AMAÇ: Enterokoklar hastaneden kaynaklanan üriner sistem ve yara enfeksiyonlarının ikinci, bakteriyemilerin ise üçüncü en sık nedenidir. Günümüzde, özellikle vankomisine dirençli enterokok (VRE) suşları nozokomiyal enfeksiyonlara sebep olarak morbidite, mortalite
ve tedavi maliyetlerini artıran önemli patojenlerdir. Hastane kaynaklı VRE salgınlarının önlenmesi, kontrolü ve epidemiyolojik analizlerinin yapılması son derece önem taşımaktadır. Pulsed-field jel elektroforezis (PFGE) yöntemi enterokokal enfeksiyonların moleküler
epidemiyolojik analizinde “altın standart” olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, hastane kaynaklı enterokok izolatları arasındaki klonal ilişkiyi belirlemek ve olası çapraz bulaşı ortaya koymaktır.
YÖNTEMLER: Kasım 2010 - Haziran 2012 tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi (DÜTF) Hastanesinin çeşitli kliniklerinde yatan ve hastane kaynaklı enfeksiyon tanısı alan hastalardan izole edilen 36 enterokok suş çalışıldı. 36 suşun 18’i idrar, altısı kan, beşi bronkoalveolar lavaj (BAL), beşi yara, biri vajinal sürüntü ve biri ise kataterden izole edilmiş olup, dokuzu VRE olarak tanımlanmıştır. İzolasyon ve tanımlanan DÜTF Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarlarında gerçekleştirildi. Tanımlama için konvansiyonel yöntemler ve BD PhoenixTM 100 (Becton Dickinson, MD, USA) tam otomatik mikrobiyoloji sistemi kullanıldı. Enterococcus spp. suşlarının tam otomatik mikrobiyoloji sistemi ile Klinik ve Laboratuvar Standartlar Enstitüsü (CLSI) önerilerine uygun olarak antibiyotik duyarlılıkları belirlendi. İzolatların
vankomisin duyarlılıkları E-test yöntemi ile de çalışıldı. Kalite kontrolü için Staphylococcus aureus ATCC 25923 suşu kullanıldı. Enterokok izolatları aralarındaki çapraz bulaş oranlarını belirlemek için PFGE çalışıldı. PFGE çalışması Türkiye Halk Sağlığı Kurumu, Ulusal
Moleküler Mikrobiyoloji Referans Merkez Laboratuvarı’nda gerçekleştirildi. Kromozomal DNA; SmaI enzimi ile kesildi. DNA restriksiyon fragmanları CHEF DR II (Bio-Rad Laboratories, Nazareth, Belgium) sistemi kullanılarak gösterildi. İzolatlar arasındaki klonal ilişki, BioNumerics
Software Program (Applied Maths, Sinth-Martens- Latem, Belgium) kullanılarak oluşturulan dendogram ile değerlendirildi.
BULGULAR: PFGE yöntemiyle izolatların DNA fragment paternleri elde edildi ve bu paternlerin
dendogramı yapıldı. DNA paternlerinin birebir karşılaştırılması sonucu 26 Enterococcus faecium
suşunun dört küme ve bir ana grup, 10 Enterococcus faecalis suşunun ise üç küme ve bir majör grup oluşturduğu saptandı. 26 E. faecium izolatının, %97 benzerlikle ortak aynı grupta yer aldıkları görüldü. Kümeleşme oranı %77 (20/26) olup, kümelerin 2-14 arasında suş içerdiği belirlendi.
SONUÇ: Bu çalışmada, Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde “Kasım 2010 - Haziran 2012”
tarihleri arasında hastane kaynaklı enfeksiyona neden olan enterokok suşları arasında çapraz bulaş oranının yüksek olduğu gösterilmiştir. Çalışmanın sonuçları, enfeksiyon kontrol programlarının daha etkin biçimde uygulanmasının önemini ortaya koymuştur.

