Makale Özeti | Tam Metin PDF

AMAÇ: Enterokoklar hastaneden kaynaklanan üriner sistem ve yara enfeksiyonlarının ikinci, bakteriyemilerin ise üçüncü en sık nedenidir. Günümüzde, özellikle vankomisine dirençli enterokok (VRE) suşları nozokomiyal enfeksiyonlara sebep olarak morbidite, mortalite
ve tedavi maliyetlerini artıran önemli patojenlerdir. Hastane kaynaklı VRE salgınlarının önlenmesi, kontrolü ve epidemiyolojik analizlerinin yapılması son derece önem taşımaktadır. Pulsed-field jel elektroforezis (PFGE) yöntemi enterokokal enfeksiyonların moleküler
epidemiyolojik analizinde “altın standart” olarak kabul edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, hastane kaynaklı enterokok izolatları arasındaki klonal ilişkiyi belirlemek ve olası çapraz bulaşı ortaya koymaktır.
YÖNTEMLER: Kasım 2010 - Haziran 2012 tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi (DÜTF) Hastanesinin çeşitli kliniklerinde yatan ve hastane kaynaklı enfeksiyon tanısı alan hastalardan izole edilen 36 enterokok suş çalışıldı. 36 suşun 18’i idrar, altısı kan, beşi bronkoalveolar lavaj (BAL), beşi yara, biri vajinal sürüntü ve biri ise kataterden izole edilmiş olup, dokuzu VRE olarak tanımlanmıştır. İzolasyon ve tanımlanan DÜTF Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı laboratuvarlarında gerçekleştirildi. Tanımlama için konvansiyonel yöntemler ve BD PhoenixTM 100 (Becton Dickinson, MD, USA) tam otomatik mikrobiyoloji sistemi kullanıldı. Enterococcus spp. suşlarının tam otomatik mikrobiyoloji sistemi ile Klinik ve Laboratuvar Standartlar Enstitüsü (CLSI) önerilerine uygun olarak antibiyotik duyarlılıkları belirlendi. İzolatların
vankomisin duyarlılıkları E-test yöntemi ile de çalışıldı. Kalite kontrolü için Staphylococcus aureus ATCC 25923 suşu kullanıldı. Enterokok izolatları aralarındaki çapraz bulaş oranlarını belirlemek için PFGE çalışıldı. PFGE çalışması Türkiye Halk Sağlığı Kurumu, Ulusal
Moleküler Mikrobiyoloji Referans Merkez Laboratuvarı’nda gerçekleştirildi. Kromozomal DNA; SmaI enzimi ile kesildi. DNA restriksiyon fragmanları CHEF DR II (Bio-Rad Laboratories, Nazareth, Belgium) sistemi kullanılarak gösterildi. İzolatlar arasındaki klonal ilişki, BioNumerics
Software Program (Applied Maths, Sinth-Martens- Latem, Belgium) kullanılarak oluşturulan dendogram ile değerlendirildi.
BULGULAR: PFGE yöntemiyle izolatların DNA fragment paternleri elde edildi ve bu paternlerin
dendogramı yapıldı. DNA paternlerinin birebir karşılaştırılması sonucu 26 Enterococcus faecium
suşunun dört küme ve bir ana grup, 10 Enterococcus faecalis suşunun ise üç küme ve bir majör grup oluşturduğu saptandı. 26 E. faecium izolatının, %97 benzerlikle ortak aynı grupta yer aldıkları görüldü. Kümeleşme oranı %77 (20/26) olup, kümelerin 2-14 arasında suş içerdiği belirlendi.
SONUÇ: Bu çalışmada, Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde “Kasım 2010 - Haziran 2012”
tarihleri arasında hastane kaynaklı enfeksiyona neden olan enterokok suşları arasında çapraz bulaş oranının yüksek olduğu gösterilmiştir. Çalışmanın sonuçları, enfeksiyon kontrol programlarının daha etkin biçimde uygulanmasının önemini ortaya koymuştur.

OBJECTIVE: Enterococci are the second most common cause of nosocomial urinary tract and wound infections, also third most common cause of nosocomial bacteremia. Currently, especially vancomycin-resistant enterococci (VRE) are one of the significant pathogens that cause
nosocomial infections and increase mortality, morbidity, and healthcare costs. Therefore prevention and control of the nosocomial VRE outbreaks and epidemiological analysis of the infection are important. Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) is accepted as a “gold standard” method in the molecular epidemiological analysis of enterococcal infections. The aims of this study are to determine the clonal relationship among the nosocomial enterococcal isolates and the rate of cross-contamination between them.
METHODS: Thirty-six Enterococcus strains isolated from hospitalized patients with nosocomial infection in
different clinics of Dicle University Hospital between November 2010 and June 2012 were included in this study. A total of 36 isolates were obtained from various clinical samples including urine (n=18), blood (n=6), bronchoalveolar lavage (BAL) fluid (n=5), wound biopsy
sample (n=5), vaginal smear (n=1) and catheter tip (n=1). Nine of the thirty-six isolates were VRE. Isolation and identification of the isolates were conducted in the bacteriology laboratories of Dicle University Medical Faculty, Department of Medical Microbiology. The conventional methods and BD PhoenixTM 100 (Becton Dickinson, MD, USA) fully automated microbiology
system were used for the identification. Antimicrobial susceptibilities of enterococcal strains were determined by a fully automated microbiology system according to the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). In addition, vancomycin susceptibilities of the isolates were performed by E-test method. Staphylococcus aureus ATCC 25923 strain was used for quality control. PFGE was studied for determining of rate of cross-contamination. PFGE was performed in National Molecular Microbiology Referance Laboratory, Public Health Institution of
Turkey (PHIT). DNA restriction fragments were obtained by cutting bacterial DNA with the SmaI enzyme. DNA restriction fragments were used by CHEF DR II (Bio-Rad Laboratories, Nazareth, Belgium) system. PFGE results were evaluated by Bionumerics software system (version
6.01; Applied Maths, Sint-Martens-Latem, Belgium).
RESULTS: DNA patterns of the isolates were obtained by PFGE, and dendrogram of DNA patterns were made. Comparison of DNA patterns obtained by PFGE showed that 26 E. faecium strains were divided into four different clusters and one major group, 10 E. faecalis strains were three clusters and one major group. Twenty-six Enterococcus faecium isolates were involved
in a joint cluster (97% similarity). The cluster rate was found to be 77% (20/26), number of E. faecium strains in each cluster ranged from 2 to 14 strains.
CONCLUSION: In this study, cross-contamination was highlighted among enterococcal strains causing
nosocomial infections in Dicle University Hospital between November 2010 and June 2012. Our data revealed that more effective infection control programs should be implemented to prevent cross-transmission.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

