölgelerinin analiz edilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEMLER: Anadolu’nun farklı bölgelerinden toplanan 11 türe ait 17 liken örneğine ait rDNA ITS dizi analizi verileri incelenmiştir. Diğer ülkelerde dağılım gösteren Lecidea, Lecidella, Lecanora ve Porpidia cinsine ait bazı türlerin sekans analizi bilgileri GenBank’dan (www.ncbi.nlm.nih.gov) alınmıştır. Filogenetik analizler dört farklı metotla (NJ, ME, MP, UPGMA) analiz edilmiştir ve analiz sonuçlarında oluşturulan dört faklı filogenetik ağaçta da benzer sonuçlar elde edilmiştir.
BULGULAR: Minimum-Evolution (ME) analizine göre oluşturan filogenetik agaca göre Lecidea, Lecidella,
Porpidia ve Ganoderma cinslerine ait türlerin dört ana dala ayrılmış olduğu tespit edilmiştir. Minimum-Evolution (ME) analizde Ganoderma applanatum (GU256764) türü dışgrup olarak kullanılmıştır ve çalışılan tüm türlerden ayrı bir dal oluşturmuştur. Çalışılan Lecidea ve onunla ilişkili cinslerin tür ayrımı karşılaştırıldığında genellikle aynı cinsine ait türler ana dala karşı bir dal oluşturmuşlardır. Moleküler filogenetik analizler sonucunda elde edilen sonuçlara göre Lecidea cinsi Lecidella cinsinden ziyade Porpidia cinsine daha yakın bulunmuştur. Çalışılan
örneklerden ilgili bölgelerinin DNA dizisinden 4100 nükleotit elde edilmiştir. Bu nükleotidlerin 177 tanesi korunmuş (C), 747 nükleotit farklılaşmış (V) olarak belirlenmiştir. 56 nükleotit çifti transitions, 54 nükleotit çiftide tranversion olarak tespit edilmiştir.
SONUÇ: Bu çalışma kapsamında Lecidea ve onunla ilişkili cinslerin filogenetik analizi literatürde ilk defa
değerlendirilmiştir ve elde edilen sonuçların ileride yapılacak fungus türlerinin moleküler filogenetik yöntemlerle tanımlanması çalışmalarına kaynak sağlayacağı düşünülmektedir.

Anahtar Kelimeler: Lecidea, Lecidella, Porpidia, ITS


Identification of some Lecidea, Porpidia and Lecidella species (lichen-forming ascomycetes) distributed in Turkey by sequence analysis of rDNA ITS region

Esin Başaran1, Demet Cansaran - Duman2, İlker Büyük1, Sümer Aras1
1Ankara University, Faculty Of Science, Biotechnology Section, Department Of Biology, Ankara, Turkey
2Ankara University, Biotechnology Institute, Ankara, Turkey

OBJECTIVE: The taxonomy of Lecidea is extremely complex because of the enormous morphological variation within and between species. The aim of this study was to analyse the rDNA (ITS) regions of Lecidea species and related genus called Lecidella and Porpidia which are widely spreaded in Anatolia, Turkey.
METHODS: The ITS rDNA sequence information of 17 samples from 11 species which were collected from
different provinces of Anatolia were generated. Some of the specimens from Lecidea, Lecidella, Lecanora and Porpidia genus were also taken from the GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov). The phylogenetic analysis was performed by the help of four different methods (NJ, ME, MP, UPGMA) and these different methods manifested similar results.
RESULTS: Minimum-Evolution (ME) dendrogram revealed that species of Lecidea, Lecidella, Porpidia
and Ganoderma sp. genus were distributed into four main branches. Ganoderma applanatum (GU256764) which was considered as outgroup formed one of the branches, while the other species were collected on the other branchs. Generally the species which belong to the same genus, combined in one branch towards to the origin. In accordance with the results derived from molecular phylogenetic analysis, genus Lecidea is found closer Porpidia rather than Lecidella morphologically. Numerable 4100 nucleotides were obtained from DNA sequences of related region of studied samples. It was indicated that 177 nucleotides of those regions were
stable (C), 747 nucleotides were variable (V). It was confirmed that there were transitions in 56 nucleotide pairs, tranversion in 54 nucleotide pairs of compared samples.
CONCLUSION: In this study, the results of phylogenetic analysis of the genus Lecidea and other similar groups
were firstly evaluated and the results will not be only a guide but also will provide a resource for next researchers.

Keywords: Lecidea, Lecidella, Porpidia, ITS


Esin Başaran, Demet Cansaran - Duman, İlker Büyük, Sümer Aras. Identification of some Lecidea, Porpidia and Lecidella species (lichen-forming ascomycetes) distributed in Turkey by sequence analysis of rDNA ITS region. Turk Hij Den Biyol Derg. 2015; 72(1): 45-58

Sorumlu Yazar: Sümer Aras, Türkiye


ARAÇLAR
Tam Metin PDF
Yazdır
Alıntıyı İndir
RIS
EndNote
BibTex
Medlars
Procite
Reference Manager
E-Postala
Paylaş
Yazara e-posta gönder

Benzer makaleler
PubMed
Google Scholar
 (35 kere görüntülendi)
 (1635 kere indirildi)



Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi (Turkish Bulletin of Hygiene and Experimental Biology) çift kör hakemlik süreci uygulanan, bağımsız, uluslararası, Türkçe ve İngilizce dillerinde, online yayımlanan ve serbest erişimli bir dergidir.


Dergimiz; bireysel kullanıcıların ve kurumların ücretsiz kullanımını mümkün kılan açık erişimli bir dergidir. Kullanıcıların makalelerin tam metinlerine, yayıncı veya yazardan izin almadan erişim sağlayarak, okuma amaçlı yükleme yapma, kopyalama, dağıtma, çıktı alma, arama yapma işlemlerini gerçekleştirmelerine olanak verir. Bu sistem açık erişimli BOAI[1] tanımlaması ile uyumludur.

 

Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi (Turk Hij Den Biyol Derg); Index Copernicus, ResearchGate, CAS (Chemical Abstracts Service), Google Scholar, Google, Open J-Gate, Genamics JournalSeek, Academic Journals Database, Scirus Scientific Database, EBSCOhost Electronic Journals Service (EJS), Medoanet, SCOPUS, Türkiye Atıf Dizini, Türk - Medline ve TUBITAK - ULAKBIM Türk Tip Dizini’nde yer almaktadır.

 
LookUs & OnlineMakale