AMAÇ: Akut gastroenterit (GE), küçük yaştaki çocuklarda yüksek morbidite ve mortalite ile seyreden
önemli bir sağlık sorunudur. Rotavirüs, süt çocukları ve küçük çocuklardaki viral gastroenteritlerin en önemli etkeni olup yaşamın ilk iki yılında gastroenteritlere bağlı hastaneye yatışların çoğundan sorumludur. Rotavirüs gastroenteritlerinin bölgemizdeki epidemiyolojisi iyi
bilinmemektedir. Bu çalışmada, bölgemizdeki akut gastroenteritli çocuklarda rotavirüs antijen pozitifliğinin immünokromatografik yöntemle araştırılması ve yaşa bağlı dağılımının incelemesi amaçlandı.
YÖNTEMLER: Ekim 2013-Nisan 2014 tarihleri arasında Kırıkkale ilindeki hastanemize ishal şikayeti ile başvuran 883 çocuk hastanın taze dışkı örneklerine ait kayıtlar retrospektif olarak incelendi. Dışkı örneklerinde rotavirüs antijen varlığı, spesifik monoklonal antikorlar içeren ve hızlı sonuç veren kalitatif immünokromotografik yöntem ile araştırıldı. Hastalar, 0-2, 3-5 ve 6-16 olarak
üç yaş grubuna ayrıldı. Veriler SPSS 15,0 (Statistical Package for Social Sciences version 15,0) kullanılarak analiz edildi. İstatistiksel anlamlılık için p değeri <0,05 alındı.
BULGULAR: Çalışmaya alınan 883 dışkı örneğinin 147’sinde (%16,65) rotavirüs antijeni pozitif bulundu.
Test istenen 883 hastanın 561’i (%63,53) erkek, 322’si (%36,47) kız coçuğu idi. Rotavirüs antijen pozitifliğinin yaş gruplarına göre dağılımı; 0-2 yaş grubunda 118 olgu (%80,72), 3-5 yaş grubunda 26 olgu (%17,69) ve 6-16 yaş grubunda 3 olgu (%2,04) olarak saptandı. 147 pozitif olgunun 88’i (%59,86) erkek, 59’u (%40,14) kadındı. Yapılan istatistiksel analizde cinsiyet arasında anlamlı bir fark bulunmamasına rağmen yaş grupları arasında anlamlı farklılık tespit edildi.
SONUÇ: Çalışmamızda elde edilen veriler, rotavirüs enfeksiyonlarının çocukluk çağı ishalleri arasında
hala önemli bir yere sahip olduğunu gösterdi. Klinik bulgular virüse özgü olmadığı için dışkı
örneklerinde immünokromotografik yöntemler ile viral antijen analizi yapılması tanı için oldukça
kullanışlıdır.

AMAÇ: Ciddi ya da invazif Candida enfeksiyonları, başta nötropenik hastalar olmak üzere genel olarak
bağışıklık sisteminin baskılandığı, “özel konak” olarak tanımlanan hasta gruplarında sıklıkla gelişmekte ve yüksek mortalite oranı ile seyretmektedir. Ancak son iki dekattır ciddi Candida enfeksiyonlarının yalnızca nötropenik hasta ve özel konakla ilişkili bir klinik tablo olmadığı, özellikle hastanede yatan tüm kritik hastalarda gelişebileceği bilinmektedir. Bu çalışmada, hastanemizde yatan hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen Candida türlerinin tiplendirilerek antifungal duyarlılıklarının araştırılması hedeflenmiştir.
YÖNTEMLER: Şubat 2013 - Şubat 2014 tarihleri arasında, Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesinde yatan hastaların çeşitli klinik örneklerinden üreyen 187 örnek çalışmaya dahil edilmiş ve retrospektif olarak incelenmiştir. Laboratuvara gönderilen klinik örnekler, Sabouraud dekstroz agar (BD Diagnostic Systems) ve koyun kanlı agar besiyerine (BD Diagnostic Systems) mantar aranması amacıyla ekilmiştir. İzole edilen maya mantarlarına Gram boyama ve germ tüp testi uygulanmıştır. Mayaların tanımlanması ve antifungal duyarlılık testleri için Vitek 2 (Biomerieux) otomatize sistemi kullanılmıştır.