AMAÇ: Akut gastroenterit (GE), küçük yaştaki çocuklarda yüksek morbidite ve mortalite ile seyreden
önemli bir sağlık sorunudur. Rotavirüs, süt çocukları ve küçük çocuklardaki viral gastroenteritlerin en önemli etkeni olup yaşamın ilk iki yılında gastroenteritlere bağlı hastaneye yatışların çoğundan sorumludur. Rotavirüs gastroenteritlerinin bölgemizdeki epidemiyolojisi iyi
bilinmemektedir. Bu çalışmada, bölgemizdeki akut gastroenteritli çocuklarda rotavirüs antijen pozitifliğinin immünokromatografik yöntemle araştırılması ve yaşa bağlı dağılımının incelemesi amaçlandı.
YÖNTEMLER: Ekim 2013-Nisan 2014 tarihleri arasında Kırıkkale ilindeki hastanemize ishal şikayeti ile başvuran 883 çocuk hastanın taze dışkı örneklerine ait kayıtlar retrospektif olarak incelendi. Dışkı örneklerinde rotavirüs antijen varlığı, spesifik monoklonal antikorlar içeren ve hızlı sonuç veren kalitatif immünokromotografik yöntem ile araştırıldı. Hastalar, 0-2, 3-5 ve 6-16 olarak
üç yaş grubuna ayrıldı. Veriler SPSS 15,0 (Statistical Package for Social Sciences version 15,0) kullanılarak analiz edildi. İstatistiksel anlamlılık için p değeri <0,05 alındı.
BULGULAR: Çalışmaya alınan 883 dışkı örneğinin 147’sinde (%16,65) rotavirüs antijeni pozitif bulundu.
Test istenen 883 hastanın 561’i (%63,53) erkek, 322’si (%36,47) kız coçuğu idi. Rotavirüs antijen pozitifliğinin yaş gruplarına göre dağılımı; 0-2 yaş grubunda 118 olgu (%80,72), 3-5 yaş grubunda 26 olgu (%17,69) ve 6-16 yaş grubunda 3 olgu (%2,04) olarak saptandı. 147 pozitif olgunun 88’i (%59,86) erkek, 59’u (%40,14) kadındı. Yapılan istatistiksel analizde cinsiyet arasında anlamlı bir fark bulunmamasına rağmen yaş grupları arasında anlamlı farklılık tespit edildi.
SONUÇ: Çalışmamızda elde edilen veriler, rotavirüs enfeksiyonlarının çocukluk çağı ishalleri arasında
hala önemli bir yere sahip olduğunu gösterdi. Klinik bulgular virüse özgü olmadığı için dışkı
örneklerinde immünokromotografik yöntemler ile viral antijen analizi yapılması tanı için oldukça
kullanışlıdır.

OBJECTIVE: Acute gastroenteritis is a major health problem associated with high morbidity and mortality in children. Rotavirus is shown to be the most important agent of viral gastroenteritis in infants
and young children, responsible for the majority of hospitalizations for this illness within the first two years of life. The epidemiology of rotavirus gastroenteritis is not well known in our region. In this study, we aimed to investigate the presence of rotavirus antigen positivity
by using an immunocromatographic method and to assess age-related distribution in pediatric patients with acute gastroenterititis in our region.
METHODS: Fresh stool specimens from a total of 883 pediatric patients admitted to our hospital in Kırıkkale
during October 2013 and April 2014 due to acute gastroenteritis were studied. Presence of rotavirus antigen in stool specimens was tested by using a rapid result giving commercial kit which consists of specific monoclonal antibodies. Patients were divided into three age groups; 0-2, 3-5 and 6-16. Data was analyzed using SPSS 15.0 (Statistical Package for Social Sciences version 15.0). For statistical significance p-value <0.05 was considered.
RESULTS: 147 (16.65%) of 883 stool samples were found to have rotavirus antigen. Of 883 patients tested, 561 (63.53%) were male, 322 (36.47%) were female. Of the patients detected as rotavirus antigen positive 118 cases (80.72%) were between 0-2 years old, 26 cases (17.69%) were between 3-5 years old and 3 cases (2.04%) were 6-16 years old. Of 147 patient with rotavirus antigen positive, 88 (59.86%) were male and 59 (40.14%) were female. In the statistical analysis, although there was no a significant difference between sex, significant
difference was detected between age groups.
CONCLUSION: The data obtained in this study indicated that rotavirus infections still remain one of the important childhood diarrhea. The clinical signs are nonspecific; so, the analysis of viral antigen in the stool specimen is important for the diagnosis. Immunochromotographic assay is useful for diagnosis in this infection.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

AMAÇ: Ciddi ya da invazif Candida enfeksiyonları, başta nötropenik hastalar olmak üzere genel olarak
bağışıklık sisteminin baskılandığı, “özel konak” olarak tanımlanan hasta gruplarında sıklıkla gelişmekte ve yüksek mortalite oranı ile seyretmektedir. Ancak son iki dekattır ciddi Candida enfeksiyonlarının yalnızca nötropenik hasta ve özel konakla ilişkili bir klinik tablo olmadığı, özellikle hastanede yatan tüm kritik hastalarda gelişebileceği bilinmektedir. Bu çalışmada, hastanemizde yatan hastaların çeşitli klinik örneklerinden izole edilen Candida türlerinin tiplendirilerek antifungal duyarlılıklarının araştırılması hedeflenmiştir.
YÖNTEMLER: Şubat 2013 - Şubat 2014 tarihleri arasında, Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesinde yatan hastaların çeşitli klinik örneklerinden üreyen 187 örnek çalışmaya dahil edilmiş ve retrospektif olarak incelenmiştir. Laboratuvara gönderilen klinik örnekler, Sabouraud dekstroz agar (BD Diagnostic Systems) ve koyun kanlı agar besiyerine (BD Diagnostic Systems) mantar aranması amacıyla ekilmiştir. İzole edilen maya mantarlarına Gram boyama ve germ tüp testi uygulanmıştır. Mayaların tanımlanması ve antifungal duyarlılık testleri için Vitek 2 (Biomerieux) otomatize sistemi kullanılmıştır.
BULGULAR: Toplam 187 izolatın 56’sı (%29,9) C. albicans, 57’si (%30,4) C. glabrata, 20’si (%10,6) C. tropicalis, 12’si (%6,4) C. parapsilosis 11’i (%9,8) C. krusei, 11’i (%5,8) C. kefyr, sekizi (%4,2) C. famata, beşi (%2,6) C. sphaerica, üçü (%1,6) C. dubliniensis, biri (%0,5) C. norvegensis, biri (%0,5) C. lusitaniae, biri (%0,5) C. guilliermondii, biri (%0,5) C. haemulonii olarak tanımlanmıştır. Klinik örneklerin 107’si (%57,3) yoğun bakım servislerinden izole edilmiştir. Tüm
Candida türlerinde flukonazol, vorikonazol, amfoterisin B, flusitozin, ve kaspofungin için elde edilen duyarlılık oranları sırasıyla %92,52, %98,85, %95,97, %91,95 ve %100 olarak saptanmıştır.
SONUÇ: Candida türlerinin tiplendirilmesi ve antifungal duyarlılıklarının bildirilmesi, tedaviyi yönlendirmek için önem arz etmektedir. Etkin ve doğru enfeksiyon kontrol stratejileri geliştirebilmek adına, hastanelerin enfeksiyon etkenlerinin dağılımını ve bunların direnç paternlerini bilmesi gerekmektedir.

OBJECTIVE: Serious or invasive Candida infections, often occur in immune suppressed patients like neutropenic patients and cause high mortality rates. However in the last two decades it is known that serious Candida infections are not a clinical condition associated with specific hosts like neutropenic patients, they can develop in any critically ill patients. In this study, we aimed to investigate types of Candida species isolated from clinical materials of hospitalized patients and determine their anti fungal susceptibilities.
METHODS: 187 specimens isolated from various specimens of hospitalized patients in Ankara Numune Training and Research Hospital between February 2013 and February 2014 were included
to this study and examined retrospectively. Clinical specimens sent to our laboratory were
inoculated to Sabouraud dextrose agar (BD Diagnostic Systems) and %5 sheep blood agar (BD Diagnostic Systems) for inspection of yeast species. Gram staining and germ tube tests were applied to isolated yeasts. Vitek 2 (Biomerieux) automated system was used for identification and antifungal susceptibility test of yeasts.
RESULTS: A total of 187 isolates were distributed as follows: 56 (29.9%) C. albicans, 57 (30.4%) C. glabrata, 20 (10.6%) C. tropicalis, 12 (6.4%) C. parapsilosis, 11 (5.8%) C. krusei, 11(5.8%) C. kefyr, 8 (4.2%) C. famata, 5 (2.6%) C. sphaerica, 3 (1.6%) C. dubliniensis, 1 (0.5) % C. norvegensis, 1 (0.5%) C. lusitaniae, 1 (0.5%) C. guilliermondii and 1 (0.5%) C. haemulonii. 107 (57,3%) of species were isolated from ICUs. Antifungal susceptibility results for fluconazole, voriconazole, amphotericine B, flucytosine and caspofungine were 92.52%, 98.85%, 95.97%, 91.95% and %100 respectively.
CONCLUSION: Identification and anti fungal susceptibility testing are important for management of appropriate therapy. In order to develop effective and true infection control strategies, distribution of infective agents in hospitals and antimicrobial resistance patterns should be
known.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

AMAÇ: Bu çalışmada, intraperitoneal yolla Toxoplasma gondii RH Ankara suşu inoküle edilen farelerde oluşan akut tokzoplazmozisde sistemik doku tutulumunun patolojik olarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEMLER: Mus musculus varyete albino cinsi 42 adet fare, herhangi bir inokülasyonun yapılmadığı
kontrol grubu, intraperitoneal inokülasyondan sonra sakrifiye edilmeyen ve intraperitoneal inokülasyondan ikinci gün ve dördüncü gün sakrifiye edilenler olmak üzere dört gruba ayrılmıştır. Farelerin intraperitoneal inokülasyonunda T. gondii RH Ankara suşunun farelerdeki
48-50 saatlik intraperitoneal pasajları kullanılmış ve her bir fareye 5x104 takizoit verilmiştir. Sakrifiye edilen hayvanlar makroskobik olarak incelendikten sonra alınan doku örnekleri %10 formalinde tespit edilmiştir. Parafin bloklara alınan dokulardan hazırlanan preparatlar
hematoksilen-eozin ile boyanarak histopatolojik olarak incelenmiştir.
BULGULAR: Karaciğer, dalak, ince bağırsaklar, böbreklerin parankimi ve serozasında nekrozlar ve çok sayıda serbest takizoit grupları gözlenmiştir. Akciğerin alveolar kapiller lümenlerinde de takizoitler
saptanmıştır. Beyin ve beyincikte ise herhangi anlamlı bir patolojik değişiklik izlenmemiştir. Dokulardaki nekroz ve Toxoplasma gondii takizoidlerinin yoğunluğunun, inokülasyon süresi ve temas yüzeyi ile doğru orantılı olduğu gözlenmiştir. Herhangi bir müdahalede bulunulmayan
enfekte farelerin tamamı altıncı günün sonunda ölmüştür. Bu çalışmada T. gondii RH Ankara suşunun farelerde virulan Tip I gruba bağlı RH suşlarındakine benzer patolojik bulgular oluşturduğu belirlenmiştir.
SONUÇ: Fare inokülasyonu tanı amacıyla kullanılabileceği gibi aşı, ilaç ve patogeneze yönelik çalışmalarda da bu modelden yararlanılabilir.