BULGULAR: Toplam 187 izolatın 56’sı (%29,9) C. albicans, 57’si (%30,4) C. glabrata, 20’si (%10,6) C. tropicalis, 12’si (%6,4) C. parapsilosis 11’i (%9,8) C. krusei, 11’i (%5,8) C. kefyr, sekizi (%4,2) C. famata, beşi (%2,6) C. sphaerica, üçü (%1,6) C. dubliniensis, biri (%0,5) C. norvegensis, biri (%0,5) C. lusitaniae, biri (%0,5) C. guilliermondii, biri (%0,5) C. haemulonii olarak tanımlanmıştır. Klinik örneklerin 107’si (%57,3) yoğun bakım servislerinden izole edilmiştir. Tüm
Candida türlerinde flukonazol, vorikonazol, amfoterisin B, flusitozin, ve kaspofungin için elde edilen duyarlılık oranları sırasıyla %92,52, %98,85, %95,97, %91,95 ve %100 olarak saptanmıştır.
SONUÇ: Candida türlerinin tiplendirilmesi ve antifungal duyarlılıklarının bildirilmesi, tedaviyi yönlendirmek için önem arz etmektedir. Etkin ve doğru enfeksiyon kontrol stratejileri geliştirebilmek adına, hastanelerin enfeksiyon etkenlerinin dağılımını ve bunların direnç paternlerini bilmesi gerekmektedir.

AMAÇ: Bu çalışmada, intraperitoneal yolla Toxoplasma gondii RH Ankara suşu inoküle edilen farelerde oluşan akut tokzoplazmozisde sistemik doku tutulumunun patolojik olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEMLER: Mus musculus varyete albino cinsi 42 adet fare, herhangi bir inokülasyonun yapılmadığı
kontrol grubu, intraperitoneal inokülasyondan sonra sakrifiye edilmeyen ve intraperitoneal inokülasyondan ikinci gün ve dördüncü gün sakrifiye edilenler olmak üzere dört gruba ayrılmıştır. Farelerin intraperitoneal inokülasyonunda T. gondii RH Ankara suşunun farelerdeki
48-50 saatlik intraperitoneal pasajları kullanılmış ve her bir fareye 5x104 takizoit verilmiştir. Sakrifiye edilen hayvanlar makroskobik olarak incelendikten sonra alınan doku örnekleri %10 formalinde tespit edilmiştir. Parafin bloklara alınan dokulardan hazırlanan preparatlar
hematoksilen-eozin ile boyanarak histopatolojik olarak incelenmiştir.
BULGULAR: Karaciğer, dalak, ince bağırsaklar, böbreklerin parankimi ve serozasında nekrozlar ve çok sayıda serbest takizoit grupları gözlenmiştir. Akciğerin alveolar kapiller lümenlerinde de takizoitler
saptanmıştır. Beyin ve beyincikte ise herhangi anlamlı bir patolojik değişiklik izlenmemiştir. Dokulardaki nekroz ve Toxoplasma gondii takizoidlerinin yoğunluğunun, inokülasyon süresi ve temas yüzeyi ile doğru orantılı olduğu gözlenmiştir. Herhangi bir müdahalede bulunulmayan
enfekte farelerin tamamı altıncı günün sonunda ölmüştür. Bu çalışmada T. gondii RH Ankara suşunun farelerde virulan Tip I gruba bağlı RH suşlarındakine benzer patolojik bulgular oluşturduğu belirlenmiştir.
SONUÇ: Fare inokülasyonu tanı amacıyla kullanılabileceği gibi aşı, ilaç ve patogeneze yönelik çalışmalarda da bu modelden yararlanılabilir.

AMAÇ: İçme kullanma sularında klorlu pestisitlerin, vakum manifold sistemi kullanılarak, miktar tayininin yapılması amaçlanmıştır.
YÖNTEMLER: Klorlu pestisitlerin içme kullanma sularında miktar analizi, katı-sıvı faz ekstraksiyon yöntemiyle ve GC/μECD cihazı kullanılarak yapılmıştır.