OBJECTIVE: This study aimed to pathologically evaluate systemic tissue involvement in acute toxoplasmosis in mice inoculated with Toxoplasma gondii RH Ankara strain.
METHODS: Forty-two Mus musculus albino mice were divided into four groups with the control group receiving no inoculation, the group consisting of mice that were not sacrificed after intraperitoneal inoculation and the groups consisting of mice euthanasia were performed
on day runner up or day fourth following intraperitoneal inoculation. A 48-50-hour intraperitoneal passage of T. gondii RH Ankara strain in mice was used for inoculation
and each mouse received 5x104 tachyzoites. The mice sacrificed by euthanasia were macroscopically examined and then collected tissue samples fixed in 10% formalin.
The preparations set by from the tissues blocked in paraffin were stained with hematoxylin-eosin and histopathological examination was performed.
RESULTS: Necrosis in the serosa of the intestine and parenchyma of the liver, spleen, kidneys, pancreases
and omentum and many free groups of tachyzoites were observed. Tachyzoites were identified in alveolar capillary lumens in the lungs. No pathological finding was observed in the cerebrum and cerebellum but few tachyzoites. It was observed that tissue necrosis and the
density of Toxoplasma gondii tachyzoites were directly proportional to the duration of post inoculation. All infected mice that received no intervention died on day sixth. In this study in mice, it was found that T. gondii RH Ankara strain induced the same pathological findings as the RH strain belonging to the virulent Type I group.
CONCLUSION: Mice inoculation can be used for diagnosis and this model may also be used in studies investigating vaccination, drugs and pathogenesis.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

AMAÇ: İçme kullanma sularında klorlu pestisitlerin, vakum manifold sistemi kullanılarak, miktar tayininin yapılması amaçlanmıştır.
YÖNTEMLER: Klorlu pestisitlerin içme kullanma sularında miktar analizi, katı-sıvı faz ekstraksiyon yöntemiyle ve GC/μECD cihazı kullanılarak yapılmıştır.
BULGULAR: Klorlu pestisitlerin analizinde 1 L su örneği, C18 organik faz içeren kolondan geçirilerek ekstrakte edilmiştir. Su örneği vakum manifold sistemi kullanarak 4 mmHg basıncında geçirilmiştir. Bu ekstraktın zenginleştirmesinde evaporatör kullanılmıştır. Klorlu pestisitlerde geri kazanım miktarlarının %53,7 ile %95,6 arasında değiştiği bulunmuştur. Kesinlik değeri %4,1
ile %19,8 arasında değişmektedir. Raporlama limiti hesaplamasında, her bir parametre için deneysel olarak hesaplanan standart sapmanın sayısal değerinin 10 katı alınmıştır. İnsani Tüketim Amaçlı Sular Hakkında Yönetmelik incelendiğinde izin verilen kalıntı limitleri aldrin, dieldrin, heptaklor, heptaklorepoksit için 0,03 μg/L, diğer pestisit parametreleri için ise 0,1 μg/L’dir. Çalışmada klorlu pestisitlerde raporlama limiti 0,01 μg/L ile 0,07 μg/L arasındadır. Raporlama limiti değeri Beta HCH (beta hekzaklorosiklohekzan) için 0,07 μg/L bulunmuştur. Yönetmelikte belirtilen 0,1 μg/L bu değerin altında kaldığı için uygun görülmüştür. Dieldrin için
bulunan 0,01 μg/L raporlama limiti değeri Yönetmelikte belirtilen 0,03 μg/L değerinin altında olduğundan uygun bulunmuştur. Heptaklor ve heptaklorepoksit için bulunan 0,03 μg/L raporlama limiti değeri yönetmelikte belirtilen 0,03 μg/L değerini karşılamıştır.
SONUÇ: Vakum manifold sistemlerinde, kalıntı tespitinde basınç önemli bir faktördür. Manifold sistemde
kolon şartlamada, örnek geçiş aşamalarında basınç sabit tutularak ve evaporasyon işlemlerinde sisteme azot gazı verilerek pestisitlerin geri kazanım oranlarındaki tekrarlanabilirliğinin yeterliliği sağlanmıştır. Vakum manifoltunun dezavantajı olan sıvı toplama hacmi küçüklüğü ise vakum pompası ile vakum manifold arasına takılan depolama tankı ile çözülmüştür. Hesaplanan
raporlama limitleri İnsani Tüketim Amaçlı Sular Hakkında Yönetmelikte kalıntı maddeler için bildirilen limit değerlerin altında bulunmuştur.

OBJECTIVE: The aim of this study is to determine the chlorinated pesticide residues in drinking water using a vacuum manifold system.
METHODS: The liquid- solid extractıon method and GC/ μECD were used for the determination of chlorinated pesticides residues in drinking water.
RESULTS: Chlorinated pesticides residues analysis are extracted from a 1 L water sample by passing of sample water through a cartridge with C18 organic phase. The water sample is passed through the vacuum manifold system at 4 mmHg pressure. This extract is concentrated further by evaporation. It was found that the recovery values increased from 53.7% to 95.6%. It was found that the precision values increased from 4.1% to 19.8%. In calculating the limit of quantitation, the standard deviation’s numerical value which is calculated for each parameter experimentally was multiplied by 10. Analyzing the, Regulation on Concerning Water Indended
for Human Consumption the permitted maximum residue limits for Aldrin, Dieldrin, Heptaklor and Heptaklorepoksid is 0.03 μg/L and it’s 0.1 μg/L for other pesticide parameters. The reporting limit in chlorinated pesticides which are tested is between 0.01 μg/L and 0.07 μg/L. The reporting limit for Beta HCH (beta hexachlorocyclohexane) was found as 0.07 μg/L. Since it was below 0.1 μg/L value specifed in the regulations, it was found to be appropriate. The 0.01 ug/L measured value which was specified in the regulations for dieldrin was found to be suitable, for it was below 0.03 μg/L. The 0.03 ug/L measured value for heptaklorepoksid and heptaklor corresponded to the value of 0.03 μg/L which was specified in the regulations.
CONCLUSION: Pressure is a very important factor in determining pesticide residues in vacuum manifold
systems. Pressure stayed stable in manifold system cartridge conditioning and sample loading. Nitrogen gas was used in the evaporation process. As a result the recovery rate of pesticides was consistent. The disadvantage of the vacuum manifold system’s small capacity of the liquid collectıon was removed via the storage tank which was put in between the vacuum pump and the vacuum manifold. The measured values are below the maximum residue limits of the
regulations about the water that is purposive of human consumption.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

AMAÇ: Lecidea cinsine ait türlerin taksonomisi tür içi ve türler arasındaki büyük morfolojik farklılıkların
olması nedeniyle oldukça karmaşa göstermektedir. Bu çalışma kapsamında, Lecidea türleri ve onunla ilişkili cinsler olarak bilinen ve Anadolu’da oldukça yaygın olan Lecidella ve Porpidia cins türlerine ait örneklere ait rDNA (ITS) bölgelerinin analiz edilmesi amaçlanmıştır.
YÖNTEMLER: Anadolu’nun farklı bölgelerinden toplanan 11 türe ait 17 liken örneğine ait rDNA ITS dizi analizi verileri incelenmiştir. Diğer ülkelerde dağılım gösteren Lecidea, Lecidella, Lecanora ve Porpidia cinsine ait bazı türlerin sekans analizi bilgileri GenBank’dan (www.ncbi.nlm.nih.gov) alınmıştır. Filogenetik analizler dört farklı metotla (NJ, ME, MP, UPGMA) analiz edilmiştir ve analiz sonuçlarında oluşturulan dört faklı filogenetik ağaçta da benzer sonuçlar elde edilmiştir.
BULGULAR: Minimum-Evolution (ME) analizine göre oluşturan filogenetik agaca göre Lecidea, Lecidella,
Porpidia ve Ganoderma cinslerine ait türlerin dört ana dala ayrılmış olduğu tespit edilmiştir. Minimum-Evolution (ME) analizde Ganoderma applanatum (GU256764) türü dışgrup olarak kullanılmıştır ve çalışılan tüm türlerden ayrı bir dal oluşturmuştur. Çalışılan Lecidea ve onunla ilişkili cinslerin tür ayrımı karşılaştırıldığında genellikle aynı cinsine ait türler ana dala karşı bir dal oluşturmuşlardır. Moleküler filogenetik analizler sonucunda elde edilen sonuçlara göre Lecidea cinsi Lecidella cinsinden ziyade Porpidia cinsine daha yakın bulunmuştur. Çalışılan
örneklerden ilgili bölgelerinin DNA dizisinden 4100 nükleotit elde edilmiştir. Bu nükleotidlerin 177 tanesi korunmuş (C), 747 nükleotit farklılaşmış (V) olarak belirlenmiştir. 56 nükleotit çifti transitions, 54 nükleotit çiftide tranversion olarak tespit edilmiştir.
SONUÇ: Bu çalışma kapsamında Lecidea ve onunla ilişkili cinslerin filogenetik analizi literatürde ilk defa
değerlendirilmiştir ve elde edilen sonuçların ileride yapılacak fungus türlerinin moleküler filogenetik yöntemlerle tanımlanması çalışmalarına kaynak sağlayacağı düşünülmektedir.