BULGULAR: Klorlu pestisitlerin analizinde 1 L su örneği, C18 organik faz içeren kolondan geçirilerek ekstrakte edilmiştir. Su örneği vakum manifold sistemi kullanarak 4 mmHg basıncında geçirilmiştir. Bu ekstraktın zenginleştirmesinde evaporatör kullanılmıştır. Klorlu pestisitlerde geri kazanım miktarlarının %53,7 ile %95,6 arasında değiştiği bulunmuştur. Kesinlik değeri %4,1
ile %19,8 arasında değişmektedir. Raporlama limiti hesaplamasında, her bir parametre için deneysel olarak hesaplanan standart sapmanın sayısal değerinin 10 katı alınmıştır. İnsani Tüketim Amaçlı Sular Hakkında Yönetmelik incelendiğinde izin verilen kalıntı limitleri aldrin, dieldrin, heptaklor, heptaklorepoksit için 0,03 μg/L, diğer pestisit parametreleri için ise 0,1 μg/L’dir. Çalışmada klorlu pestisitlerde raporlama limiti 0,01 μg/L ile 0,07 μg/L arasındadır. Raporlama limiti değeri Beta HCH (beta hekzaklorosiklohekzan) için 0,07 μg/L bulunmuştur. Yönetmelikte belirtilen 0,1 μg/L bu değerin altında kaldığı için uygun görülmüştür. Dieldrin için
bulunan 0,01 μg/L raporlama limiti değeri Yönetmelikte belirtilen 0,03 μg/L değerinin altında olduğundan uygun bulunmuştur. Heptaklor ve heptaklorepoksit için bulunan 0,03 μg/L raporlama limiti değeri yönetmelikte belirtilen 0,03 μg/L değerini karşılamıştır.
SONUÇ: Vakum manifold sistemlerinde, kalıntı tespitinde basınç önemli bir faktördür. Manifold sistemde
kolon şartlamada, örnek geçiş aşamalarında basınç sabit tutularak ve evaporasyon işlemlerinde sisteme azot gazı verilerek pestisitlerin geri kazanım oranlarındaki tekrarlanabilirliğinin yeterliliği sağlanmıştır. Vakum manifoltunun dezavantajı olan sıvı toplama hacmi küçüklüğü ise vakum pompası ile vakum manifold arasına takılan depolama tankı ile çözülmüştür. Hesaplanan
raporlama limitleri İnsani Tüketim Amaçlı Sular Hakkında Yönetmelikte kalıntı maddeler için bildirilen limit değerlerin altında bulunmuştur.

AMAÇ: Lecidea cinsine ait türlerin taksonomisi tür içi ve türler arasındaki büyük morfolojik farklılıkların
olması nedeniyle oldukça karmaşa göstermektedir. Bu çalışma kapsamında, Lecidea türleri ve onunla ilişkili cinsler olarak bilinen ve Anadolu’da oldukça yaygın olan Lecidella ve Porpidia cins türlerine ait örneklere ait rDNA (ITS) bölgelerinin analiz edilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEMLER: Anadolu’nun farklı bölgelerinden toplanan 11 türe ait 17 liken örneğine ait rDNA ITS dizi analizi verileri incelenmiştir. Diğer ülkelerde dağılım gösteren Lecidea, Lecidella, Lecanora ve Porpidia cinsine ait bazı türlerin sekans analizi bilgileri GenBank’dan (www.ncbi.nlm.nih.gov) alınmıştır. Filogenetik analizler dört farklı metotla (NJ, ME, MP, UPGMA) analiz edilmiştir ve analiz sonuçlarında oluşturulan dört faklı filogenetik ağaçta da benzer sonuçlar elde edilmiştir.