OBJECTIVE: The taxonomy of Lecidea is extremely complex because of the enormous morphological variation within and between species. The aim of this study was to analyse the rDNA (ITS) regions of Lecidea species and related genus called Lecidella and Porpidia which are widely spreaded in Anatolia, Turkey.
METHODS: The ITS rDNA sequence information of 17 samples from 11 species which were collected from
different provinces of Anatolia were generated. Some of the specimens from Lecidea, Lecidella, Lecanora and Porpidia genus were also taken from the GenBank (www.ncbi.nlm.nih.gov). The phylogenetic analysis was performed by the help of four different methods (NJ, ME, MP, UPGMA) and these different methods manifested similar results.
RESULTS: Minimum-Evolution (ME) dendrogram revealed that species of Lecidea, Lecidella, Porpidia
and Ganoderma sp. genus were distributed into four main branches. Ganoderma applanatum (GU256764) which was considered as outgroup formed one of the branches, while the other species were collected on the other branchs. Generally the species which belong to the same genus, combined in one branch towards to the origin. In accordance with the results derived from molecular phylogenetic analysis, genus Lecidea is found closer Porpidia rather than Lecidella morphologically. Numerable 4100 nucleotides were obtained from DNA sequences of related region of studied samples. It was indicated that 177 nucleotides of those regions were
stable (C), 747 nucleotides were variable (V). It was confirmed that there were transitions in 56 nucleotide pairs, tranversion in 54 nucleotide pairs of compared samples.
CONCLUSION: In this study, the results of phylogenetic analysis of the genus Lecidea and other similar groups
were firstly evaluated and the results will not be only a guide but also will provide a resource for next researchers.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Pantoea türleri, bitkilerde ve toprakta bulunan, Enterobacteriaceae ailesinden, fakültatif aerob Gramnegatif çomaklardır. Pantoea agglomerans immün sistemi normal olan kişilerde lokalize, immünsuprese hastalarda ve yeni doğanlarda sistemik enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Fırsatçı patojen olan bu bakterilerin neden olduğu nozokomiyal enfeksiyonlar; septik artrit, pnömoni, sepsis, peritonit, üriner sistem, cerrahi alan ve kateterle ilişkili enfeksiyonlardır. Bu bakteri, 4°C’de iyi üreyebilme özelliğine sahip olduğu için kontamine intravenöz solüsyonlar ve
depolanmış kan ürünleriyle bulaşabilmektedir. Pantoea spp. pamuk silgiçlerde, intra-arterial gereçlerde de bulunabilmektedir. Bu çalışmada, P. agglomerans’a bağlı kateter ilişkili bir sepsis olgusu sunulmaktadır. Kasım 2013’te mide kanseri tanısı konulan, son kemoterapisini Mart 2014’te alan 54 yaşında erkek hasta; kemoterapi sonrası bulantı kusma, beslenememe şikayetleriyle hastanemizin dahiliye servisinde yatırıldı ve gastrointestinal pasajı olmaması nedeniyle total parenteral nutrisyon (TPN) ile takip edildi. Genel durumu stabilleşince Nisan 2014’te taburcu edildi. Evde iki hafta TPN ile beslenmesi sürdürülen hasta Mayıs 2014’te üşüme, titreme ve 39,9 OC ateş şikayetleriyle İstanbul Üniversitesi, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi’nin acil servisine başvurdu. Kateter ilişkili sepsis ön tanısıyla piperasilintazobaktam
başlanarak dahiliye servisine yatırıldı. CVP kateterinden alınan kan kültüründe Gram negatif çomak üremesi üzerine kateteri çıkarıldı ve TPN ile beslenmesini sağlamak için yeni kateter takıldı. Hastanın kan ve kateter kültüründen P. agglomerans izole edildi. Bakterinin tanımlanması konvansiyonel mikrobiyolojik yöntemler ve Phoenix otomatize tanımlama sistemi ile yapıldı. Antibiyotik duyarlılığı (Klinik ve Laboratuvar Standartlar Enstitüsü-CLSI) kriterlerine göre Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi kullanılarak değerlendirildi. Mikroorganizma piperasilintazobaktam’a duyarlı saptandığı için hastanın tedavisi değiştirilmedi. Tedavi sonrasında hastanın genel durumu iyileşince 16. gününde antibiyoterapi kesilerek taburcu
edildi. Bu olgu sunumunda, immunsuprese hastalarda, nadir görülen P. agglomerans’a bağlı kateter ilişkili sepsis gelişme riskine ve antibiyoterapisine dikkat çekilmesi amaçlanmıştır.

Pantoea species, members of the Enterobacteriaceae family are facultative anaerobic Gram-negative bacilli that can be isolated from plants and soil. Pantoea agglomerans can lead to localized infections in health people with normal immune systems and to systemic infections in newborns and immunocompromised patients. Nosocomial infections caused by these
opportunistic-pathogenbacteria are; septi arthritis, pneumonia, sepsis, peritonitis, urinary system infections, surgical infections, and catheter-associated infections. This bacteria, since it has a good ability to grow at 4°C, can be transmitted by contaminated intravenous solutions
and stored blood products. Pantoea spp. can be found in cotton swabs and the intra-arterial devices. In this study, a catheter related sepsis caused by P. agglomerates was presented. 54-year-old male patient with a diagnosis of gastric cancer at November 2013 and receiving the last chemotherapy at March 2014; was hospitalized in the internal medicine service at our İstanbul University, Hospital of the Cerrahpaşa Tıp Faculty and was followed-up by total parenteral nutrition (TPN) due to the lack of gastrointestinal passage. After stabilization
of his general conditions he was discharged in April 2014. Patient whose feeding continued for two weeks at home with TPN, applied to our hospital emergency department at May 2014 with the fever of 39.9°C and chills. He was admitted to hospital in the internal medicine service
initiating piperacillin-tazobactam with preliminary diagnosis of catheter- associated sepsis. Because of the Gram-negative bacilli reproduction from blood cultures taken from the CVP catheter, the catheter was removed and a new catheter was inserted to provide nutrition for
patient with TPN. P. agglomeran was isolated from the patient’s blood and catheter culture. The identification of bacteria was done by conventional microbiological techniques and Phoenix automated identification system. Antibiotic susceptibility evoluated by using Kirby-Bauer disk diffusion test according to the Clinical and Laboratory Standarts Institute (CLSI) criteria. The
microorganism was sensitive to piperacillin-tazobactam, so, patient’s therapy was not changed. After treatment, when the general condition of the patient healed, he was discharged by ending antibiotics on the sixteenth day. This case report, is intended to call attention to the risk of the growth of catheter-associated sepsis and antibioterapi are lated to P. agglomerans which is rarely seen on immunocompromised patients.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Moleküler yöntemler enfeksiyon hastalıkların patogenezinin ve epidemiyolojisinin anlaşılmasında
çok önemli katkıda bulunmuştur. Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR), en yaygın kullanılan hedef nükleik asit amplifikasyon yöntemidir. Bu yöntem ile tek bir nükleik asidin kopyası çok kısa bir süre içinde 107 kereden fazla çoğalır. Gerçek zamanlı PZR, sekanslama tekniği ve kütle spektrofotometresi gibi yeni teknolojiler klinik mikrobiyoloji laboratuvarında birçok uygulama
alanı kazanmıştır. Gerçek zamanlı tekniklerin en büyük etkisi viroloji alanında olmuştur ve bu tekniklerin klinik örneklerde çeşitli virüslerin tespiti, kantitatif viral yükleri ve antiviral tedaviye yanıtı izlemek için kullanılmıştır. Bakteriyoloji alanında bakteriyel patojenler ve/veya antibiyotik direnç genlerinin hızlı tanımlanması, antibiyotiklerin uygun kullanımını sağlar, hastanede kalış
süresini kısaltır ve dirençli suşların gelişme potansiyelini azaltır. Neisseria gonorrhoeae ve Chlamydia trachomatis tespiti için PZR teknolojisi kullanan ticari kitler geliştirilmiştir. Nükleik asit amplifikasyon testleri klinik örneklerde Mycobacterium tuberculosis kompleks’inin doğrudan tespitinde kullanılabilir. Bazı klinik laboratuvarlar, klinik örneklerden M. tuberculosis’i tespit etmek için PZR deneylerine dayalı kendi in-house deneylerini geliştirmiştir. Bazı çalışmalar hazır kitleri ve “in-house” yöntemleri karşılaştırmıştır ve benzer sonuçlar bulmuştur. In-house geliştirilen yöntemlere ek olarak bazı ticari amplifikasyon kitleri yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu bölümde güncel DNA yöntemine dayalı moleküler tekniklerin temel ilkelerini ve klinik bakteriyoloji için uygulamaları açıklanmıştır.