BULGULAR: Minimum-Evolution (ME) analizine göre oluşturan filogenetik agaca göre Lecidea, Lecidella,
Porpidia ve Ganoderma cinslerine ait türlerin dört ana dala ayrılmış olduğu tespit edilmiştir. Minimum-Evolution (ME) analizde Ganoderma applanatum (GU256764) türü dışgrup olarak kullanılmıştır ve çalışılan tüm türlerden ayrı bir dal oluşturmuştur. Çalışılan Lecidea ve onunla ilişkili cinslerin tür ayrımı karşılaştırıldığında genellikle aynı cinsine ait türler ana dala karşı bir dal oluşturmuşlardır. Moleküler filogenetik analizler sonucunda elde edilen sonuçlara göre Lecidea cinsi Lecidella cinsinden ziyade Porpidia cinsine daha yakın bulunmuştur. Çalışılan
örneklerden ilgili bölgelerinin DNA dizisinden 4100 nükleotit elde edilmiştir. Bu nükleotidlerin 177 tanesi korunmuş (C), 747 nükleotit farklılaşmış (V) olarak belirlenmiştir. 56 nükleotit çifti transitions, 54 nükleotit çiftide tranversion olarak tespit edilmiştir.
SONUÇ: Bu çalışma kapsamında Lecidea ve onunla ilişkili cinslerin filogenetik analizi literatürde ilk defa
değerlendirilmiştir ve elde edilen sonuçların ileride yapılacak fungus türlerinin moleküler filogenetik yöntemlerle tanımlanması çalışmalarına kaynak sağlayacağı düşünülmektedir.

Pantoea türleri, bitkilerde ve toprakta bulunan, Enterobacteriaceae ailesinden, fakültatif aerob Gramnegatif çomaklardır. Pantoea agglomerans immün sistemi normal olan kişilerde lokalize, immünsuprese hastalarda ve yeni doğanlarda sistemik enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Fırsatçı patojen olan bu bakterilerin neden olduğu nozokomiyal enfeksiyonlar; septik artrit, pnömoni, sepsis, peritonit, üriner sistem, cerrahi alan ve kateterle ilişkili enfeksiyonlardır. Bu bakteri, 4°C’de iyi üreyebilme özelliğine sahip olduğu için kontamine intravenöz solüsyonlar ve
depolanmış kan ürünleriyle bulaşabilmektedir. Pantoea spp. pamuk silgiçlerde, intra-arterial gereçlerde de bulunabilmektedir. Bu çalışmada, P. agglomerans’a bağlı kateter ilişkili bir sepsis olgusu sunulmaktadır. Kasım 2013’te mide kanseri tanısı konulan, son kemoterapisini Mart 2014’te alan 54 yaşında erkek hasta; kemoterapi sonrası bulantı kusma, beslenememe şikayetleriyle hastanemizin dahiliye servisinde yatırıldı ve gastrointestinal pasajı olmaması nedeniyle total parenteral nutrisyon (TPN) ile takip edildi. Genel durumu stabilleşince Nisan 2014’te taburcu edildi. Evde iki hafta TPN ile beslenmesi sürdürülen hasta Mayıs 2014’te üşüme, titreme ve 39,9 OC ateş şikayetleriyle İstanbul Üniversitesi, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi’nin acil servisine başvurdu. Kateter ilişkili sepsis ön tanısıyla piperasilintazobaktam
başlanarak dahiliye servisine yatırıldı. CVP kateterinden alınan kan kültüründe Gram negatif çomak üremesi üzerine kateteri çıkarıldı ve TPN ile beslenmesini sağlamak için yeni kateter takıldı. Hastanın kan ve kateter kültüründen P. agglomerans izole edildi. Bakterinin tanımlanması konvansiyonel mikrobiyolojik yöntemler ve Phoenix otomatize tanımlama sistemi ile yapıldı. Antibiyotik duyarlılığı (Klinik ve Laboratuvar Standartlar Enstitüsü-CLSI) kriterlerine göre Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak değerlendirildi. Mikroorganizma piperasilintazobaktam’a duyarlı saptandığı için hastanın tedavisi değiştirilmedi. Tedavi sonrasında hastanın genel durumu iyileşince 16. gününde antibiyoterapi kesilerek taburcu
edildi. Bu olgu sunumunda, immunsuprese hastalarda, nadir görülen P. agglomerans’a bağlı kateter ilişkili sepsis gelişme riskine ve antibiyoterapisine dikkat çekilmesi amaçlanmıştır.

Moleküler yöntemler enfeksiyon hastalıkların patogenezinin ve epidemiyolojisinin anlaşılmasında
çok önemli katkıda bulunmuştur. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR), en yaygın kullanılan hedef nükleik asit amplifikasyon yöntemidir. Bu yöntem ile tek bir nükleik asidin kopyası çok kısa bir süre içinde 107 kereden fazla çoğalır. Gerçek zamanlı PZR, sekanslama tekniği ve kütle spektrofotometresi gibi yeni teknolojiler klinik mikrobiyoloji laboratuvarında birçok uygulama
alanı kazanmıştır. Gerçek zamanlı tekniklerin en büyük etkisi viroloji alanında olmuştur ve bu tekniklerin klinik örneklerde çeşitli virüslerin tespiti, kantitatif viral yükleri ve antiviral tedaviye yanıtı izlemek için kullanılmıştır. Bakteriyoloji alanında bakteriyel patojenler ve/veya antibiyotik direnç genlerinin hızlı tanımlanması, antibiyotiklerin uygun kullanımını sağlar, hastanede kalış
süresini kısaltır ve dirençli suşların gelişme potansiyelini azaltır. Neisseria gonorrhoeae ve Chlamydia trachomatis tespiti için PZR teknolojisi kullanan ticari kitler geliştirilmiştir. Nükleik asit amplifikasyon testleri klinik örneklerde Mycobacterium tuberculosis kompleks’inin doğrudan tespitinde kullanılabilir. Bazı klinik laboratuvarlar, klinik örneklerden M. tuberculosis’i tespit etmek için PZR deneylerine dayalı kendi in-house deneylerini geliştirmiştir. Bazı çalışmalar hazır kitleri ve “in-house” yöntemleri karşılaştırmıştır ve benzer sonuçlar bulmuştur. In-house geliştirilen yöntemlere ek olarak bazı ticari amplifikasyon kitleri yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu bölümde güncel DNA yöntemine dayalı moleküler tekniklerin temel ilkelerini ve klinik bakteriyoloji için uygulamaları açıklanmıştır.

Psittakoz, evcil ve yabani kuşlarda görülen ve Chlamydophila psittaci’nin neden olduğu sistemik,
morbiditesi yüksek bir enfeksiyon olup, zoonotik özellik göstermektedir. C. psittaci’nin dünya genelinde başta papağan ve muhabbet kuşu olmak üzere 470’in üzerinde kuş türünde hastalığa yol açtığı bilinmektedir. İnsanların gerek yabani gerekse evcil kuşlarla uzun yıllar yakın ilişki
içerisinde olduğu bir gerçektir ve bu durum insanlarda enfeksiyonun görülmesine zemin hazırlamaktadır. C. psittaci; Gram negatif, obligat, bifazik üreme siklusuna sahip ve intraselüler bir bakteridir. Etken, kuşlar arasında solunum veya fekal-oral yolla bulaşmaktadır. Enfekte
kuşlarda klinik olarak iştahsızlık, göz ve burun akıntısı, konjunktivit, rinit, nefes almada zorluk, zayıflama, tüylerde kabarmalar ve ishal gözlenebilir. Enfeksiyonun insanlara bulaşması inhalasyon veya doğrudan temas yoluyla olmakta, kuş ısırması veya insandan insana bulaşma
nadir görülmektedir. C. psittaci, insanlarda çoğunlukla pnömoni ile seyreden sistemik özellikte bir enfeksiyona yol açar. Tanıda enzime bağlı immün sorbent analiz (ELISA), komplement fiksasyon testi (KFT), Mikroimmün fluoresan testi (MIF) gibi serolojik yöntemlerin yanı sıra son yıllarda polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) temelli moleküler yöntemler kullanılmaktadır. Hem enfekte kuşların, hem de insanların tedavisinde tetrasiklinler veya makrolidler tercih edilmektedir. Hastalığın önüne geçebilmek için özellikle kuşlarda kullanılabilecek ticari bir aşı mevcut olmadığından biyogüvenlik kurallarının düzgün şekilde uygulanması gerek ekonomik yönden gerekse insan sağlığı yönünden oldukça önemlidir. Özellikle veteriner hekimler, kuş yetiştiricileri ve satıcıları, kümes hayvanları yetiştiricileri ve kesimhanede çalışanları C. psittaci