Molecular methods have contributed tremendously to the understanding of the pathogenesis and epidemiology of infectious diseases. The polymerase chain reaction (PCR) is the most widely used target nucleic acid amplification method. By this method, a single copy of a nucleic acid is multiplied to more than 107 times within a very short period. New technologies such as
real-time PCR, sequencing and mass spectrophotometry have been described and have many applications in a clinical microbiology laboratory. The greatest impact of real-time assays was in the field of virology where they have been used to detect rapidly a range of viruses in human specimens and to monitor quantitatively viral loads and response to antiviral therapy. In bacteriology they are used for rapid detection of bacterial pathogens and/or antibiotic resistance genes can help to ensure the appropriate use of antibiotics, reduce the duration
of hospital stay and minimize the potential for resistant strains of bacteria to emerge. Commercial kits employing PCR technology for detection of Neisseria gonorrhoeae and Chlamydia trachomatis have been developed. Nucleic acid amplification tests can be used directly to identify Mycobacterium tuberculosis complex in clinical specimens. Some clinical laboratories have developed their in-house assays based on PCR assays to detect M. tuberculosis in clinical specimens. Some studies have compared the kits and “in-house” methods and have found similar results. In addition to in-house developed assays, there are commercial amplification tests some of them that are widely used. This chapter describes the basic principles and applications of recently DNA-based molecular techniques for the clinical
bacteriology.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Psittakoz, evcil ve yabani kuşlarda görülen ve Chlamydophila psittaci’nin neden olduğu sistemik,
morbiditesi yüksek bir enfeksiyon olup, zoonotik özellik göstermektedir. C. psittaci’nin dünya genelinde başta papağan ve muhabbet kuşu olmak üzere 470’in üzerinde kuş türünde hastalığa yol açtığı bilinmektedir. İnsanların gerek yabani gerekse evcil kuşlarla uzun yıllar yakın ilişki
içerisinde olduğu bir gerçektir ve bu durum insanlarda enfeksiyonun görülmesine zemin hazırlamaktadır. C. psittaci; Gram negatif, obligat, bifazik üreme siklusuna sahip ve intraselüler bir bakteridir. Etken, kuşlar arasında solunum veya fekal-oral yolla bulaşmaktadır. Enfekte
kuşlarda klinik olarak iştahsızlık, göz ve burun akıntısı, konjunktivit, rinit, nefes almada zorluk, zayıflama, tüylerde kabarmalar ve ishal gözlenebilir. Enfeksiyonun insanlara bulaşması inhalasyon veya doğrudan temas yoluyla olmakta, kuş ısırması veya insandan insana bulaşma
nadir görülmektedir. C. psittaci, insanlarda çoğunlukla pnömoni ile seyreden sistemik özellikte bir enfeksiyona yol açar. Tanıda enzime bağlı immün sorbent analiz (ELISA), komplement fiksasyon testi (KFT), Mikroimmün fluoresan testi (MIF) gibi serolojik yöntemlerin yanı sıra son yıllarda polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) temelli moleküler yöntemler kullanılmaktadır. Hem enfekte kuşların, hem de insanların tedavisinde tetrasiklinler veya makrolidler tercih edilmektedir. Hastalığın önüne geçebilmek için özellikle kuşlarda kullanılabilecek ticari bir aşı mevcut olmadığından biyogüvenlik kurallarının düzgün şekilde uygulanması gerek ekonomik yönden gerekse insan sağlığı yönünden oldukça önemlidir. Özellikle veteriner hekimler, kuş yetiştiricileri ve satıcıları, kümes hayvanları yetiştiricileri ve kesimhanede çalışanları C. psittaci
enfeksiyonu açısından yüksek risk altındadır. Psittakoz enfeksiyonunun insanlara bulaşması ve potansiyel biyolojik silah olarak kabul edilmesi nedeni ile halk sağlığı yönünden önemli olduğu düşünülmektedir. Hastalık ile ilgili farkındalığın düşük olması ve hastalığın değişken bir klinik
tablo göstermesi dolayısıyla tanıda gözden kaçırılabilecek olması nedeniyle bu derlemede insan ve kuşlar için enfeksiyon ile ilgili detaylı bilgi verilmesi amaçlanmıştır

Psittacosis is a systemic infection with high morbidity caused by Chlamydophila psittaci in domestic and wild birds. It shows zoonotic characteristic. C. psittaci leads an infection in over of 470 bird species worldwide has been known. This is a fact that people have a close relationship both with wild and pet birds and this has paved the way for infection in humans of. C. psittaci Gram negative, obligate and intracellular bacterium with biphasic growth cycle. It is transmitted by respiratory and fecal-oral route between birds. Clinically, anorexia,eye and nasal discharge, conjunctivitis, rhinitis, difficulty breathing, weight loss, ruffled feathers and diarrhea may also
seen in infected birds. Transmission of infection to humans occurs through inhalation or direct contact and transmission through bird bites or human-to-human is rare. C. psittaci usually leads to the systemic infection associated with pneumonia in humans. In recent years, PCR based molecular methods are used as well as serological methods such as ELISA, CFT, MIF in diagnosis. Both of infected birds and humans, tetracyclines and macrolides are preferred for treatment of infection. In order to prevent the disease, due to there isn’t any commercial vaccine for especially using in birds, applying biosafety rules is very important in terms of human health and economical aspects. Especially, veterinarians, bird breeders and dealers, poultry farmers and slaughterhouse workers are at high risk for C. psittaci infection. Due to the transmission to humans of psittacosis infection and accepting it as a potential biological weapon, it is thought to be important for public health. In this review, it is aimed to give detailed information about infection in human and birds, because it can be missed at the diagnosis, hence there is low awareness about disease and it has got variable clinical symptoms.

Makale Özeti | Tam Metin PDF

Uzun yıllar mikroorganizmaların sadece çoğalan, besin arayan kendi başlarına yaşayan hücreler oldukları düşünülmüştür. Ancak 50 yıl önce mikrobiyologlar tarafından bakterilerin birbirleri ve çevreleri ile iletişim kurduklarının anlaşılması ile mikroorganizmaların dünyasına bakış açısı değişmiştir. İletişimde kullanılan dil, sinyal moleküllerinden oluşmakta ve sinyal moleküllerine genel olarak “otoindükleyici” adı verilmektedir. Bakteriler üretilen sinyal moleküllerinin yoğunluğunu ölçebilmekte, bu sayede ortamdaki diğer mikroorganizmaların miktarını algılayabilmekte ve türe özgü davranışlar sergileyebilmektedirler. Yapılan çalışmalar; farklı mikroorganizmaların farklı çoğunluğu algılama (ÇA) moleküllerini kullandıklarını, hatta bazı
mikroorganizmaların bir kaç çeşit sinyal molekülünü birden kullandığını ortaya koymuştur. LuxI/LuxR sistemi, oligopeptit sistemi ve hibrit sistem olmak üzere üç çeşit çoğunluğu algılama mekanizması tanımlanmıştır. Bu mekanizmalarda kullanılan sinyal molekülü ve bu molekülün algılanması birbirinden farklıdır. Çoğunluğu algılama ile ilgili ilk çalışmalar deniz suyunda yaşayan Vibrio fischeri ve Vibrio harveyi bakterileri üzerinde yapılmış ve sonraki aşamada patojen bakteriler üzerine yoğunlaşmıştır. Spor oluşturma, konjugasyan, biyolüminesans, biyofilm oluşturma, antibiyotik üretimi ve bakteriyosin üretimi gibi türe özgü pek çok davranış ÇA mekanizması ile kontrol edilmektedir. ÇA mekanizmasının anlaşılması, patojen mikroorganizmalarla etkili şekilde mücadele edilmesinde ve laktik asit bakterilerinin davranışlarının anlaşılmasında son derece önemlidir. Ancak laktik asit bakterilerinin ÇA mekanizmasının çok farklı sinyal moleküllerinin kullanılması ve algılamanın olaylar dizisi şeklinde gerçekleşmesi nedeniyle anlaşılması zordur. Bu derlemede, sağlık üzerine olumlu katkı sağlayan probiyotik özellikteki laktik asit bakterilerinin konakçısı ile uyumu, sindirim sistemindeki patojenlerin gelişimini ve koloni oluşturmasını engellemesi, bakteriyosin üretimi, asit koşullara ve safra tuzlarına dayanımı, epitel hücrelere tutunma gibi pek çok özelliğinin ÇA ile bağlantısı değerlendirilmiştir. Laktik asit bakterileri tarafından kullanılan ÇA mekanizmasının anlaşılması ile yeni dönem probiyotikler olarak tanımlanan metabiyotiklerin tasarlanmasında yarar sağlayacağı düşünülmektedir.

For a long time, microorganisms were considered as just multiplying, finding nutrients and living by themselves organisms. But that belief changed 50 years ago along with the discovery of bacteria communication with each other and environment by microbiologists. The language used in the communication consists of signal molecules and these molecules are generally
called “auto inducer”. Bacteria are capable of measuring density of these molecules and by this way they are able to detect amount of the other organisms and can have specific behaviors. Studies prove that different types of bacteria use different quorum sensing molecules, and some species use several kinds of signal molecules together. There are three described quorum sensing mechanisms; LuxI/LuxR, oligopeptide and hybrid system. Among these systems, type of signal molecules and their perceptions are different from each other. The first quorum sensing studies are accomplished on Vibrio fischeri and Vibrio harveyi and then focused on pathogen microorganisms. Many specific behaviors such as spore forming, conjugation, bioluminescense, biofilm forming, antibiotic production and bacteriocin production are controlled by quorum sensing mechanisms. Understanding of QS mechanism is very important in the terms of effective struggling with pathogen microorganisms and understanding behavior of lactic acid bacteria. Because of lactic acid bacteria use different type of signal molecules
and detection occurs as a consecution it is hard to understand their QS mechanism. In this review, connection between QS mechanism and some characteristics of lactic acid bacteria are evaluated such as concordance with its host, inhibition of pathogen development and colonization in gastrointestinal system, bacteriocin production, acid and bile resistance, adhesion to epithelium cells. Understanding QS mechanism of lactic acid bacteria will be useful to design metabiotics which is defined as novel probiotics.

Makale Özeti | Tam Metin PDF