enfeksiyonu açısından yüksek risk altındadır. Psittakoz enfeksiyonunun insanlara bulaşması ve potansiyel biyolojik silah olarak kabul edilmesi nedeni ile halk sağlığı yönünden önemli olduğu düşünülmektedir. Hastalık ile ilgili farkındalığın düşük olması ve hastalığın değişken bir klinik
tablo göstermesi dolayısıyla tanıda gözden kaçırılabilecek olması nedeniyle bu derlemede insan ve kuşlar için enfeksiyon ile ilgili detaylı bilgi verilmesi amaçlanmıştır

Uzun yıllar mikroorganizmaların sadece çoğalan, besin arayan kendi başlarına yaşayan hücreler oldukları düşünülmüştür. Ancak 50 yıl önce mikrobiyologlar tarafından bakterilerin birbirleri ve çevreleri ile iletişim kurduklarının anlaşılması ile mikroorganizmaların dünyasına bakış açısı değişmiştir. İletişimde kullanılan dil, sinyal moleküllerinden oluşmakta ve sinyal moleküllerine genel olarak “otoindükleyici” adı verilmektedir. Bakteriler üretilen sinyal moleküllerinin yoğunluğunu ölçebilmekte, bu sayede ortamdaki diğer mikroorganizmaların miktarını algılayabilmekte ve türe özgü davranışlar sergileyebilmektedirler. Yapılan çalışmalar; farklı mikroorganizmaların farklı çoğunluğu algılama (ÇA) moleküllerini kullandıklarını, hatta bazı
mikroorganizmaların bir kaç çeşit sinyal molekülünü birden kullandığını ortaya koymuştur. LuxI/LuxR sistemi, oligopeptit sistemi ve hibrit sistem olmak üzere üç çeşit çoğunluğu algılama mekanizması tanımlanmıştır. Bu mekanizmalarda kullanılan sinyal molekülü ve bu molekülün algılanması birbirinden farklıdır. Çoğunluğu algılama ile ilgili ilk çalışmalar deniz suyunda yaşayan Vibrio fischeri ve Vibrio harveyi bakterileri üzerinde yapılmış ve sonraki aşamada patojen bakteriler üzerine yoğunlaşmıştır. Spor oluşturma, konjugasyan, biyolüminesans, biyofilm oluşturma, antibiyotik üretimi ve bakteriyosin üretimi gibi türe özgü pek çok davranış ÇA mekanizması ile kontrol edilmektedir. ÇA mekanizmasının anlaşılması, patojen mikroorganizmalarla etkili şekilde mücadele edilmesinde ve laktik asit bakterilerinin davranışlarının anlaşılmasında son derece önemlidir. Ancak laktik asit bakterilerinin ÇA mekanizmasının çok farklı sinyal moleküllerinin kullanılması ve algılamanın olaylar dizisi şeklinde gerçekleşmesi nedeniyle anlaşılması zordur. Bu derlemede, sağlık üzerine olumlu katkı sağlayan probiyotik özellikteki laktik asit bakterilerinin konakçısı ile uyumu, sindirim sistemindeki patojenlerin gelişimini ve koloni oluşturmasını engellemesi, bakteriyosin üretimi, asit koşullara ve safra tuzlarına dayanımı, epitel hücrelere tutunma gibi pek çok özelliğinin ÇA ile bağlantısı değerlendirilmiştir. Laktik asit bakterileri tarafından kullanılan ÇA mekanizmasının anlaşılması ile yeni dönem probiyotikler olarak tanımlanan metabiyotiklerin tasarlanmasında yarar sağlayacağı düşünülmektedir.